В то же время пражская фонологическая концепция, разработанная прежде всего Н. Трубецким, была далее развита Р. Якобсоном. По собственным свидетельствам последнего, во многом концепция дифференциальных признаков была результатом его последних дискуссий с Н. Трубецким в 1937–1938 гг. Уже в 1938 г. Р. Якобсон успел доложить Пражскому кружку свои идеи о возможности сведения фонем к комбинациям двоичных различительных (дифференциальных) признаков. Окончательно концепция сформулирована в известной работе, изданной в 1952 г. и выполненной Р. Якобсоном в соавторстве с американским лингвистом (также выходцем из России) М. Халле и крупным шведским специалистом по акустике речи Г. Фантом; по-русски эта работа «Введение в анализ речи: Различительные признаки и их корреляты» издана в 1962 г. во втором выпуске сборника «Новое в лингвистике». Здесь последовательно каждая из известных в языках мира фонем трактуется как «пучок дифференциальных признаков» Каждый из этих признаков в системе того или иного языка противопоставляет одни фонемы другим (один и тот же признак может в одном языке противопоставлять фонемы, в другом нет, в последнем случае он оказывается не дифференциальным и, следовательно, не фонологичным). С одной стороны, концепция дифференциальных признаков стала реализацией идей Ф. де Соссюра об описании языка целиком через структурные свойства, через различия. С другой стороны, дифференциальные признаки — не чисто оппозитивные сущности, каждый из них имеет положительное акустическое значение (здесь важно было содействие в работе акустика Г. Фанта). Многие из выделенных признаков являются уточненными коррелятами традиционных звуковых признаков, давно известных (гласность — согласность, распавшаяся на два признака: гласность — негласность и согласность — несогласность; звонкость — глухость и др.), некоторые признаки однако менее очевидны. Сущность фонемы исчерпывается дифференциальными признаками, тогда как соответствующие фонемам реальные звуки обладают также рядом других признаков, которые однако не имеют отношения к фонологии.

В пределах данной концепции впервые для одного из ярусов языка была предложена универсальная система единообразного описания, не зависящего от особенностей конкретного языка. Система дифференциальных признаков в разных языках, разумеется, может не вполне совпадать, однако общий набор признаков один и тот же для всех языков мира, хотя какие-то из признаков могут в части языков отсутствовать. Дальнейшее привлечение ранее не известного материала может только добавить к известным примерно двум десяткам дифференциальных признаков какие-то новые. Аналогичные идеи Р. Якобсон старался распространить на другие ярусы языка, примером чему служит упомянутая выше статья о русских падежах, где строились дифференциальные признаки грамматического значения. Однако ввиду слишком сложной структуры построить сколько-нибудь универсальную систему дифференциальных признаков для морфологии или семантики не удалось.

Последующее развитие лингвистической теории заставило Р. Якобсона в ряде пунктов пересмотреть ряд теоретических постулатов, свойственных раннему структурализму и часто прямо восходящих к Ф. де Соссюру. В этом отношении важно выступление Р. Якобсона на первом международном симпозиуме «Знак и система языка» в Эрфурте (ГДР) в 1959 г. Данное выступление, как и рассматриваемые ниже статьи Р. Якобсона «Значение лингвистических универсалий для языкознания» и «Лингвистика и теория связи», включено в хрестоматию В. А. Звегинцева. Здесь ученый подверг пересмотру ряд положений Ф. де Соссюра, так или иначе принимавшихся структуралистами межвоенных, а иногда и первых послевоенных лет.

Р. Якобсон, в частности, отмечает неточность обоих выделенных Ф. де Соссюром основных свойств знака — произвольности и линейности. Говорить о произвольности нельзя ни в отношении значительного количества производных и сложных слов, где связь слов с общим корнем никак не произвольна, ни в связи с морфонологическим строением языковых единиц, поскольку правила распределения фонем в корнях и аффиксах разных типов далеко не произвольны. Наконец, и в отношении простых (корневых) слов (которые безусловно в первую очередь имел в виду Ф. де Соссюр) проблема не столь очевидна, как это казалось основателю структурализма, а вопрос о звуковом символизме требует серьезного рассмотрения.

