Весной, в середине апреля, когда образуется настолько прочный наст, что выдерживает тяжесть даже медведя, а на елаканах — крутых южных склонах гор — появляются первые проталины, звери поднимаются из берлог. На полянах они отыскивают молодые проростки трав, перезимовавшие ягоды, кедровые орехи из запасов бурундуков, насекомых; иногда, голодая, преследуют лосей.
Через месяц, в мае, медведи собираются на берегу Байкала, где в это время начинается массовый лет огромного количества байкальских ручейников, а бычки подходят на нерест. По вечерам, выходя на берег, медведи бродят по самому заплесу и, ворочая камни, достают набившихся под них ручейников. Насытившись к полуночи, звери уходят в тайгу, но под утро приходят опять и вновь уходят под покров тайги с восходом солнца. В часы кормежки зверей на берегу слышен стук камней, переворачиваемых медведями, с одного мыса можно видеть двух-трех зверей.
В конце июня, когда горные луга богаты сочным разнотравьем, большинство медведей поднимаются по долинам рек в горы, где и кормятся все лето. Сначала они поедают мясистые стебли и листья большетравья, позднее поспевают ягоды и, наконец, кедровые орехи — излюбленный нажировочный корм. В конце октября медведи бродят в поисках места для берлоги и вскоре залегают под большими плоскими камнями или под корнями деревьев.
Среди диких копытных заповедника наиболее многочислен северный олень, но держатся олени небольшими группами по три — пять голов. Летом их постоянно можно встретить в верховьях рек и на перевалах, где они пасутся на горных лугах и любят отдыхать на снежниках или в тени скал. В октябре олени спускаются в таежные предгорья или прибрежные низменности и пасутся по бруснично-ягелевым борам, в кедрово-пихтовой тайге и по болотам. В апреле они вновь поднимаются в горы, обычно по одним и тем же тропам. В это время легче всего можно видеть цепочку северных оленей, каждый из которых, экономя силы, удивительно точно ступает в след впереди идущего.
Лось в заповеднике стал почти столь же обычным, как и северный олень. Однако он появился здесь недавно, придя с севера, с Витимского нагорья. Теперь он заселил уже всю территорию, но зимой большая часть лосей спускается в долины рек таежного предгорья, где не такие высокие снега, много ивняков, березняков и подроста пихты, т. е. основных его кормов. Летом по долинам наиболее крупных рек лоси поднимаются до высокогорных лугов, и здесь можно встретить их следы рядом со следами северного оленя.
До появления лося в заповеднике, лет 30 назад, здесь было много маралов. Однако параллельно увеличению числа лосей исчезал марал, и теперь он стал большой редкостью в заповеднике. Очевидно, марал не выдерживает конкуренции с лосем и уходит через перевалы на восточные склоны Баргузинского хребта, где по-прежнему лося еще немного.
Еще одно копытное заповедника — кабарга. Мэкчака, как называют кабаргу эвенки, живет повсюду. Больше всего ее на прибрежных мысах, обрамляющих бухты Байкала; кое-где живет она и по бортам узких речных долин в глубине тайги. В сильно захламленной, густой, темнохвойной тайге крутых склонов этого скрытного, живущего поодиночке зверя трудно заметить. Только маленькие и острые копытца, оставляя следы, выдают присутствие кабарги.
Вероятно, ни один зверек так часто не попадается на глаза человеку, как бурундук. Любопытный и задорный, он встречает свистом или цоканьем каждого пришельца и провожает его до границы своего участка обитания.
Нередка в тайге белка, которая здесь зимой темно-серая, а летом смолисто-черная. Особенно много ее в кедровниках и зарослях кедрового стланика, но в последние годы количество белок заметно сократилось. Обычна в заповеднике летяга, но довольно редок заяц-беляк.
