Воспользовавшись смутами в Малороссии, Польша отказалась признавать Алексея Михайловича наследником польского престола и не уступала Москве её завоеваний. Следствием этого была вторая польская война. В июне 1660 года князь Хованский потерпел поражение у Полонки, в сентябре — Шереметев под Чудновым. Дела приняли ещё более опасный оборот благодаря продолжавшимся в Малороссии смутам. Тетеря присягнул королю, который явился на левой стороне Днепра, но после неудачной осады Глухова в начале 1664 года и успешных действий его противников — Брюховецкого, избранного гетманом на левой стороне Днепра, и князя Ромодановского — ушёл за Десну. А. Ордин-Нащокин советовал царю отказаться от Малороссии и обратиться на Швецию. Алексей Михайлович отклонил это предложение; он не терял надежды. Благоприятному исходу борьбы способствовали внутренние беспорядки в Польше и переход гетмана Дорошенко, преемника Тетери, в подданство турецкому султану. 13 января 1667 года заключён был мир в деревне Андрусов. Царь Алексей Михайлович по этому миру приобрёл Смоленск, Северскую землю, левую сторону Днепра и, кроме того, Киев на два года.
Во время войн 1654—1658 годов царь часто отсутствовал в Москве, находился, следовательно, вдали от Никона и присутствием своим не сдерживал властолюбия патриарха. Вернувшись из походов, он стал тяготиться его влиянием. Враги Никона воспользовались охлаждением к нему царя и непочтительно стали относиться к патриарху. Горделивая душа архипастыря не могла снести обиды; 10 июля 1658 года он отказался от своего сана и уехал в Воскресенский монастырь. Государь, однако, не скоро решился покончить с этим делом. Лишь в 1666 году на духовном соборе под председательством александрийского и антиохийского патриархов Никон был лишён архиерейского сана и заточен в Белозерский Ферапонтов монастырь. В тот же период войн (1654—1667 годы) царь Алексей Михайлович лично побывал в Витебске, Полоцке, Могилеве, Ковно, Гродно, особенно в Вильно, и здесь ознакомился с новым образом жизни; по возвращении в Москву он сделал перемены в придворной обстановке. Внутри дворца появились обои (золотые кожи) и мебель на немецкий и польский образец. Снаружи резьба стала фигурной, во вкусе рококо, а не только лишь на поверхности дерева по русскому обычаю.
В 1654 году царь распорядился из накопленных в казне талеров отчеканить рубли. На одной стороне был изображен орел в квадрате (картуше) и в орнаментах, дата буквами и надпись «рубль». На другой стороне царь-всадник на скачущем коне, по кругу надпись: «Божиею милостию великий государь, царь и великий князь Алексей Михайлович всея Великия и Малыя России». В связи со сложностью изготовления штемпелей не удалось перечеканить все имеющие талеры. В 1655 году талеры стали надчеканивать с одной стороны двумя штемпелями (прямоугольным с датой «1655» и круглым штемпелем копейки (всадник на коне)). Такая монета получила название «Ефимок с признаком». Ефимок и рубль приравнивались к 64 копейкам (по весу), хотя ранее цена варьировалась от 40 до 60 копеек. Разрубленный на четыре части талер надчеканивали, таким образом, появилась в обращение четвертина (полуполтинник). Была введена ещё монета полуефимок (разрубленный пополам талер с надчеканом). «Ефимок с признаком» и его доли (полуефимок и четвертина) имели хождение в основном на Украине.
Был введен в обращение медный полтинник. Надпись на полтиннике вокруг всадника на идущем коне: «Божиею милостию царь и великий князь Алексей Михайлович всея Руси». На рублях и полтинниках присутствовала дата славянской цифирью (буквами) в переводе «лета 7162», то есть по летоисчислению от Сотворения Мира.
Собирание налогов было велено производить серебром, а выплаты из казны — медными монетами. Таким образом, царь быстро пополнил казну серебром. Однако крестьяне отказывались продавать зерно, а купцы — товары за медь, следствием чего стал медный бунт. Впоследствии медные монеты были изъяты из обращения.
Монетная реформа Алексея Михайловича считается неудачной, и только при Петре I началась чеканка монет, по качеству не уступающим европейским монетам.
