Организационная структура госпитальеров практически не менялась. Всем руководил великий магистр. В 1526–1612 годах генеральный капитул собирался приблизительно каждые шесть лет, но в 1631–1776 годах, когда Мальту охватил финансовый кризис, он не был созван ни разу. Орден, никогда не подвергавшийся реформам, становился все более и более авторитарным, причем магистры выступали в роли суверена. Французская монополия на пост магистра была нарушена в 1374 году, и после этого магистрами наравне с французами могли быть испанцы и итальянцы; в XVIII веке два магистра подряд были португальцами. Должность магистра не была наследственной, но каждый магистр выбирался пожизненно.
Это обеспечивало стабильность, но способствовало геронтократии в высших эшелонах администрации. Большая часть доходов госпитальеров поступала в личную казну магистра, обладавшего почти абсолютной властью в ордене.
Во Франции существовало семь провинций ордена госпитальеров, и французские братья стремились любыми способами сохранить свои земли, командорства и доходы с них, поскольку от этого зависело само их существование. Королевская власть бесцеремонно вмешивалась в дела французского приорства, процветала коррупция. К тому же вмешательство пап, особенно в вопросах назначений, подрывало моральные устои всех орденов. Непотизм был неизбежен и распространен. Например, в 1692 году двоюродный племянник магистра госпитальеров Адриен де Виньякур получил командорство в Ланьи-ле-Сек, причем в это время ему было два года от роду, и распоряжался этим владением до самой своей смерти восемьдесят два года спустя. Мануэл Пинту де Фонсека также был принят в орден в двухлетнем возрасте, потом стал магистром и умер на этом посту в возрасте девяноста двух лет. И все же орден госпитальеров продолжал существовать, и о нем никак нельзя было сказать, что он клонится к своему закату. Госпитальеры занимали сильные позиции в Арагоне, в Богемии, в некоторых немецких землях и в Италии (особенно в Неаполе и на Сицилии). К 1583 году в ордене состояло примерно две тысячи человек, причем самой многочисленной группой были рыцари (сержантов было всего сто пятьдесят, и столько же священников). В 1700 году во Франции, на Пиренейском полуострове, в Италии и на территории Священной Римской империи все еще функционировали пятьсот шестьдесят командорств госпитальеров.
Почти везде одеяние мальтийского рыцаря с восьмиконечным крестом означало высшую степень знатности. В политически раздробленной Италии орден госпитальеров помогал сохранить старинный общеитальянский класс дворян, представители которого проходили образовательный курс на Мальте. Эти люди знали друг друга как члены одного многонационального клуба, доступ в который охранялся посредством фамильного владения командорствами и все более ужесточавшейся системы требуемых при вступлении доказательств благородного происхождения. Рост буржуазии, появление при дворе чиновников неаристократпческого происхождения и изменения, произошедшие в армии и ее техническом оснащении, вели к уменьшению значимости роли старого дворянства, честь и рыцарские идеалы которого по-прежнему символизировались устаревшим мечом. И старая европейская аристократия использовала военно-монашеские ордена для поддержания и зашиты своего статуса, отстраняя от членства в них новоиспеченных дворян и патрициев.
Госпитальеры пользовались в Западной Европе большим уважением, и многие из них находились в близких семейных и политических отношениях с правителями своих провинций. Орден по-прежнему официально находился под юрисдикцией папского престола, и решения пап оказывали влияние на его политику. В XVIII веке против Мальтийского ордена выдвигались обвинения в прожигании жизни, аморальности и бездействии, и они далеко не всегда были необоснованными, но такие же обвинения обрушивались на орден и в XIV веке, и даже раньше. Несмотря на все организационные недостатки, орден госпитальеров не был анахронизмом, законсервировавшим уже отмершие средневековые идеалы. С 1635 по 1740 год количество братьев в ордене увеличилось с 1715 до 2240 человек. Дворянство этого времени получало очень хорошее образование, и в орден вступали люди талантливые, начитанные, преследующие самые разнообразные интересы – военные, дипломатические, научные, художественные. Библиотека в Ла-Валлетте отражала широту интересов мальтийских рыцарей – как практических, так и теоретических. Вот один ранний пример. Член ордена гуманист Савва ди Кастильоне еще на Родосе коллекционировал классическую скульптуру, потом был послом в Риме, а уйдя на покои в свое командорство в Фаенце, создал школу для детей бедняков.
