В январе 1979 года возглавил исламскую революцию в Иране. Через две недели после бегства шаха, 1 февраля 1979 года, вернулся в Иран. 11 февраля назначил временное правительство во главе с Мехди Базарганом.

В соответствии с Конституцией, принятой в декабре 1979 года, занял пост Высшего руководителя Исламской Республики Иран. Проживал в городе Куме, но деятельно участвовал в политической жизни страны.

Из иностранных политических лидеров встречался только с Ясиром Арафатом и Э. А. Шеварднадзе. На многочисленные поздравительные телеграммы Леонида Брежнева не отвечал.

В течении правления поддерживал экспорт исламской революции в страны региона, рассматривая как возможность такового ирано-иракскую войну. Когда в августе 1988 года он согласился на прекращение войны с Ираком, то решение далось ему тяжело, "как выпить чашу с ядом".

Аятолла Хомейни стал первым духовным лидером Исламской Республики Иран (ИРИ). Его резиденция находилась в шиитском центре Ирана — г. Куме. Однако в 1980 г., после перенесенного инфаркта, он переехал в пригород Тегерана. Скончался 3 июня 1989 г. Похоронен в Тегеране, на кладбище Бехеште-Захра. На его похороны собралось около 10 млн человек.

— родился 27 апреля 1937 года в небольшом городке Тикрит. Его отец — простой крестьянин — умер, когда Саддаму было девять месяцев. По местному обычаю, его дядя Аль-Хадж Ибрагим — армейский офицер, боровшийся против британского господства в Ираке, женился на вдове брата и взял сироту в свою семью, в которой было много детей и мало достатка.

Саддам не посещал школу до девяти лет. Позже пытался поступить в элитарную военную академию в Багдаде, но провалился на первом же экзамене. С помощью дяди Саддам переехал в Багдад и поступил в колледж «Аль-Харк». Здесь же в 1954 году он вступил в тайную ячейку партии БААС, идеи которой представляют собой причудливую смесь социализма и арабского национализма.

В 1958 году власть в Багдаде захватил генерал Абдель Керим Касем. В следующем году Саддам был включен в группу, на которую возлагалась задача убить премьер-министра Касема. Они устроили засаду на автомобиль, в котором находился тогдашний иракский диктатор. Покушение закончилось неудачей, Саддам бежал в Сирию, затем — в Египет.

В Багдад Саддам вернулся после переворота, совершенного партией БААС в феврале 1963 года. Первая ступень служебной лестницы — начальник службы порядка баасистской партии. В этом качестве Саддам впервые совершил массовые репрессии.

Вскоре партия БААС потеряла власть, и новый режим счел Саддама опасным для себя. Он провел два года в тюрьме, вышел на свободу и принял участие в очередном государственном перевороте, совершенном партией БААС в 1968 году. Как следует из официальной биографии, он среди первых "въехал на танке во двор президентского дворца".

Огромные доходы от экспорта нефти позволили осуществить масштабные реформы в области экономики и в социальной сфере. К середине 1970-х годов Саддам всячески стимулировал предпринимателей и все больше привлекал частные компании, местные и зарубежные, к государственным программам развития. По всей стране шло строительство университетов и школ, автострад и электростанций, водопроводов и систем канализации, малых и больших домов. Открывались многопрофильные и специализированные больницы. Была создана система всеобщего образования и здравоохранения. Под руководством Саддама началась интенсивная кампания по борьбе с безграмотностью. Результатом курировавшейся Саддамом кампании по борьбе с безграмотностью стало увеличение уровня грамотности населения с 30 до 70 процентов, по этому показателю Ирак вышел в лидеры среди арабских стран. Проводится электрификация, значительно увеличилась сеть автомобильных дорог. Уровень жизни в Ираке стал одним из самых высоких на Ближнем Востоке. Ирак создал одну из самых современных систем здравоохранения на Ближнем Востоке.

После национализации иностранных нефтяных промыслов, Саддам приступил к модернизации сельской местности, начав механизацию сельского хозяйства в крупных масштабах, а также выделив земли крестьянам. По оценкам международных банков и иных финансовых учреждений (МБРР, МВФ, Дойче банка и других), у Ирака образовался весьма крупный валютный резерв в 30–35 млрд. долл.

