Наибольшие запасы снега концентрируются на северном и западном склонах. У подножий хребтов снег лежит обычно не более 2—3 мес, в среднегорьях — 6—7 мес, у подножий ледников — 9—10 мес в году. В межгорных котловинах снежный покров часто маломощный; местами — круглогодичный выпас скота.
Внутренние воды. Большая часть Т.-Ш. относится к области формирования стока. Реки обычно берут начало из снежников и ледников гляциально-нивального пояса и заканчиваются в бессточных озёрных бассейнах Средней и Центральной Азии, во внутренних озёрах Т.-Ш. или образуют так называемые «сухие дельты», то есть их воды полностью просачиваются в аллювиальные отложения подгорных равнин и разбираются на орошение. Главные реки относятся к бассейну Сырдарьи (Нарын, Карадарья), Таласа, Чу, Или (с истоками Кунгес и Текес и притоком Каш), Манаса, Тарима (Сарыджаз, Кокшал, Музарт), Кончедарьи (Хайдык-Гол). Для большинства рек характерно чередование горных ущелий и расширений долин, где река разбивается на рукава; в сочетании с большим падением это создаёт благоприятные возможности для гидроэнергетического строительства. На самой крупной реке западной части Т.-Ш.— Нарыне — каскад ГЭС; построена Учкурганская ГЭС, строится (1976) Токтогульская ГЭС и др. Питание рек преимущественно снеговое, в высокогорных районах в летние месяцы — также ледниковое; максимальный сток в конце весны и летом. Это усиливает народно-хозяйственное значение рек Т.-Ш., значительная часть стока которых используется для орошения внутригорных долин и котловин, а также соседних с Т.-Ш. равнин.
Наиболее крупные озёра Т.-Ш. тектонического происхождения и расположены в пределах днищ межгорных впадин. К ним относятся бессточное, незамерзающее, солоноватое озеро Иссык-Куль, высокогорные (на высоте более 3000 м ) озёра Сонкёль и Чатыркёль, большую часть года покрытые льдом. Распространены также каровые и приледниковые озёра (в том числе озеро Мерцбахера, расположенное между ледниками Северного и Южного Иныльчек). Из озёр Восточного Т.-Ш. наиболее крупное озеро Баграшкёль, связанное р. Кончедарья с озером Лобнор. На сыртовых равнинах, главным образом в верховьях р. Нарын, и в понижениях моренного рельефа много мелких озёр. Ряд озёр завально-запрудного происхождения и отличается значительной глубиной и крутыми берегами (например, озеро Сары-Челек в южных отрогах Чаткальского хребта).
Оледенение. Площадь оледенения 10,2 тыс. км2 (из них около 80% на территории СССР). Наибольшее оледенение сосредоточено в хребтах Центрального Т.-Ш., др. центрами являются хребты Заилийский Алатау, Терскей-Алатау, Акшийрак, Кокшалтау, а в Восточном Т.-Ш. — хребты Ирен-Хабырга и Халыктау. С хребтов Центрального Т.-Ш. стекают сложные долинные ледники; крупнейшие — Южный Иныльчек (длина 59,5 км ), Северный Иныльчек (38,2 км ) и самый значительный ледник Восточного Т.-Ш. — Кара-джайляу (34 км ). Характерны главным образом небольшие долинные, каровые и висячие ледники, а для Внутреннего Т.-Ш. обычны ледники плоских вершин, залегающие на высоко расположенных поверхностях выравнивания. Большая часть ледников Т.-Ш. находится, по-видимому, в стадии сокращения, однако в 1950—70 отмечалось наступание отдельных ледников (ледники Мушкетова, Северный Карасай и др.).
Основные типы ландшафтов. Сухость и континентальность климата обусловливают преобладание в Т.-Ш. горных степей и полупустынь. Подгорные наклонные равнины, предгорья многих хребтов (главным образом южной экспозиции) и наиболее засушливые участки в пределах некоторых межгорных котловин (например, на З. Нарынской и Иссык-Кульской котловин) занимают ландшафты пустынь в комплексе с полупустынями (преобладающие высоты на внешних склонах гор западной части Т.-Ш. 800—1300 м, на южных склонах гор Восточного Т.-Ш. 1600—1800 м, в межгорных впадинах Внутреннего Т.-Ш. местами до 2000 м ). Основные почвы — малогумусные серозёмы на лёссах и лёссовидных суглинках, встречаются солончаки и участки каменисто-щебнистых пустынь. Растительность покрывает обычно 5—10% поверхности. В Юго-Западном Т.-Ш., где осадки выпадают преимущественно весной, многочисленны эфемеры и эфемероиды (мятлик, пустынная осока, астрагалы и др.). На остальной территории преобладают полукустарнички — полыни и солянки, в Восточном Т.-Ш. — также эфедра, местами заросли саксаула.
