Монастырь пострадал от пожаров в 1737 и 1747 годов, но вскоре был возобновлен. В 1764 году у монастыря отобраны все имения и крестьяне.

В 1812 году монастырь был разграблен и опустошен пожаром, но вскоре возобновлен. В самый день вступления неприятеля в 1812 году в Москву, вечером, первые появились поляки, для грабежа в беззащитном монастыре. Все монахи были высланы, оставался один старец и десять послушников. Солдаты и монахи насмерть стояли в монастыре, пока все не погибли. На другой день, 3 сентября, пришли французы и, выслав поляков, стали продолжать грабить в келиях и церквах. Богатые могилы по два-три раза разрывались алчными врагами, полагавшими найти в них драгоценности. От лесного ряда, загоревшегося при монастыре на северной стороне, и от горючих веществ, брошенных французами, монастырь был объят пламенем. Сперва занялась двускатная деревянная кровля на ограде, потом кровли на башнях и на монашеских келиях. Ночью загорелась колокольня, где упавший с ужасным треском колокол Петра Великого, в тысячу пудов, прошиб и обрушил своды Сергиевской церкви на втором ярусе и повис на развалинах. Вслед за ним рухнул с четвертого яруса Полиелей – другой колокол в 425 пудов – и разбил в мелкие части большой колокол, от чего потряслось все огромное задние колокольни. Разорвались железные связи, но стены ее и верх не повредились. После пожара настоятельские покои с Покровской церковью неприятелями были обращены в казармы, а Преображенский собор и Знаменская церковь – в конюшню. Сколько ни старались оккупанты ввести лошадей в Главную церковь по настланным подмостям, ничего из этого не вышло. Что пощадил огонь, того не пощадили враги. Ограбив в церквах все, что только можно было захватить, они, в надежде найти сокровища, разламывали каменные гробницы в усыпальнице под собором, престолы и жертвенники в алтаре. Грабилось все без пощады. Алмазы и крупные изумруды отскакивали под клещами грабителей с риз, венцов и икон. Случайно отыскав под кровлею собора серебряные ризы с образами, они разрубали их в монастырском саду палашами и делили между собой. 4 сентября по прибытии в монастырь французского генерала, занявшего настоятельские покои, в святых воротах (по правую и левую сторону арки колокольни) расположились гауптвахта с пушками. Монастырь был наполнен фургонами и разными экипажами, скотом и птицами. При отступлении французы хотели подорвать собор, были вырыты ямы для пороха, но того не успели сделать.

^{Новоспасский монастырь. Фото Н.А. Найденова 1887 года.}

К 1820 году все здания, пострадавшие во время наполеоновского нашествия, были, в конце концов, отремонтированы. Из разбившегося при пожаре большого колокола Петра I отлили новый.

В XVII веке монастырь был царским «богомольем», куда совершались «выходы» царя с семейством. В том же веке монастырь был местом заключения, куда отсылались из Преображенского и Сыскного приказов для исправления престарелые преступники и мятежные стрельцы после бунта 1690 года.

Под сводами соборного храма находится усыпальница бояр Романовых, в ней гробниц было до 70, а осталось после 1812 года только 28. В ограде монастыря существовало богатое кладбище.

^{Вход в усыпальницу бояр Романовых. 2004 год.}

Монастырь был закрыт и обращен в концлагерь в 1918 году. Позднее здесь разместилась особая тюрьма, филиал Таганской. В церкви, помещавшейся в колокольне, хранился секретный архив НКВД. Кладбище было снесено.

^{Церковь Сорока мучеников Севастийских у Новоспасского монастыря. 2006 год.}

28 марта 1968 года Совет Министров РСФСР принял специальное постановление: «Учитывая выдающееся историческое, культурное и художественное значение ансамбля памятников архитектуры Новоспасского монастыря в г. Москве и в связи с этим важность его широкого музейного показа населению и туристам, организовать в Спасо-Преображенском соборе, с его уникальной художественной ценностью интерьеров и зданий, музей истории и современной практики реставрационного дела в СССР». В том же 1968 году в Новоспасском монастыре начались реставрационно-ремонтные работы.

Сейчас площадь у Новоспасского монастыря и соседствующей с ним церкви Сорока мучеников превращена в огромную автостоянку. Именно на этом месте, между Крутицким подворьем и Новоспасским монастырем народные ополченцы, собравшиеся из различных сословий и городов России, клялись освободить Кремль и Православные Святыни Москвы от польских захватчиков.

На углу Большой и Малой Коммунистических улиц (бывших Большой и Малой Алексеевских) стоит православный храм во имя Мартина Исповедника, папы римского, жившего в VII веке в Риме, когда еще Западная Церковь не отделилась от Восточной, и Христианская Церковь была единой, Православной. В 649 году папа Мартин I восстал на Вселенском соборе против присоединения к Церкви секты монофизитов, что могло привести к религиозному разделению и расколу Вселенской Церкви. Пользуясь покровительством императора, монофизитские епископы ложно обвинили Мартина в политических преступлениях, после чего он был сослан в ссылку в Херсонес, где умер от голода в 655 году. Память святителя Мартина Исповедника отмечается Русской Православной Церковью.

^{Церковь Мартина Исповедника, папы Римского в Рогожской слободе. 2006 год.}

Редкое имя храма может объясняться тем, что в местности за Яузою на торговом пути «из варяг в греки», греческие купцы и греческое духовенство некогда явились инициаторами закладки в Заяузье первых христианских храмов. Не потому ли местные храмы носят имена самых древних христианских святых, прославившихся еще до того, как произошло разделение Христианской Церкви? Это храмы: Никиты Мученика за Яузою, Архидьякона Стефана за Яузою, Симеона Столпника за Яузою, Апостолов Петра и Павла у Яузских ворот, многочисленные храмы во имя святителя Николая, Мир Ликийских Чудотворца, храм во имя святителя Мартина Исповедника в Новой Алексеевской слободе…

^{Колокольня церкви Мартина Исповедника, папы Римского в Рогожской слободе. 2006 год.}

Новая Алексеевская слобода возникла несколько позже более древней Алексеевской. Название Алексеевской слободы связано с именем святителя Алексия, митрополита Московского и восходит ко временам основания Спасо-Андроникова монастыря (1360 г.). Святитель Алексий неподалеку устроил палатку, откуда лично наблюдал за строительством храма во имя Спаса Нерукотворного на территории будущей обители. По окончании строительства на месте митрополичьей палатки был построен деревянный храм во имя Феодоровской иконы Божией Матери, но в народе его называли Алексеевским. Так, по названию храма, возникло название Алексеевской слободы. Позже появились Большая и Малая Алексеевские улицы.

К сожалению, в наши дни, все еще не восстановлена историческая справедливость, и древние Алексеевские улицы все еще носят название Большой и Малой Коммунистических (переименованы в 1919 и 1922 годах). По инициативе причта и прихожан храма св. Мартина Исповедника на фасаде храма появились вывески – Большая и Малая Алексеевские улицы. Будем надеяться, что в ближайшем будущем улицам будут возвращены их исторические названия и восстановлена преемственность времен, необходимая для возрождения былой славы нашего Отечества.