Едва успела стихнуть война с Польшей, как правительство должно было обратить внимание на новые внутренние беспорядки, на Соловецкое возмущение и бунт Разина.
С падением Никона не уничтожено было главное его нововведение: исправление церковных книг. Многие священники и монастыри не согласились принять эти новшества. Особенно упорное сопротивление оказал Соловецкий монастырь; осаждённый с 1668 года, он взят был воеводой Мещериновым 22 января 1676 году; мятежники были перевешаны.
В то же время на юге поднял бунт донской казак Степан Разин. Ограбив караван гостя Шорина в 1667 году, Разин двинулся на Яик, взял Яицкий городок, грабил персидские суда, но в Астрахани принёс повинную. В мае 1670 года он снова отправился на Волгу, взял Царицын, Чёрный Яр, Астрахань, Саратов, Самару и поднял черемис, чувашей, мордву, татар, но под Симбирском разбит был князем Ю. Барятинским, бежал на Дон и, выданный атаманом Корнилом Яковлевым, казнён в Москве 6 июня 1671 года.
Вскоре после казни Разина началась война с Турцией из-за Малороссии. Брюховецкий изменил Москве, но и сам был убит приверженцами Дорошенка. Последний стал гетманом обеих сторон Днепра, хотя управление левой стороной поручил наказному гетману Многогрешному. Многогрешный избран был в гетманы на раде в Глухове (в марте 1669 года), снова перешёл на сторону Москвы, но свергнут старшинами и сослан в Сибирь. На его место в июне 1672 года избран Иван Самойлович. Между тем турецкий султан Магомет IV, которому поддался Дорошенко, не хотел отказаться и от левобережной Украйны. Началась война, в которой прославился польский король Ян Собеский, бывший коронным гетманом. Война окончилась 20-летним миром лишь в 1681 году.
Из внутренних распоряжений при царе Алексее можно выделить следующее: запрет беломестцам (монастырям и лицам, находившимся на государственной, военной или гражданской службе) владеть чёрными, тяглыми землями и промышленными, торговыми заведениями (лавками и проч.) на посаде; окончательное прикрепление тяглых классов, крестьян и посадских людей, к месту жительства; переход воспрещён был в 1648 года не только крестьянам-хозяевам, но и детям их, братьям и племянникам. (По Соборному Уложению 1649 года).
Основаны новые центральные учреждения, каковы приказы: Тайных дел (не позже 1658 года), Хлебный (не позже 1663 года), Рейтарский (с 1651 года), Счётных дел (упоминается с 1657 года), занятый проверкой прихода, расхода и остатков денежных сумм, Малороссийский (упоминается с 1649 года), Литовский (1656—1667 годы), Монастырский (1648—1677 годы).
В финансовом отношении сделано также несколько преобразований: в 1646 году и следующих годах совершена перепись тяглых дворов с их совершеннолетним и несовершеннолетним населением мужского пола, сделана неудачная вышеуказанная попытка введения новой соляной пошлины; указом от 30 апреля 1653 года запрещено было взымать мелкие таможенные пошлины (мыт, проезжие пошлины и годовщину) или отдавать их на откуп, и велено было зачислить в рублёвые пошлины, взимаемые в таможнях; в начале 1656 года (не позже 3-го марта) ввиду недостатка денежных средств выпущены медные деньги. Вскоре (с 1658 года) медный рубль стал цениться в 10, 12, а в 1660-хгодах даже в 20 и 25 раз дешевле серебряного; наступившая вследствие этого страшная дороговизна вызвала народный мятеж (Медный бунт) 25 июля 1662 года. Мятеж усмирён обещанием царя, наказать виновных и высылкой стрелецкого войска против мятежников. Указом от 19 июня 1667 года, велено было приступить к постройке кораблей в селе Дединове на Оке; впрочем, выстроенный тогда же корабль сгорел в Астрахани.
В области законодательства: составлено и издано Соборное уложение (печаталось в 1-й раз 7—20 мая 1649 года) и пополняющие его в некоторых отношениях: Новоторговый устав 1667 года, Новоуказные статьи о разбойных и убийственных делах 1669 года, Новоуказные статьи о поместьях 1676 года, воинский устав в 1649 года. Также Россия объединилась с Украиной в 1654 году.
