По проектам Крылова был изготовлен ряд оригинальных приборов, получивших широкое распространение на флоте: приборы для натурных испытаний кораблей, оптические приборы — прицелы, дальномеры, замыкатели для мин заграждения и т.п.

Но главным направлением деятельности А.Н.Крылова в этот период остаётся развитие учения о непотопляемости судов и создание соответствующего раздела теории корабля.

В январе 1908 года Крылов становится главным инспектором кораблестроения, а с сентября месяца назначается председателем Морского технического комитета, которому принадлежала «разработка типов судов, подлежащих постройке, общее проектирование, утверждение окончательных проектов, исполняемых заводами, и наблюдение за постройкой судов».

В 1911 году А.Н.Крылов становится генералом для особых поручений при морском министре, и ему приходится заниматься пенсиями и пособиями в Морском ведомстве, руководством Путиловскими заводами, военно-метеорологическими делами, подъёмом затонувших кораблей и многими другими проблемами и вопросами.

В декабре 1914 года А.Н.Крылов избирается в члены-корреспонденты Российской Академии Наук, по представлению академиков Б.Б.Голицына, А.М.Ляпунова, В.А.Стеклова, М.А.Рыкачёва. В качестве члена-корреспондента Академии А.Н.Крылов принимал участие в работах различных академических комиссий.

Отметим, что к этому моменту А.Н.Крылов не был доктором наук, а был профессором и генералом, но в ноябре 1915 года группа профессоров Московского университета во главе с Н.Е.Жуковским предложила Совету университета возвести А.Н.Крылова в степень доктора без защиты.

На основании этой записки 13 февраля 1916 года Совет «возвёл в степень доктора прикладной математики заслуженного профессора Николаевской Морской академии Алексея Николаевича Крылова, приобрёвшего учёными трудами почётную известность, без испытания и представления диссертации».

Уже в апреле 1916 года по предложению В.А.Стеклова Алексей Николаевич Крылов был избран действительным членом Академии Наук по физико-математическому отделению, избран 29 голосами при 31 присутствующем академике (всего тогда было 38 членов Академии Наук). К этому времени А.Н.Крылов был уже членом целого ряда зарубежных научных обществ и академий.

Ещё в январе 1915 года он направляется Морским министерством в Комиссию по изучению естественных производительных сил России (КЕПС). Эта комиссия была создана Академией Наук по инициативе академика В.И.Вернадского: после начала Первой Мировой войны кредиты на радиевые работы Вернадского в России стали сокращаться, прервались научные зарубежные связи; тогда у него и возникла идея создания в России Комиссии по изучению естественных производительных сил (КЕПС), которая и была организована в 1915 году, а её Совет (из 56 человек) возглавил Вернадский.

«Организатор почувствовал сам, что прикоснулся к главному нерву государственной и научной жизни, к сплетению жгучих интересов. Вокруг всё ухудшалось, а комиссия на удивление расширялась. Уже в 1916 году она организует 14 экспедиций в различные районы страны» (Г.Аксёнов «Вернадский»).

А.И.Крылов писал: «При Академии была образована Комиссия по изучению естественных производительных сил, которая и начала сперва с самыми скромными средствами своё дело изучения производительных сил и показала её (России) истинные средства и неисчерпаемые запасы».

Первые три года работы комиссия получала от правительства очень скромные средства, а потому дело не обходилось без курьёзов: «Докладывая в 1916 году о необходимости организации экспедиции в Туркестан для изыскания нового месторождения вольфрама, Александр Евгеньевич Ферсман обращался к КЕПСу с просьбой "исходатайствовать" для её снаряжения... 500 руб. В ответ на это Алексей Николаевич вынул из своего бумажника требуемую сумму и, вручив её докладчику, сказал: "Никакого ходатайства не надо — оно смехотворно. Только не думайте, что это благотворительность" » (И.Ханович). И далее Крылов пояснил, что являясь акционером предприятия, делающего шрапнель, он получит прибыль от внедрения вольфрама в размере 10000 рублей. Этим он подчеркнул плачевность финансового положения КЕПС.

