Первыми физиогномистами были дикари, которые раскрашивали свои лица, чтобы напугать своих врагов. Египтяне пытались достичь физиогномического эффекта, изменяя форму черепа. Характерным примером являются хранящиеся в берлинском музее искусственно вытянутые черепа дочерей Аменофиса, датируемые 1350 г. до н. э. Первым письменным свидетельством о физиогномических изысканиях мы обязаны Аристотелю. Из приписываемой ему физиогномики мы узнаем, что и до него физиогномисты исследовали выражение «лиц» животных, чтобы раскрыть тайну человеческого лица.

С угасанием древних культур прекратился и интерес к физиогномике. Только у Леонардо да Винчи мы находим возрастающее количество сообщений о его физиогномических наблюдениях. Очень подробными физиогномическими исследованиями занимался Микеланджело — о чем, без сомнения, свидетельствуют его картины, которые правдиво и даже натуралистично передают человеческие страсти и страдания — но он, к сожалению, не оставил никаких письменных свидетельств о своих физиогномических исследованиях.