Действие развивается в параллельном мире, где наука сплавлена с магией, и сверхъестественные способности давно никого не удивляют. Их носители делятся на две категории: эсперов, которые в результате направленной мутации получили один, пусть и мощный дар, и магов, которые могут быть слабее, но диапазон возможностей у них куда шире. Юных эсперов со всей Японии собирают в единый образовательный центр - Академгород. Там и учится главный герой Тома Камидзё. Дар у парня весьма странный: его правая рука - универсальный негатор, то есть, обнуляет любое парафизическое, магическое или божественное воздействие. А раз так, считает Тома, то и немногие крупицы счастья, посылаемые судьбой, до него просто не доходят, и вся его жизнь - полная невезуха (его любимая фраза). То на телефон наступит, то не с теми парнями свяжется, то обнаружит на перилах собственного балкона на редкость милое и голодное юное создание в костюме монашки...

Юное создание, отъевшись и придя в себя, радостно сообщило, что звать ее Индекс, а родом она из Англии, где бежала из тайного церковного ордена. Братья-монахи заложили в память девушки-волшебницы содержание более 100 000 запрещенных магических книг, превратив носителя в живую библиотеку с указателем, то есть, индексом. Естественно, подобную ценность держали под строгим надзором, а ей не понравилось, свободы захотелось, понимаешь... В итоге вместе с нежданной гостьей у Томы прибавились сразу две проблемы. Первая - по следу беглянки идут могущественные маги-охотники, да и местные авторитеты уже заинтересовались. Вторая - такой массив информации без регулярной техподдержки вскоре просто убьет носителя. И разбирайся, Камидзё-сан, как хочешь. Вот такое невезение...