«О роли академика Крылова в советский период работы комиссии можно судить хотя бы по тому, что он исполнял обязанности товарища председателя и члена совета КЕПСа, возглавлял организационный отдел вновь созданного Института экспериментальных исследований и непосредственно участвовал в работе отдела оптической техники, впоследствии реорганизованного в Государственный оптический институт» (И.Ханович).

Впоследствии организационный отдел Института экспериментальных исследований был преобразован в Петроградскую научную комиссию, имеющую шесть секций: физико-механическую с подсекцией судостроения, электротехническую, металлургическую, химико-технологическую, геолого-петрографическую и строительных материалов. Председателем этой комиссии был избран академик А.Н.Крылов — полный генерал флота (до революции генеральскими званиями были: генерал-майор, генерал-лейтенант, полный генерал - В.Б.).

В 1926 году умер вице-президент Академии Наук, один из крупнейших математиков, основатель школы математической физики В.А.Стеклов, и А.Н.Крылову группой академиков было направлено письмо с просьбой баллотироваться на этот пост. Крылов ответил отказом, говоря о своём «непреодолимом отвращении», которое он питает «ко всякого рода административной деятельности».

В этом ответном письме А.Н.Крылова были высказаны также замечания по адресу некоторых лиц, которые не понимали его занятий техническими проблемами в этот период времени. Крылов писал: «Резкой грани между наукой и техникой поставить нельзя, и если 39 лет я занимаюсь наукой о корабле, то не имеет смысла отрывать меня от вверенной мне постройки судов, в проекты которых я внёс много своего...»

Академик А.Н.Крылов так оценивал роль науки: «Надо помнить, что затраты на истинно научное творчество окупаются затем в жизни государства не седмирицею, не сторицею, а числами, для которых в древнем языке не было названий».

Но академик, к счастью, не смог увидеть «достижений» демократических правителей современной России, преднамеренно и систематически уничтожающих тот научный потенциал, который был накоплен научными школами государства, и превращающих в недалёком прошлом мощную индустриальную державу в сырьевой придаток, в дополнение к сырью снабжающий «цивилизованные» страны недорогими высококлассными специалистами.

Как будто бы сегодня сказаны А.Н.Крыловым слова: «Флот есть органическое целое, и отсутствие в нём какого-либо типа судов или их относительная малочисленность не искупается преувеличенным развитием числа судов другого типа — их излишнее число не доставит преобладания над противником, а представит лишь напрасную трату средств, которые при более правильном соотношении были бы использованы выгоднее».

Интересный факт - к воспитанию будущего академика «приложил руку» великий русский учёный Дмитрий Иванович Менделеев. Дело в том, что старший сын Д.И.Менделеева Володя учился в Морском корпусе, а на праздники приезжал к отцу вместе со своим другом - А.Н.Крыловым, будущим великим русским и советским кораблестроителем, который здесь прошёл менделеевскую школу постановки эксперимента.

Кроме того, в соответствии с идеями Д.И.Менделеева в Петербурге был построен Морской Опытовый бассейн, в котором испытуемая модель судна крепилась на державке и устанавливалась на подвижной тележке, двигающейся по специальным направляющим. Этим бассейном в течение 8 лет руководил А.Н.Крылов, превратив его в основу будущего Центрального научно-исследовательского института, в настоящее время носящего имя А.Н.Крылова.

А.Н.Крылов в одном частном письме (1928 год) так вспоминал о гениальном русском учёном Д.И.Менделееве: «Без малого 40 лет тому назад Дмитрий Иванович Менделеев был назначен управляющим Главной палатой мер и весов. До его назначения это было скромное учреждение, хранившее устарелые образцы мер, не имевшее почти никакого научного оборудования. Дмитрий Иванович решил поставить это прежде захудалое заведение на должную научную высоту...