Однако время играло не в пользу императора, подарив Рудольфу II неприятный сюрприз на венгерском фронте. В 1604 г. напряженные отношения между представителями Габсбургов и венграми вылились в восстание местного протестантского населения во главе со знатным магнатом Иштваном Бочкаи, подвергшимся репрессиям со стороны императора по обвинению в неуплате налогов и в государственной измене. Главный капитан Верхней Венгрии Джакомо Бельджойозо попытался захватить Бочкаи. Однако последний оказал сопротивление, что произвело эффект разорвавшейся бомбы. Венгры откликнулись на призыв о восстании. Особенно активное участие в борьбе против Габсбургов приняли гайдуки. Они составляли нерегулярные резервные части. Нередко не имея боевого опыта, родом, как правило, из бедных крестьянских семей, гайдуки были не слишком дисциплинированными солдатами, что компенсировалось храбростью и хорошим владением оружием.
В начале 1605 г. Бочкаи был избран князем Трансильвании. Джорджо Баста вынужден был покинуть территорию княжества. Восстание ширилось, венгерские магнаты один за другим переходили на сторону Бочкаи. Вскоре от Габсбургов откололась значительная часть королевской Венгрии. Весной 1605 г. на собрании верхневенгерских сословий трансильванский правитель был провозглашен князем Венгрии. Одновременно Бочкаи обратился за поддержкой к турецкому султану. Все это создавало угрозу резкого изменения баланса сил не в пользу Габсбургов. Театр боевых действий подошел вплотную к границам Моравии. В течение последующих двух лет моравские границы подвергались постоянным нападениям гайдуков, которые, составляя костяк регулярной армии Иштвана Бочкаи, нередко действовали и без его ведома, на свой страх и риск.
Продолжение боевых действий с турками при одновременной войне с Иштваном Бочкаи влекло за собой очередное увеличение расходов на императорскую армию. Сокращение налогооблагаемой базы из-за потери контроля над Венгрией вынуждало Габсбургов усиливать нажим на своих подданных в Центральной Европе, в первую очередь, затронувший сословия Чешского королевства. Все три сейма чешских сословий в 1605 г. были чрезвычайными. В качестве причины их созыва неизменно указывалась опасность со стороны турок и Иштвана Бочкаи62. На первом сейме, в феврале 1605 г., Рудольф просил сословия выделить по 70 грошей с подданного63. Кроме того, Богемия должна была выставить 2 тыс. кавалеристов и два полка пехоты по 3 тыс. человек в каждом и содержать их в течение девяти месяцев64. От мораван и силезцев требовалось собрать 10 тыс. коп грошей на починку крепостей, а также утвердить ряд других налогов65. Сословия отказались выполнить требования императора в полном объеме. Они постановили собрать лишь по 30 грошей с подданного, а также выделить 40000 коп грошей на снаряжение войск66. В мае Рудольф II созвал в Праге съезд, на котором высшие чиновники и судьи Чешского королевства приняли решение предоставить императору еще 100 тыс. коп грошей67. Однако этого для Габсбургов было недостаточно. В июне 1605 г. Рудольф II созвал второй чрезвычайный сейм, на котором просил сословия выделить ему в долг огромную сумму в 2 млн. золотых (по 40 тыс. золотых в течение двадцати пяти лет)68. В августе на третьем сейме император убедил чехов продлить срок службы уже собранных полков земского ополчения еще на три месяца69. Но когда Рудольф II потребовал от сословий собрать еще по 1 копу грошей с каждого подданного, депутаты наотрез отказались пойти навстречу императору, постановив собирать только по 40 грошей70. В начале 1606 г. ситуация принципиально не изменилась. На сейме, созванном в апреле 1606 г., Рудольф II снова обратился к сословиям с просьбой выделить дополнительные средства для ведения боевых действий, на этот раз по 1 копу с подданного и по 0,5 копа с подданной71.
Постоянные обращения императора к чешским сеймам вносили все большую напряженность в отношения между монархом и подданными. Отсутствие у Рудольфа II любых возможностей решить финансовые вопросы без помощи сословий демонстрировало зависимость власти Габсбургов от чешских финансов, распоряжаться которыми свободно король не мог. Все это немало способствовало решительному выступлению сословной оппозиции в Чехии за расширение своих прав. Кроме того, на этот раз боевые действия велись, в том числе, против тех, кого чешские протестанты считали своими братьями по вере, христианами, добивающимися утверждения религиозных свобод и закрепления сословных привилегий. Такая война не могла быть популярна в чешском обществе.
Неудачная война и финансовый кризис привели к усилению недовольства политикой Рудольфа II и в католическом лагере. Входившие в государственный совет высшие земские чиновники, принадлежавшие к «католической партии», также не могли не видеть губительности расточительной войны и возможных тяжелых последствий для внутренней стабильности в стране. Их особое недовольство вызывали попытки Рудольфа II решить финансовые проблемы с помощью займов у самих земских чиновников и у имперских князей, обходясь без созыва сейма. В частности, в мае 1605 г. государственный совет ответил отказом на просьбу императора, пытающегося получить в обход сейма займ в 200 тыс. золотых на содержание войск72.
Беспокойство как земских чиновников, так и всех сословий земель Чешской короны, в особенности, чешских и моравских, вызывало брожение в войсках из-за задолженности по выплате жалования, нередко приводившее к бунтам наемников и угрозе владениям шляхты и городам. Так, когда осенью 1605 г. по приказу Рудольфа II по причине нехватки финансовых средств был расформирован полк Вилема Вратислава из Митровиц, его солдаты принялись разорять территорию Моравии73. Зимой 1606 г. взбунтовались давно не видевшие жалования рейтары полка Тейфла. Они вторглись в Богемию и грозились в случае, если не будут выплачены причитающиеся деньги, дойти до Праги74. Весной 1606 г. подняли мятеж нанятые в австрийских землях рейтары из полка Адама Трауттманнсдорфа75. Императору удавалось усмирять наемников ценой больших усилий, применяя преимущественно дипломатические (переговоры с последующей полной или частичной выплатой жалования), но иногда также и военные методы.
Внутри самого австрийского дома против императора сформировалась оппозиция, возглавляемая его младшим братом эрцгерцогом австрийским Матиасом. Последний был уже в преклонных летах, однако до сих пор не добился реальной власти. Между тем амбиции эрцгерцога были неизмеримо выше того положения, которое он занимал76. Огромное значение в развитии конфликта между императором и Матиасом сыграла поддержка претензий последнего другими влиятельными представителями австрийской фамилии. Необходимо отметить, что это был уже не первый случай заговора родственников императора. Идея оформления внутрисемейного альянса, направленного против Рудольфа II, родилась еще в 1600 г. у Матиаса и другого брата короля эрцгерцога Максимилиана. Они попытались подключить к заговору своего двоюродного брата, сына Карла Внутриавстрийского эрцгерцога Фердинанда Штирийского77. Однако в 1600 г. Фердинанд Штирийский отказался поддержать выступление. Временные успехи, достигнутые императорскими войсками в Венгрии, заставили братьев на время оставить свои намерения.
