После того как Аянами Рей вытащила Синдзи Икари из заточения на корабле Мисато Кацураги и доставила его в цитадель НЕРВ, он предстал перед своим отцом.

Командующий Икари выглядел совсем не так как раньше. Но это и не было удивительным, так как прошло много лет со времени предыдущего пилотирования Синдзи Евы-01. Естественно прошедшие годы не сделали Гендо моложе, но прежний облик изменился не очень сильно. Единственным существенным отличием стала замена привычных круглых очков на сложные имплантанты, охватывающие его голову.

Позади Командующего стоял его бессменный заместитель профессор Фуюцки, который всегда поддерживал все его начинания. Он был настоящей правой рукой Гендо Икари и заслуженно пользовался его полным доверием.