Затем Ричард продал остров Гвидо де Лузнньяну, бывшему королю Иерусалима, чей брат и преемник Эмери основал династию, которая управляла Кипром почти 300 лет. По сравнению с латинскими поселениями на материке опасность мусульманских набегов для Кипра была не так велика, но страх перед ними заставил Эмери в 1195 году присягнуть западному императору Генриху VI. Император возложил на Эмери корону, а в 1197 году, женившись на наследнице иерусалимского престола Изабелле I, Эмери стал королем-консортом Иерусалима. Хотя местом, где он проводил большую часть времени, была Акра, а не Никосия, это не означало объединения двух королевств: каждое продолжало сохранять свои собственные учреждения и собственные финансы. Эмери не допускал, чтобы средства Кипрского королевства расходовались на защиту Иерусалима, однако он допускал возможность использования кипрской армии для защиты жителей материка. Брак с Изабеллой был бездетным, и после смерти Эмери два королевства какое-то время управлялись разными династиями.
Консолидируя власть франков на Кипре, первые Лузиньяны жаловали сотням рыцарей, оруженосцев и бюргеров территории и права, что принималось охотно, особенно после побед Саладина, обернувшихся значительными территориальными потерями на материке. На Кипре не было крупных феодальных владений с самоуправлением, и судебные функции принадлежали главным образом короне. Лузиньяны были достаточно дальновидны, чтобы не допустить к владению замками или укрепленными городами светских вассалов (практика, к которой из-за постоянной мусульманской угрозы не могли прибегнуть правители Латинского Востока на материке). Такая политика не позволяла знати создавать областные силовые базы, что обеспечивало относительное внутреннее спокойствие на острове (за исключением спровоцированной извне гражданской войны в 1229–1233 годах). Не принадлежали королю, вероятно, только крепости и Колосси и Гастрии, входившие в обширные владения орденои госпитальеров и тамплиеров.
Плодородные приморские долины острова, расположенные террасами поля и хорошо налаженная ирригационная система позволяли киприотам выращивать зерновые и сахар, а также производить оливковое масло и вино (некоторые его сорта были такими густыми и вязкими, что, как сообщали современники, их можно было намазывать на хлеб. как мед). При Лузиньянах кипрская экономика быстро развивалась, центром экономической активности стал город Лимассол. Процветанию острова способствовали и его расположение на торговом пути на материк, и растущий интерес к острову итальянских торговых кампаний. Когда еще остров принадлежал Византии, венецианские купцы получили там некоторые привилегии, но при Лузиньянах предпочтение стали отдаваться генуэзцам, особенно после гражданской войны 1229–1233 годов, во время которой генуэзский флот оказал королю Генриху I помощь в обмен на существенные привилегии для генуэзских купцов. С киприотами начали торговать также и пизанцы, каталонцы и киликийские армяне. К концу XIII века торговым центром острова стала Фамагуста, поскольку располагалась она на 50 миль ближе к материку, чем Лимассол, и была более удобным пунктом для растущей торговли с Сирией и Киликией. После падения Акры в 1291 году европейцам запретили торговать с мусульманами напрямую. Тогда западные купцы прибегли к помощи христианской Киликип, и сирийские христиане перевозили товары из Леванта в Фамагусту, где их покупали европейцы. Кипр превратился в важнейший пункт на международном торговом пути, и Фамагуста стала богатым интернациональным городом.
Одной из важнейших перемен, произошедших на Кипре при франках, было появление Римско-Католической Церкви. Большинство местного населения принадлежало к Греческой Православной Церкви, но главой кипрской церкви франки поставили латинского архиепископа, и греческие епископы попали в подчинение к епископам католическим. Православных заставили признать главенство папы римского (то, чего не происходило на материке). В 1261 году православный архиепископ формально согласился на это, но простые священники противились такому подчинению. Время от времени возникали кризисные ситуации. Так, греки настаивали на использовании для евхаристии дрожжевого хлеба, поскольку для них он символизировал воскресение; за это они подверглись преследованиям – тринадцать православных приняли мученическую смерть, а многие другие были отлучены от Церкви. Притеснения Православной Церкви усугублялись тем, что франки конфисковывали ее владения. Сохранившиеся на Кипре до наших дней латинские соборы, церкви и монастырские здания свидетельствуют о главенствующем положении Римско-Католической Церкви в тот период.
Больше половины времени между 1205 и 1267 годами королевский престол занимали несовершеннолетние короли и регенты. Это способствовало возвышению семьи Ибелинов, уже укоренившейся в Иерусалимском королевстве и теперь занявшейся делами Кипра. Около 1218 года Филипп д'Ибелин стал регентом при своем племяннике, младенце короле Генрихе I. Филипп пользовался достаточно сильной поддержкой для того, чтобы не бояться покушения на свою власть со стороны матери Генриха. Но в 1228 году на остров прибыл император Фридрих II; он твердо намеревался положить конец власти Ибелинов, во главе которых в то время стоял брат Филиппа Жан. Император был возмущен, что они проигнорировали его сюзеренитет и короновали Маленького Генриха даже без упоминания о нем. Фридрих потребовал передать ему опекунство над королем и все доходы с королевских владений. Он пригласил Жана д'Ибелина на банкет, любезно принял его, а затем дал знак вооруженным людям – и Жан был немедленно арестован. Пленника вынудили передать Генриха императору, после чего Жан бежал в замок св. Илариона в горах на севере острова. В скором времени Фридрих отбыл на материк, а когда вторжение папы в Южную Италию заставило его вернуться домой, он продал кипрское регентство пяти своим приверженцам. Последовала четырехлетняя гражданская война, в которой Ибелины боролись против сторонников императора как в Палестине, так и на Кипре. Императорский маршал Ричард Фнланжиери осадил их крепость в Бейруте и подогревал оппозицию к ним на Кипре. Тогда Жан д'Ибелин заручился поддержкой генуэзского флота и большинства кипрского населения и к 1233 году изгнал императорские войска с острова. В 1247 году папа Иннокентий IV освободил короля Генриха от присяги, данной Фридриху, и Кипрское королевство попало под непосредственную защиту Ватикана.