Другой же соссюровский принцип — линейности означаемого — вообще не может быть принят при концепции дифференциальных признаков: фонема — пучок признаков, выступающих одновременно; здесь Р. Якобсон предлагает аналогию с аккордами в музыке. Так же и выделенную Ф. де Соссюром синтагматику языка не следует понимать только как отношение элементов, расположенных во временной последовательности: можно говорить и о синтагматике одновременных элементов, в том числе тех же дифференциальных признаков фонем. Тем самым, по мнению Р. Якобсона, «целый ряд соссюровских положений об основных принципах строения языка утрачивает силу».

Р. Якобсон подверг критике и еоссюровское противопоставление синхронии и диахронии; здесь, впрочем, подобную точку зрения пражцы и близкие к ним лингвисты вроде Г. О. Винокура высказывали задолго до 1959 г. Р. Якобсон, суммируя данный подход, пишет: «Стало ясно, сколь опасна непроходимая пропасть между этими областями и как велика необходимость заполнить эту пропасть. Соссюровское отождествление противопоставления „синхрония — диахрония“ с противопоставлением „статика — динамика“ оказалось ошибочным, поскольку в действительности синхрония отнюдь не статична: изменения совершаются непрерывно и входят составной частью в синхронию. Действительная синхрония динамична; статичная синхрония — это абстракция, необходимая лингвисту для определенных целей, а согласованное с фактами, исчерпывающее синхронное описание должно последовательно учитывать его динамику. В течение некоторого отрезка времени оба элемента любого изменения — его исходная точка и его окончательная фаза — одновременно наличествуют в речи одного и того же языкового коллектива. Эти элементы сосуществуют как стилистические варианты».

В связи с этим Р. Якобсон делает важный вывод, далеко не сводящийся к проблеме сосуществования архаичных и «продвинутых» систем: «Представление о языке как о совершенно однородной, монолитной системе является слишком упрощенным. Язык — это система систем, общий код, включающий различные частные коды». Многие такие «частные коды» принято называть стилями. Пражцам и близким к ним ученым был свойствен интерес к лингвистической стилистике. Однако в 20—40-е гг. они скорее исходили из представления о единой системе языка, из которой в зависимости от функциональной установки отбираются те или иные единицы (так считал, например, Г. О. Винокур); но к 50—60-м гг. стили стали трактоваться в структурной лингвистике (не без влияния дескриптивизма) как особые системы, подъязыки некоторого языка, которые могут описываться самостоятельно.

В докладе ставятся еще два важнейших вопроса: об исследовании языковых значений и об учете в лингвистике позиций говорящего и слушающего. В большинстве направлений структурализма изучение значения оказывалось на заднем плане или даже отбрасывалось вообще (пражцам и советским структуралистам такая точка зрения была свойственна в наименьшей степени). Р. Якобсон призывал к должному учету значения: «Не только означающее, но и означаемое можно исследовать чисто лингвистическими, и притом совершенно объективными, методами». В связи с этим он в качестве такого объективного метода возлагал надежду на компонентный анализ, начало которого можно видеть в выделении сем у В. Скалички. Дальнейшее развитие такого рода методики привело к разложению не только грамматических, но и лексических единиц на семантические компоненты, см. пример, приводимый Р. Якобсоном: «петух — это самец курицы». При этом разложение лексической единицы на компоненты рассматривается Р. Якобсоном как перифразирование, изменение означающего при сохранении смыслового инварианта. Такой подход к семантике получил широкое распространение в 50—70-е гг., в том числе у ряда советских лингвистов. Однако выяснилось, что разные лексические единицы поддаются такому анализу в разной степени. В рамках структурализма полноценную теорию языкового значения так и не удалось построить.