Повреждения, полученные «Варягом», особенно пробоины ниже ватерлинии, создавшие сильный крен на левый борт, делали продолжение боя бесперспективным, и крейсер, управляясь машинами, повернул в обратно в порт. Теперь «Кореец» прикрывал его, ибо сблизился с японцами до двадцати двух кабельтовых (1 кабельтов = 185,2 метра), а на этом расстоянии смогли уже действовать два его восьмидюймовых орудия (203 мм). Заметного урона японцам русские корабли не нанесли, хотя японцы до сих пор (!) держат в секрете сведения о количестве попаданий в свои корабли со стороны «Варяга» и «Корейца» и о характере повреждений, вызванных этими попаданиями. При этом они ссылаются на утерю контрольных документов – вахтенных журналов и ремонтных ведомостей.

Перед русскими моряками встал непростой выбор: либо, переместив тяжелые орудия «Корейца» на «Варяг», починиться и попытаться еще раз прорваться в Порт-Артур, либо затопить корабль и сойти на берег или безоружными, имея в виду нейтралитет Кореи, или с оружием, ибо в Чемульпо к этому моменту уже находились японские воинские части численностью около 3 000 человек. Осмотр крейсера выявил непригодность крейсера к бою, и Руднев принял решение взорвать его тут же на рейде, однако Бейли попросил избрать какой-нибудь другой способ, так как взрыв в относительно тесном пространстве рейда мог повредить иностранные корабли. Вместе с тем он заявил, что иностранные суда покинут его до 16.00, потому что в это время адмирал Уриу угрожал возобновить бой уже на самом рейде. Экипажи «Варяга», «Корейца» и парохода «Сунгари» решено было переправить на иностранные корабли, как на нейтральную территорию. Совет офицеров «Корейца» согласился с решением командира «Варяга». Экипаж «Корейца» перевезли на французский крейсер «Паскаль», экипаж «Варяга» – на английский «Талбот» и итальянский «Эльбa». Сеттльментом Чемульпо для оказания первой помощи раненым воюющих держав был сформирован летучий отряд Красного Креста. Паровой катер под флагом этого отряда доставил на «Эльбу» экипаж русского парохода «Сунгари», а в Чемульпо свез 24 тяжелораненых с «Варяга», где двое из них скончались от ран. Японцы согласились считать этих раненых потерпевшими кораблекрушение и поместили в свой госпиталь Красного Креста.

«Корейца» взорвали в 16.05. На «Варяге» открыли кингстоны, и в 18.00 он погрузился в воду с поднятыми флагом и гюйсом. Контр-адмирал Уриу потребовал от командиров нейтральных крейсеров выдать русских моряков как военнопленных, однако все они, не без нажима со стороны команд, симпатизировавших нашим соотечественникам, решительно ему отказали. Японцам ничего не оставалось делать, как сообщить миру, что оба корабля потоплены в бою вместе с командами. Тем не менее известно, что от имени адмирала Уриу русских раненых в японском госпитале посещал флагманский врач японской эскадры Ямамото Йей и даже передавал им подарки. Японцы согласились выпустить из Чемульпо экипажи «Варяга» и «Корейца» при условии, что все военнослужащие дадут подписку, где обязуются не принимать более участие в боевых действиях против Японии. Такую подписку русские моряки могли дать только по Высочайшему разрешению, которое и было получено от императора Николая. Лишь старший офицер крейсера «Варяг» В.В. Степанов отказался дать подобную подписку.

Только 28 января Япония объявила войну официально. «Верные своим восточным обычаям, – вспоминал великий князь Александр Михайлович, – японцы сперва нанесли удар, а потом объявили нам войну».