В гольцах, на горных лужайках, затерявшихся среди каменистых россыпей и зарослей кедрового стланика, постоянно слышен короткий и резкий свист черношапочного сурка. Выждав немного, пока уляжется тревога, можно увидеть и самих зверьков, сидящих на камнях. Колонии сурков чаще встречаются в верховьях рек и горных ключей; здесь на зеленых лужайках зверьки кормятся сочной травой. К осени черношапочный сурок переходит на орехи кедрового стланика. Только этот необычайно питательный корм в суровых гольцах севера обеспечивает суркам большие жировые запасы на период длинной зимней спячки и голодной поздней весны. Уже в конце сентября, накопив до 2 килограммов жира, сурки сменяют летние убежища среди камней на глубокие зимние норы. Только в середине мая, когда появляются первые проталины на южных склонах, сурки выходят на поверхность. В это время они долго пасутся на зеленеющих лугах, отыскивают насекомых или блаженно греются, распластавшись на теплых камнях, согретых весенним солнцем.
В заповеднике проходит юго-западная граница ареала черношапочного сурка, и численность его здесь невелика. К тому же раньше в этих местах был интенсивный промысел, резко сокративший количество сурков. Теперь поголовье их медленно восстанавливается.
Там же, где и сурки, в каменистых россыпях, шныряют бесчисленные северные пищухи. Тонкий, похожий на птичий свист сопровождает каждого путника среди россыпей и скал гольцового и таежного поясов гор. Уже в начале августа под каменными плитами можно найти их запасы — тщательно высушенные травы, веточки березы или ивы. Эти запасы сена — большое подспорье зверькам, деятельным всю долгую зиму.
В тундрах гольцовой зоны можно поймать саянскую высокогорную полевку, но самые многочисленные мышевидные грызуны здесь, как и повсюду в заповеднике, красные и красно-серые полевки. По берегам рек, особенно в нижнем поясе, много полевок-экономок; здесь же найден лесной лемминг. Редка в заповеднике большая лесная мышь: для нее условия Подлеморья слишком суровы.
Один из самых замечательных зверей этого края — байкальская нерпа. Есть все основания считать, что этот эндемичный для Байкала вид тюленя проник сюда в ледниковую эпоху, очевидно, через Лену. Древний сток Байкала в Лену через Баргузинскую долину и Витим кажется более вероятным путем проникновения нерпы и омуля, чем путь через систему Енисей — Ангара. Так или иначе, ближайший родич байкальской нерпы — кольчатая нерпа обитает в Ледовитом океане.
Байкальская нерпа весит до 100 килограммов, она буровато-серебристо-серая сверху и более светлая снизу. В акватории заповедника нерпа встречается повсюду, но чаще между устьями рек Большой и Таркулика. Почти всю жизнь нерпа проводит в воде, но не реже чем каждые 20 минут она должна подниматься на поверхность за воздухом. Для этого зимой она пользуется специальными отдушинами, которые делает во льду в период ледостава и поддерживает их в течение всей зимы. В воде нерпа плавает со скоростью около 18 километров в час, но по берегу или льду передвигается в четыре раза медленнее. Питается байкальская нерпа рыбой, главным образом голомянкой и бычками. Она не приносит вреда рыбному хозяйству.
В феврале — марте у нерпы рождаются детеныши, чаще один, редко два, покрытые густым белым мехом. В снежных сугробах среди торосов мать устраивает для них лежбища. Лишь небольшое отверстие в снежном своде для доступа воздуха и лунка, ведущая под лед, сообщает это гнездо с внешним миром. Нерпенок быстро растет. Мать кормит его молоком около трех месяцев, но уже с первых дней начинает подкармливать рыбой. Через две-три недели нерпенок сбрасывает белый мех, а еще через две недели сам начинает ловить рыбу. Размножаться нерпы начинают на третьем-четвертом году жизни.
В апреле на лед выходят все звери и устраивают залежки по нескольку десятков голов. В мае — июне происходит спаривание. Вскоре, когда распадается лед, нерпы выходят на береговые лежбища. Они любят вылезать на каменистые берега и подолгу лежать недалеко от воды. Особенно известны излюбленные лежбища байкальской нерпы на Ушканьих островах.
Всего на Байкале сейчас насчитывается 25–30 тысяч нерп. На байкальскую нерпу вне заповедника раньше охотились, добывая ежегодно 1,5–3 тысячи зверей. Ценился жир, составляющий до половины общего веса зверя, а также шкура.