К началу 1980-х Ирак стал, наряду с Египтом, наиболее развитым государством арабского мира.

Саддам Хусейн, между тем, укреплял свою власть, продвигая на ключевые роли в правительстве и бизнесе родственников и союзников. Устранив в 1976 году самых влиятельных в армии баасистов — генерала Хардана ат-Тикрити (во время зарубежной поездки ему сообщили что он снят со всех постов. В Ирак он не вернулся и вскоре был убит в Кувейте неизвестными) и полковника Салиха Махди Аммаша (назначен послом в Финляндию), Хусейн принялся за тотальную «баасизацию» страны — идеологическую и административную. Саддам начал с госаппарата, срастив его с партийным. Произошла «чистка» в армии: все нелояльные к режиму офицеры увольнялись либо отправлялись служить в Курдистан, а в военные академии и колледжи стали приниматься только члены партии. Функционеры "Джихаз ханина" уничтожили все независимые фракции и группировки внутри самой «Баас». "Баасизация" армии, по замыслу Хусейна, имела целью создания "идеологической армии", нацеленной на защиту власти партии. С помощью секретной службы Хусейну удалось справиться с противостоящими ему в партии и правительстве силовиками, расставить на ключевые места верных людей (преимущественно из родственного тикритского клана) и установить контроль над важнейшими рычагами управления государством.

16 июля 1979 года президент аль-Бакр ушёл в отставку, якобы по болезни (утверждали, что он посажен под домашний арест). Его преемником был объявлен Саддам Хусейн, который также возглавил региональное руководство партии «Баас». Фактически Саддам Хусейн таким образом присвоил себе диктаторские полномочия. Немедленно был арестован генеральный секретарь Совета революционного командования Абд аль-Хусейн Масхади, который под пытками дал показания о гигантском заговоре, якобы возникшем в «Баас» в пользу Сирии. На состоявшемся спустя два дня партийном съезде Масхади вывели на трибуну, и он указал как на своих соучастников на 60 депутатов, которых немедленно арестовали.

После прихода к власти Саддам Хусейн сразу же столкнулся с серьёзной угрозой своему правлению, исходившей от соседнего Ирана. Аятолла Хомейни, лидер победившей в Иране исламской революции, собирался распространить её на другие страны Персидского залива; кроме того, он имел личную неприязнь к Саддаму Хусейну. Иран начал оказывать поддержку подпольной шиитской группировке "Ад-Даава аль-исламия", развернувшей кампанию покушений и террористических акций против представителей руководства Ирака.

Предлогом для начала войны стало невыполнение Ираном своих обязательств по Алжирскому соглашению 1975 года, согласно которому Иран должен был передать Ираку некоторые приграничные территории. После ряда столкновений на границе 22 сентября 1980 года иракская армия вторглась на территорию соседней страны. Наступление поначалу оказалось успешным, но в результате мобилизации иранского общества на борьбу с агрессором, к концу осени оно было остановлено. В 1982 году иракские войска были выбиты с иранской территории, и боевые действия перенеслись уже на территорию Ирака. Война перешла в затяжную стадию, сопровождавшаяся использованием Ираком и Ираном химического оружия, ракетными обстрелами городов и нападениями на танкеры третьих стран в Персидском заливе обеими сторонами. В августе 1988 года ирано-иракская война, стоившая обеим сторонам огромных людских и материальных жертв, прекратилась фактически на условиях status quo.

Личная популярность Саддама достигла своего пика к началу арабского совещания в верхах в Багдаде в мае 1990 года, где он призвал его участников к созданию единого фронта против агрессии Запада, подчеркнув важность повышения координации действий арабов. Однако вместо создания объединённого фронта во главе с Багдадом на совещании появились признаки того, что другие арабские правительства готовы бросить вызов претензиям Саддама на лидерство. Президент Египта Хосни Мубарак не разделил этот призыв, заявив, что "арабская миссия должна быть гуманной, логичной и реалистичной, свободной от преувеличения своей роли и запугивания".