После нападения японского флота на Порт-Артур в ночь с 26 на 27 января 1904 года, которое впоследствии назовут репетицией Перл-Харбора, для Тихоокеанской эскадры в Порт-Артуре сложилась угрожающая ситуация. За первые три недели войны эскадра понесла невосполнимые потери: крейсер «Варяг» и канонерская лодка «Кореец» были уничтожены в заливе Чемульпо. Канонерские лодки «Маньчжур» и «Сивуч» разоружены, первая – в Шанхае, вторая – в Ньючванге, где впоследствии взорвана. Легкий крейсер «Боярин» и минный транспорт «Енисей» погибли в акватории Артура, налетев на собственные мины. В Голубиной бухте японцами был потоплен миноносец «Внушительный». Общественное мнение требовало назначить командовать флотом популярного и энергичного флотоводца. Выбор пал на вице-адмирала Степана Макарова. С ним вместе на Дальний Восток отправился прославленный художник Василий Верещагин, в прошлом и сам выпускник Морского кадетского корпуса. Его дружба с Макаровым, равно как и всероссийская слава последнего, началась во время Русско-турецкой войны 1877—1878 годов. Популярность Макарова возросла уже в мирное время благодаря выдающимся океанографическим исследованиям. В сотрудничестве с Д.И. Менделеевым Макаров осуществил проект создания первого в мире линейного ледокола для Арктики. В марте 1899 года в Кронштадт пришел ледокол «Ермак», построенный в Нью-Кастле фирмой Армстронга. В 1901 году Макаров совершил на нем экспедицию к Новой Земле и Земле Франца-Иосифа.

В январе 1904 года Макаров занимал должность главного командира Кронштадтского порта. Просьбы Макарова в Главный Морской Штаб, поддержанные наместником Е.И. Алексеевым, об усилении Тихооканской эскадры материальными средствами, остались без удовлетворения. Не уважили и его просьбу о повторном издании его книги «Рассуждения по вопросам морской тактики». После скандала, во время которого адмирал даже просил об отчислении от должности, «Рассуждения» решили напечатать, однако в Порт-Артур они так и не попали. В Японии книга Макарова была издана уже в 1898 году, и командующий японским Соединенным флотом вице-адмирал Хэйхатиро Того одним из первых прочел ее. Говорят, что во время войны с Россией Того имел эту книгу при себе и даже оставил на ее полях критические замечания. Тем не менее именно Макарову он отдавал предпочтение перед другими русскими адмиралами, называя этого главного своего соперника «почтенным журавлем среди тощих петухов». В одном поезде с прославленным адмиралом на Дальний Восток отправились первые десять мичманов досрочного «царского» выпуска, а также мастеровые и инженеры Балтийского завода, которые должны были наладить ремонт поврежденных противником кораблей – «Цесаревича», «Ретвизана» и «Паллады». В феврале 1904 года в Москве, когда «масса публики провожала только что произведенных в офицеры моряков», следовавших из Санкт-Петербурга на Дальний Восток, Владимир Гиляровский напутствовал новопроизведенных мичманов такими стихами собственного сочинения: «И сами идете вы славной стезей / В защиту родной стороны, / Туда, где кипит разгоревшийся бой, / Где веют знамена войны… / Где белые флаги с крестом голубым, / Качаясь на синих волнах, / Зовут вас к героям, собратьям своим, / Дерущимся в чуждых водах». Это стихотворение, при чтении «вызвавшее продолжительные овации автору» и напечатанное в первом выпуске «Иллюстрированного обозрения текущих событий» войны с Японией, с тех пор нигде не публиковалось. Слишком зловещими для моряков оказались результаты этой войны. Отправив Макарова в Порт-Артур, в Петербурге стали ждать победных реляций, но вскоре в столицу пришли совсем другие известия.

Макаров достиг Порт-Артура 24 февраля. «Прибытие адмирала Макарова вселяет во всех уверенность, что наконец-то флот наш выйдет из своего упорного бездействия и проявит более активную деятельность», – записал один из участников обороны крепости. «Как лихорадочно вдруг все работы закипели», – отметил в дневнике лейтенант В.И. Лепко. В первом же приказе Макарова стояли роковые слова: «Я постараюсь избежать случайностей, если не увлекусь делом вместе со всем моим флотом». Однако случайность подстерегла адмирала уже через 36 дней после его вступления в должность, и на 66-й день войны.

17 марта в Порт-Артуре состоялся парад по поводу шестой годовщины его занятия русскими войсками. С этого времени штаб эскадры увеличился еще на одного человека – великого князя Кирилла Владимировича, двоюродного брата царя, который стал начальником оперативного военно-морского отдела. Между ним и Макаровым особой близости не было, но это назначение позволяло надеяться, что родственник императора поможет продвинуть ему некоторые проекты, минуя Морское министерство.