В ряде писем Плетневу писатель напоминает о присланной с пятой тетрадью большой вставке в статью «О лиризме наших поэтов», а в письме от 2 ноября 1846 г. просит исключить из текста главы «Русской помещик» слова: «назови немцем, если не хватит другого слова», а также примечание к ним и из статьи «Близорукому приятелю» слова: «Сел верхом на коротконосьи».
Называя свое произведение «Выбранными местами из переписки с друзьями», прося своих корреспондентов присылать ему обратно письма для переработки и связывая работу над книгой с получением этих писем, Гоголь в то же время заявлял, что старые письма потребовали очень больших, переделок. На самом деле письма к друзьям лишь отчасти вошли в книгу. Почти все статьи, составляющие ее, были Гоголем специально написаны вновь. «Выбранные места» писались и составлялись по плану, и Гоголь придавал большое значение композиции книги.
По просьбе Гоголя, книга поступила на цензуру А. В. Никитенко. Гоголь не ожидал больших возражений со стороны цензуры. Однако книга вызвала к себе настороженное отношение цензора вследствие того, что писатель признавал наличие в современной русской жизни острых конфликтов, и предлагал утопические способы их преодоления. Во второй тетради Никитенко направил в духовную цензуру статьи «Несколько слов о нашей церкви и духовенстве» и «О том же». Духовный цензор высказался против опубликования их, наложив на них резолюцию: «Нельзя пропустить, ибо у сочинителя понятия о сих предметах конфузны» (письмо Плетнева Шевыреву от 1 ноября 1846 г. — Н. В. Гоголь. Материалы и исследования, т. 1, М.—Л., 1936, стр. 164). И лишь вмешательство обер-прокурора синода гр. Протасова, к которому обратился Плетнев, спасло статьи от запрещения. Однако в дальнейшем Никитенко подверг запрещению три статьи третьей тетради: XIX — «Нужно любить Россию», XX — «Нужно проездиться по России» и XXI — «Что такое губернаторша» и две — в четвертой: XXVI — «Страхи и ужасы России» и XXVIII — «Занимающему важное место». Попытка Плетнева добиться отмены решения цензора через наследника, которому он прочел запрещенные главы из третьей тетради, не увенчалась успехом. Наследник согласился с цензором, что «это хоть и интересно и. написано в добром духе, но… лучше не печатать это» (письмо Плетнева А. В. Никитенко от 4 ноября 1846 г. — Н. В. Гоголь. Материалы и исследования, т. 1, М.—Л., 1936, стр. 167).
Изменения, которые вносил цензор, имели целью смягчение мест, говорящих о злоупотреблениях и вообще о темных сторонах общественной жизни. Такие места либо вовсе вычеркивались, либо переделывались цензором. Они составляют основную массу цензурных переделок и изъятий. Кроме того, цензор стремился, по возможности, уничтожить все прямые намеки на современные обстоятельства и обращения к определенным лицам. Так, в главе «О помощи бедным» во фразе: «Обращаюсь к нападениям вашим на глупость петербургской молодежи, которая затеяла подносить золотые венки и кубки чужеземным певцам и актрисам в то самое время, когда в России голодают целиком губернии» цензор вычеркнул слово: «петербургской», а слова «когда в России голодают целиком губернии» заменил более неопределенными: «когда голодают столь многие».
Издание «Выбранных мест», вышедшее под редакцией Плетнева в 1847 году, напечатано с цензурными переделками, которые в настоящем томе приведены как разночтения этого издания с указанием в скобках «цензурн.» (см. варианты). Наибольшим цензурным искажениям и изъятиям среди пропущенных цензурой статей подверглись: «О лиризме наших поэтов», «О театре, об одностороннем взгляде на театр и вообще об односторонности», «Русской помещик» и «Исторический живописец Иванов».
Рукопись, по которой печатается текст «Выбранных мест» в настоящем издании (ЛБ2), испещрена пометками, исправлениями и зачеркиваниями цензора, а также полистно скреплена подписью Никитенки. Следы типографской краски свидетельствуют о том, что набор издания 1847 г. (Пл) производился непосредственно с этой рукописи.
Многочисленные цензурные переделки, сокращения и изъятия ослабили и без того непоследовательную и противоречивую критику социальной действительности в книге Гоголя. В результате этого реакционная направленность «Выбранных мест» выступила в издании 1847 года с особой силой и определенностью.
Гоголь выразил крайнее неудовольствие тем, что «Выбранные места» были изданы в столь искаженном виде, и пытался добиться пересмотра решений цензора и переиздания книги. Он заявлял, что «Плетнев сделал большую неосмотрительность этим выпуском одного клочка наместо всей книги» (письмо А. О. Россету от 11 февраля 1847 г.). Если прежде, начиная работу над книгой, он мечтал о том, что второе издание «Выбранных мест» потребуется ввиду того, что произведение вызовет к себе большой интерес, то после выхода книги в свет второе издание представлялось ему необходимым для того, чтобы возместить недостатки первого и напечатать книгу без цензурных изъятий. Еще до получения известия о выходе книги, он обратился к своим петербургским друзьям: П. А. Вяземскому, П. А. Плетневу и М. Ю. Виельгорскому — с просьбой, чтобы они совместно пересмотрели статьи, запрещенные цензурой, и подготовили их текст к представлению царю, которого Гоголь думал просить о пересмотре решения цензора (см., например, письма Гоголя к Вяземскому от 28 февраля 1847 г., к Плетневу от 5 и 15 января 1847 г. и М. Ю. Виельгорскому от 27 марта 1847 г.). Гоголь написал письмо Николаю I и настаивал на том, чтобы друзья помогли ему обратиться к царю. Кроме П. А. Вяземского, П. А. Плетнева и М. Ю. Виельгорского, в подготовке второго издания «Выбранных мест» должен был принять участие А. О. Россет. «Вы уже, без сомнения, знаете, что я писал всем, кому следует, чтобы представить это дело на рассмотренье того, кому следует. А потому, как только эго будет разрешено, книга должна явиться вторым изданием в полном виде с размещением всех мест в таком точно порядке, как было у меня, до времени беспорядков, произведенных взбалмошно-неразумной цензурой» — писал Гоголь А. О. Россету 11 февраля 1847 г. и далее обращался к нему с просьбой помочь Плетневу при печатании второго издания книги.