После XVI века лишь Мальтийский орден имел позитивную военную стратегию, определяемую его командирами. (Правда, орден святого Стефана продемонстрировал, что региональная организация под разумным и твердым руководством может успешно продолжать крестоносные традиции и использовать старинные рыцарские ценности в современных военных и военно-морских целях.) Из всех военно-монашеских орденов только орден госпитальеров не претерпел существенных изменений с 1312 по 1798 год. Госпитальеры имели свое собственное островное государство, что и обеспечило им столь долгое и стабильное существование. Правда, жизнь госпитальеров находилась в прямой зависимости от доходов европейских отделений ордена. В 1413 году братья даже пригрозили покинуть Родос, если они не получат финансовую поддержку из Европы, и согласились остаться только после прибытия денег из Англии. В 1792 году их финансовая база была подорвана конфискациями владений ордена, и вскоре после этого Мальту захватил Наполеон. Остальные же ордена были озабочены главным образом вопросами собственного выживания в качестве закрытых аристократических корпораций. А чисто национальные ордена и некоторые национальные приорства или отделения интернациональных орденов были подавлены и инкорпорированы светской властью.
Военно-монашеские ордена были частью ancient régime (старого режима), обреченного на отмирание. Конфискации и другие репрессивные меры, проводившиеся против военных орденов Наполеоном и победителями Великой французской революции, поставили точку в военной деятельности этих организаций. Однако в течение еще некоторого времени продолжали существовать орденские женские монастыри и священники и даже вынашивались планы возрождения и восстановления орденов – иногда в виде аристократических братств или масонских и эзотерических групп. Хотя и после 1798 года некоторые, ордена, превратившись в невоенные благотворительные пли эзотерические организации, еще продолжали существовать, время их ушло безвозвратно. В историю же они навсегда вошли как явление, оказавшее огромное влияние на политические и культурные процессы, происходившие в средневековой Европе.
