Получив патриаршество столько же по каноническому избранию, сколько по естественному праву, как отец государя, Филарет был «великим государем» не только для духовенства – таким же «великим государем» выступил он и в делах управления государственного; дела докладывались обоим государям, и грамоты писались от имени их обоих. Царь Михаил пояснял, что «каков он государь, таков и отец его государев великий государь, святейший патриарх, и их государское величество нераздельно», а современники не колебались, кого считать действительным правителем государства: патриарх, говорили они, «нравом опальчив и мнителен, а властителен таков, яко и самому царю его боятися; бояр же и всякаго чина людей царскаго синклита зело томяше заключениями и иными наказаниями». Филарет достиг теперь власти, которой добивался в течение всей своей жизни, и с его приездом в делах правления почувствовалась твердая и сильная рука. Но сколько-нибудь существенных изменений ни в личном составе центральной администрации, ни в том, что можно назвать программой внутренней политики, с приездом его не произошло; явился только энергичный и суровый руководитель придворной и приказной среды и Земского собора. Отдельные лица, как царские свойственники Салтыковы и несколько видных приказных дельцов, подверглись при нем опале, возвысились новые лица, но это не меняло общего склада и характера правящей среды. Филарет нашел у власти своих людей, среду, с которой давно был связан, и с ней продолжал правительственную работу. Но он ввел в эту работу больше системы и энергии, пытаясь в то же время бороться против злоупотреблений не только отдельными опалами, но и общими мерами. Филарет и под монашеским клобуком остался государственным человеком, деятельным и честолюбивым. Пережитая борьба закалила его деспотическую натуру и обогатила его сильный ум разнообразным житейским и политическим опытом. Но гениальной широты, способной на смелое и содержательное творчество, в нем не было; он был умный администратор, умевший понять обстоятельства и очередные задачи текущей государственной жизни, но он не был преобразователем, который бы владел даром не только пользоваться данными условиями, но и творчески их изменять.
Внимание Филарета привлечено было, прежде всего, разного рода непорядками и злоупотреблениями в сборе податей. С одной стороны, вся старая система обложения была в полном расстройстве. Попытки выяснить действительное состояние платежных сил путем «дозора», т. е. описи подлинного экономического положения тяглых хозяйств, далеко не были закончены и сами послужили поводом для многих злоупотреблений. С другой стороны, немало плательщиков разными способами уклонялось от тягла, усиливая тем самым тяготу для остальных. Подати с одних взимались по писцовым книгам, с других – по дозорным, «и иным тяжело, а другим легко»; дозорщики одним за посулы мирволили, а других «писали и дозирали тяжело», и оттого всяким людям Московского государства была «скорбь конечная». На Земском соборе по предложению патриарха решили начать дело заново, послать писцов во все города, не потерпевшие от разорения, а дозорщиков в разоренные местности, для правильного распределения тягла по действительной «силе»; гарантией успеха должны были быть выбор дозорщиков «добрых», их крестное целование и «полные им наказы»: мысль русских финансистов того времени не шла дальше попыток наладить дело старыми приемами. А между тем усложнение государственных потребностей и расстройство народного хозяйства требовали новых приемов описания, новых, более пригодных единиц обложения; к попыткам податной реформы деятели XVII в. пришли, однако, лишь много позднее. В царствование же Михаила Феодоровича надеялись еще одолеть затруднения улучшением техники старых приемов и стремлением привлечь к общей тяготе всех, кто умел ее «избыть». Посадские многие люди, «льготя себя, чтоб им в городех податей никаких не платить», покидали насиженные места, где записаны были в тягло, уходили в Москву и другие города, выбывая из счета. Другие плательщики, «посадские и уездные люди», закладывались «в закладчики за бояр и за всяких людей», уйдя из-под власти правительственной на частную службу и под покровительство новых господ. Чтобы вернуть эти платежные силы, государь с собором решили вести розыск таких беглецов, возвращать их на прежнее жительство, чтобы «быть им по-прежнему, где кто был наперед сего». Обеспечение податной исправности населения требовало по-старому, и в еще большей степени, прикрепления тяглецов к месту и к той местной организации, куда они зачислены в писцовых книгах. Прошло двадцать лет, и в 1638 г. возник особый Сыскной приказ для повсеместного сыска закладчиков и возвращения их на старые места особыми «свозчиками», под надзором которых они обязаны были соорудить себе на посаде «дворовое строение». Кому из них не находилось «поручников в житье и дворовом строении», тех обязывали «жить и строиться» под угрозой ссылки в Сибирь.
К той же цели – овладеть всеми силами и средствами населения, чтоб никто в избылых не был, и теми же средствами прикрепления к месту и повинностям – шло правительство в вопросах, касавшихся служилых людей и крестьянства. Заботы об устройстве служилого класса, раздача ему поместий и пополнение его новыми верстаниями в службу не прекращались в правление Филарета. Указное законодательство этих лет по поместным делам весьма обильно, и в 1636 г. особое «поместное уложение» подвело ему некоторый итог. Поместная система и организация службы представлялись настолько обеспеченными, что правительство пошло навстречу желанию служилых людей и стало постепенно расширять их право распоряжаться поместьями: разрешало мену поместьями, сдачу поместья другому лицу, отдачу их в приданое за дочерьми. В то же время правительство продолжало политику ограничения права распоряжаться вотчинами, особенно жалованными и выслуженными, которых много роздано было в первую половину царствования. Общая тенденция этой эволюции служилого землевладения подготовляла слияние поместий и вотчин в один разряд недвижимых дворянских имений, вотчинных по отношению к владельцу, но всецело подчиненных служилым его обязанностям регламентацией его прав с точки зрения правительственного интереса. Устраивая служилых людей на землях, верховная власть требовала от них постоянной готовности к исправной службе. Экономический кризис, разросшийся в результате Смуты, ставил эти требования в непримиримое противоречие с хозяйственным положением служилых земель. Мелкие поместья и вотчины служилого люда были повсеместно почти разорены, главным образом по недостатку рабочих рук. Даже из более зажиточных московских дворян иные остались при шести, даже при трех крестьянах на именье. Вопрос этот был настолько острым, что при Михаиле Феодоровиче размер обязательной службы определяется не по площади земельного владения – «со 100 четей доброй и угожей земли человек на коне и в доспехе полном», как при Иоанне Грозном, а по количеству крестьян у служилого человека – с 15 крестьян. Сами служилые московские дворяне полагали, что нести походную службу «без государева жалованья» может только тот, за кем числится по крайней мере 50 крестьян, и что менее состоятельные нуждаются в денежной помощи. Тягость службы создавала в дворянской среде явления, аналогичные тем, с какими правительство боролось, разыскивая беглых посадских людей: дворяне уклонялись от призыва в поход, оказывались «в нетях», а то и вовсе бросали свои поместья и, «не хотя государевы службы служити и бедности терпети», укрывались, подобно посадским закладчикам, за бояр, поступая к ним в «добровольные холопы»; с этим последним явлением правительство боролось самыми решительными мерами.
Все эти явления и мероприятия правительства, ими вызванные, показывают, что удовлетворение настоятельнейших потребностей обширного государства, только что пережившего тяжелый кризис и изнуряемого внешней борьбой, было едва по силам его населению. Несоответствие средств и потребностей вело к тому, что государство все более и более властвовало над народной жизнью, а самодеятельность земская быстро замирала.