Верхние части предгорий и значительные участки в пределах межгорных впадин занимают полупустыни. На северных склонах и по днищам впадин они обычно располагаются на высоте 1600—2100 м (по более увлажнённым долинам местами спускаются до 800 м ), на южных склонах хребтов Восточного Т.-Ш. поднимаются до 2200 м. Почвы — тёмные серозёмы и серо-бурые полупустынные с содержанием гумуса 2,5—3,5%, по понижениям рельефа — солончаки и солонцы. Растительность покрывает 15—25% поверхности; преобладают полынно-ковыльно-солянковые сообщества, во Внутреннем и Восточном Т.-Ш. — также поташник, карагана. Полупустыни используются в основном как весенне-осенние пастбища (продуктивность 1—5 ц/га ).
Степи распространены наиболее широко, располагаясь на высотах от 1000—1200 до 2500—2600 м на склонах северной экспозиции в западной части Т.-Ш. и от 1800 до 3000 м на южных склонах Восточного Т.-Ш. Они занимают также днища межгорных впадин до высоты 3000—3200 м. Почвы светло-каштановые и светло-бурые горно-степные. Преобладают злаково-разнотравные мелкодерновинные степи. Растительность покрывает около 50% поверхности. Основу растительности покрова составляют полынь, типчак, ковыль, житняк; в восточном направлении усиливается роль чия, караганы. В хребтах Юго-Западного Т.-Ш. — высокотравные (до 70 см ) субтропические степи на тёмных выщелоченных серозёмах и коричневых почвах с участием пырея, луковичного ячменя, девясила, прангоса, ферулы, над которыми поднимаются отдельные деревья и кустарники (абрикос, боярышник и др.). В пределах наиболее увлажнённых восточных частей межгорных впадин формируются разнотравно-злаковые лугостепи на темно-каштановых почвах. Растительность покрывает обычно 80—90% поверхности. В верхней части степного пояса встречаются стелющиеся формы можжевельника. Степи используются главным образом как весенне-летние пастбища (продуктивность до 10 ц/га ).
Леса в Т.-Ш. не образуют сплошного пояса, а встречаются в сочетании со степями и лугами. В периферийных хребтах Северного и Юго-Западного Т.-Ш. они располагаются в среднегорьях на высоте 1500— 3000 м, во внутренних районах гор нижняя и верхняя границы лесов повышаются (соответственно до 2200 и 3200 м ). Леса почти повсеместно (за исключением юго-западной Киргизии) расположены на северных склонах, занимая наибольшие площади в хрбтах Заилийский Алатау, Кунгей-Алатау, Терскей-Алатау, Кетмень, в восточной части хребта Атбаши, а также в хребтах Богдо-Ула и Ирен-Хабырга в Восточном Т.-Ш. В горном обрамлении Ферганской долины леса произрастают на юго-западных и южных наветренных склонах, что обусловливает их высокое увлажнение. Нижнюю часть лесного пояса хребта Заилийский Алатау образуют дикая яблоня, дикий абрикос (урюк), боярышник, осина, клён Семенова; в подлеске — кустарники (барбарис, крушина, жимолость, бересклет, шиповник и др.) на серых лесных почвах. Выше 2000—2200 м лиственные леса сменяются еловыми на горно-лесных темноцветных почвах с высоким (до 15%) содержанием гумуса. Во Внутреннем и в Восточном Т.-Ш. основной лесообразующей породой является ель, приуроченная к участкам склонов северной экспозиции. По днищам широких долин и отрогов и на более освещенных участках склонов леса растут в сочетании с разнотравными (из герани, манжетки, зопника, ириса) лугами субальпийского типа, используемыми как летние пастбища с продуктивностью 15— 20 ц/га. На склонах южной ориентации в пределах лесолуговостепного пояса преобладают степи с участками арчовых (можжевеловых) редколесий.