А железную дорогу в основном строили заключенные и ссыльные. Вот свидетельство исследователя истории каторги в Сибири. Еще в 1894 году на строительство Сибирской железной дороги из Александровского централа было послано сначала 100 человек, затем еще 421 человек, которые забивали сваи, расчищали трассу. К. этому следует прибавить еще 400 заключенных, работавших на Николаевском железоделательном заводе, где они были заняты на изготовлении рельсов. «Летом 1907 года из Александровского централа были отправлены две партии заключенных на строительство Амурской железной дороги. Эта железная дорога, которую строили исключительно каторжане, была полита кровью и потом десятков тысяч людей. В первую очередь из тюрьмы были отправлены политические заключенные, осужденные пожизненно или на длительный срок… Летом 1907 года на строительстве Средне-Сибирской ж. д. было занято 500 заключенных. За все они заработали 12 023 руб., а на питание, одежду и другие расходы заключенных было истрачено только 6647 руб. Остальные деньги пошли в доход казны и на другие тюремные расходы».
В разгар строительства Сибирской магистрали ее в какой-то мере коснулись события 1905 года, которые прогремели и в Сибири, и даже на Дальнем Востоке. В ноябре 1905 года в Чите возникла Читинская республика. Совет республики наладил выпуск газеты «Забайкальский рабочий», издающейся по сие время, осуществил на деле свободу слова, собраний. Были освобождены политические заключенные, а специальный отряд под руководством В. Н. Курнатовского с оружием в руках освободил из Акатуйской каторжной тюрьмы матросов Черноморского флота — участников восстания на военном транспорте «Прут».
И все-таки, несмотря на трудности, хищническую эксплуатацию, несмотря на применение в основном ручного труда и отсутствие механизации, величайшая в мире железная дорога была построена в очень короткие сроки. В. И. Ленин писал по этому поводу: «…«Великая Сибирская дорога» (великая не только по своей длине, но и по безмерному грабежу строителями казенных денег, по безмерной эксплуатации строивших ее рабочих) открывала Сибирь…»
В ходе проектирования и строительства Великой Сибирской магистрали возник и еще один вопрос, который получает свое разрешение только в наше время, — вопрос о сооружении железной дороги к северу от озера Байкал с самостоятельным выходом к Тихому океану севернее Владивостока. Возник северный вариант транссибирской трассы.
Начало этого вопроса связано с обсуждением направления восточной части Сибирской магистрали. Кроме южного направления, выдвигалось северное направление. К 1887 году относится принятие решения о строительстве Великой Сибирской магистрали. Тогда же были организованы три экспедиции по изысканию железнодорожного пути: среднесибирская, забайкальская и южноуссурийская. Тогда же и началась дискуссия о направлениях. В этом году генерал-майор А. П. Проценко предложил производить постройку пути по кратчайшему (с точки зрения геодезии) направлению: Красноярск, Братский острог — северная оконечность Байкала — далее по реке Верхняя Ангара — через реку Витим — по рекам Зее и Бурее к Амуру в район Хабаровска, а оттуда к Владивостоку.
Прочитавший записку А. П. Проценко начальник Томско-Иркутской экспедиции Н. П. Меженинов, поддерживая северный вариант дороги, «доказывал не только то, что она будет на 550 верст короче, но и то, что она сравнительно с линией по южному направлению пойдет по местности более удобной, пересечет меньшее число хребтов, при лучших технических условиях и при меньшем количестве земляных работ». Шесть партий Н. П. Меженинова, закончив изыскания по южному направлению, выехали в Петербург, где занялись составлением проекта, а изыскательские работы от северной оконечности Байкала до Амура министерством путей сообщения по ходатайству генерал-губернаторов А. Н. Корфа и Н. П. Игнатьева были поручены инженеру путей сообщения Прохаско.