Как и члены других военно-монашеских орденов, со временем госпитальеры стали воспринимать свои обеты чисто символически, и общая литургическая жизнь в командорствах постепенно забывалась. Сами командоры часто отсутствовали в своих командорствах, видя в них в первую очередь экономическое предприятие, дающее им средства к существованию (причем некоторым командорам удавалось накопить значительные личные богатства, часть которых после их смерти оставалась вне ордена). Представители госпитальеров присутствовали на реформаторском Тридентском соборе, но их участие в нем было вызвано не заботой о реформировании своего ордена, а стремлением добиться того, чтобы братья и члены их семей не подпадали под юрисдикцию епископов. Однако внутри ордена проявлялась обеспокоенность моральным состоянием организации, и в XVII веке к обсуждению этой проблемы были привлечены иезуиты и представители других прогрессивных течений во Франции. Некоторые госпитальеры активно занялись благотворительностью и миссионерством, выкупом христиан из мусульманского плена, духовными и благочестивыми трудами. Они искали способов, которые позволили бы не посвященным в священнический сан госпитальерам вести одновременно благочестивый и военный образ жизни, что, собственно, и являлось призванием членов ордена.
Век просвещения и появление масонства оказали влияние и на Мальтийский орден. Эти новые веяния усилили недовольство рыцарей старым режимом. Магистры все чаще ссорились с епископами, папскими инквизиторами и представителями мальтийского населения и клира. Прекрасно управляемые поместья и леса трех французских провинций поставляли половину иностранных доходов ордена, что обеспечивало французам первые места в администрации. По мере того как военные функции ордена сводились к нулю, а доходы таяли, орден пытался принимать отчаянные меры – союзы с американцами, русскими или англичанами, основание эфиопской компании, создание польского при-орства, покупку поместий в Канаде, приобретение Корсики; в 1651 году орден купил три острова в Карибском море, но уже в 1665 году должен был их продать. В 1775 году на Мальте вспыхнуло восстание под руководством местного мальтийского духовенства, которое было поддержано сельским населением, доведенным до нищеты дурным управлением. Великий магистр Роган (1775–1797) прилагал все усилия для того, чтобы поднять угасший воинский дух в ордене, усовершенствовать администрацию и суд, увеличить доходы. В 1776 году он в последний раз созвал высшее законодательное учреждение ордена – генеральный капитул, которым в 1779 году был издан кодекс законов Мальтийского ордена. Но старания Рогана пропали даром. В 1792 году Национальная ассамблея Франции конфисковала французское имущество ордена, а 12 июня 1798 года Мальта без боя сдалась Наполеону. Из бывших тогда на острове трехсот тридцати братьев двести были французами, и многие из них были готовы к сопротивлению, но госпитальеры-испанцы отказались сражаться, твердого военного руководства не было, а магистр побоялся предпринять какие-либо решительные меры, опасаясь народных беспорядков. После сдачи острова рыцари обвинили магистра Фердинанда фон Гомпеша в измене и сместили его с должности. 16 декабря того же года великим магистром был избран российский император Павел, и резиденция ордена (конвент) была перенесена в Санкт-Петербург, после чего в Кронштадте начали снаряжать флот для возвращения Мальты. Однако после смерти Павла Александр I отказался от звания великого магистра, а потом и вовсе упразднил орден на российской земле. Постепенно орден стал терять свои земли и в других странах, и в 1834 году капитул ордена был перенесен г, Рим. С тех пор судьба Мальтийского ордена тесно связана с историей папского престола.