В это же время полковник генерального штаба Н. А. Волошинов провел с 16 июля по 24 сентября 1889 года глазомерную съемку и барометрическое нивелирование по маршрутам Ангара — Лена и между Ангарой и долиной реки Муи на расстоянии около 1200 верст. А инженер Прохаско вел обследование маршрута между рекой Муей и рекой Черный Урюм. Судьба подлинных материалов Волошинова не выяснена, но результаты проведенной «железнодорожной разведки», основные полученные выводы приведены в цитированном выше его докладе на заседании Восточно-Сибирского отдела ИРГО 19 октября 1889 года. Маршрут Волошинова проходил от Ангары через Усть-Кут до Нижнеангарска, а затем Кумора-Делакоры — Яксай, Катеро-Янчуйский перевал через Северо-Муйский хребет в долину реки Муя.
Вывод Н. А. Волошинова из своих и других изысканий был совершенно однозначен: «На основании результатов съемки и расспросных сведений выяснилось совершенно точно наиболее выгодное направление железнодорожного пути от Ангары к северному углу Байкала и определилась длина этого пути» — по прямой около 400 верст, а по избранному направлению около 700 верст.
На окончательное заключение Н. А. Волошинова повлияли очень тяжелые физико-географические условия и экономическое состояние районов, по которым проляжет трасса севернее Байкала. Он написал: «Не входя в подробности, можно предсказать с полной уверенностью, что в зависимости от указанного общего характера местности технические условия постройки железной дороги по северному направлению сделают ее совершенно непригодной для мирового транзита — постройка и эксплуатация ее вызовут громадные трудности и непомерные расходы».
Вместе с тем он отмечал, что районы северного направления хорошо известны золотоискателям и горным отводчикам, которые «исходили множество рек, перевалили через множество хребтов. Редко встретишь речку, на которой уже не побывал бы золотоискатель».
Изыскания Волошинова и Прохаско предопределили окончательное решение комиссии Императорского Русского технического общества, в составе которой были крупнейшие ученые А. И. Воейков, Н. А. Иосса, В. О. Герценштейн, И. В. Мушкетов, И. И. Стебницкий, А. А. Тилло, И. Д. Черский, Э. Ю. Петри, в пользу южного направления. На последнем заседании этой комиссии 1 декабря 1890 года был окончательно принят южный вариант строительства Великой Сибирской магистрали.
Во всей этой истории интересно то обстоятельство, что Волошиновым был совершенно правильно избран ход между рекой Киренгой и северной оконечностью Байкала с переходом Байкальского хребта через Гоуджокитский перевал. В пояснениях к записке-карте, изданной в 1890 году, он, оправдывая и отстаивая свое заключение, отметил: «Теперь документально доказано, 1) что обход озера Байкала с юга не представит особых трудностей, 2) что проведение линии в обход озера Байкала с севера, по направлению, предложенному генерал-майором Проценко и инженером Межениновым, трудновыполнимо и решительно во всех отношениях невыгодно».
Подкрепляя свой последний, экономический тезис, Волошинов приводил и такой довод. «Затем, — написал он, — стоит только провести ту черту, которая составляет границу успешного хлебопашества, и сразу станет ясно, как, где и для чего нужно строить сплошную, непрерывную сибирскую дорогу. К северу от черты лежат места, которым не нужна сибирская дорога. Это область звероловов и бродячих инородцев».
Немаловажное значение при выборе южного варианта имело и международное положение России на Дальнем Востоке, которое вынуждало рассчитывать на кратчайшие сроки строительства железной дороги. Указывался даже шестилетний срок, в течение которого европейская часть России должна была бы быть связана с Владивостоком. Старейший русский журналист А. А. Краевский писал в те годы: «Все мировое пассажирское движение из Европы в Японию и обратно, а также отчасти из восточных штатов Северной Америки будет совершаться через Сибирь. Из числа всех предприятий XX века Сибирская дорога занимает первое место… Трудно себе представить, какой мировой переворот вызовет Сибирская дорога, равный разве успеху сооружения Суэцкого канала. Пассажирское движение через Суэцкий канал в Китай и Японию совершенно прекратится… Благодаря Сибирской дороге все порты России на Дальнем Востоке, находясь на торном кратчайшем кругосветном пути, будут призваны сыграть первенствующую роль в Тихом океане».