Принадлежность к институту Богомолова многие годы считалось высоким знаком компетентности и профессионализма. Из его стен вышли многие выдающиеся ученые, публицисты, политики и общественные деятели. Золотой фонд богомоловского института составляли получившие известность ученые: Е.А. Амбарцумов, А.П. Бутенко, A.Н. Быков, Р.С. Гринберг, С.П. Глинкина, В.И. Дашичев, И.В. Дудинский, P.M. Евстигнеев, И.М. Клямкин, Ю.Ф. Кормнов, О.Р. Лацис, Г.С. Лисичкин, К.И. Микульский, А.Д. Некипелов, И.И. Орлик, М.П. Павлова-Сильванская, Т.В. Рябушкин, Г.М. Сорокин, М.Е. Тригубенко, А.С. Ципко, В.М. Шаститко, Л.Ф. Шевцова, Ю.С. Ширяев, Н.П. Шмелев, Г.И. Шмелев, Б.А. Шмелев, Я.Б. Шмераль, Л.С. Ягодовский. Из числа работавших в институте ученых трое стали действительными членами и пятеро – членами-корреспондентами Российской академии наук.
О.Т. Богомолов неоднозначно принял решение о слиянии института (тогда уже Института международных экономических и политических исследований) с Институтом экономики РАН. С одной стороны, он понимал, что подобные изменения необходимы в связи с со складывавшейся ситуацией с ограниченным финансированием науки в стране. С другой, он осознавал, что многие концептуальные позиции двух институтов сильно различаются. Да и направленность исследований Института экономики была сконцентрирована на внутренних проблемах страны без учета особенностей ее международного экономического и политического положения. Однако и в объединенном Институте экономики, не занимая официальных должностей в руководстве института, он стремился проводить линию на комплексное изучение актуальных проблем развития России, на усиление практической направленности проводимых исследований. В своих работах последних лет О.Т. Богомолов часто обращался к международному опыту, в том числе историческому, пытаясь найти то, что полезного может быть использовано для выстраивания новой политической и социально-экономической системы в России. Он критически оценил осуществленную реформу РАН, считая ее шагом, обескровливающим российскую науку.
Он долгое время возглавлял Диссертационный совет Института экономики по специальности 08.00.14. «Мировая экономика», который отличался высокими и принципиальными требованиями к защищаемым кандидатским и докторским диссертациям.
Наряду с научной деятельностью велик вклад О.Т. Богомолова в развитие гражданского общества. Ему довелось быть соучастником ряда эпохальных событий в жизни нашей страны. Олег Тимофеевич избирался депутатом Съезда народных депутатов СССР и первой Государственной думы независимой России, в составе которой работал заместителем Председателя Комитета по международным делам, был членом Консультативного совета при Президенте России, где обсуждались самые острые проблемы развития страны.
В нашей непростой российской действительности О.Т. Богомолов на всех уровнях своей научной, преподавательской и общественной деятельности поддерживал высокую моральную и нравственную планку Человека и Гражданина. Он до конца своей жизни задавал такие высокие параметры для всех окружающих. К нему всегда можно было прийти за мудрым советом не только по научным, но и житейским вопросам.
Олег Тимофеевич Богомолов с самого начала жестко выступил против проведения реформ методами шоковой терапии, всегда критиковал позицию Е.Т. Гайдара и его единомышленников, говоривших о всесильной «руке» рынка и ненужности государственного вмешательства в экономику. О.Т. Богомолов не боялся оппонировать сильным мира сего, если был уверен в своей правоте. Об этом говорят его открытые письма, опубликованные в журнале «Огонек» в сентябре 1990 г., в связи с итогами ХХVIII съезда КПСС. Чего также стоит его подпись под письмом Б.Н. Ельцину с резкой негативной оценкой проводимых правительством реформ в феврале 1992 г. Это письмо, составленное им и академиком Г.А. Арбатовым и подписанное рядом других членов Консультативного совета при Президенте России, фактически означало их добровольный выход из этого совета, что и случилось. Олег Тимофеевич активно работал в российско-американской Группе экономических преобразований, объединившей видных ученых, в том числе лауреатов Нобелевской премии, в желании предложить альтернативу радикально-либеральному реформированию в России. Члены группы в 1996 г. и 2000 г. предлагали в своих обращениях к Президенту России альтернативную повестку дня реформ. В 2010-е годы он вместе с другими видными экономистами встречался и с Президентом Российской Федерации В.В. Путиным, где особо подчеркивал необходимость выполнения нормы российской Конституции о социальном характере государства.
В последние годы жизни О.Т. Богомолов особое внимание уделял проблемам анализа и прогноза развития глобальной экономики и всего мироустройства в целом. Он считал губительным для России и мировой экономики бездумное следование постулатам либерального рынка, отраженным в Вашингтонском консенсусе, и выступал за усиление роли государства в регулировании экономики и жизни общества. Олег Тимофеевич возглавлял экономическое направление в рамках масштабного международного проекта Горбачев-Фонда, отдавая много сил изучению процесса глобализации, ее движущим силам, главным бенефициарам и проигравшим, позитивным и негативным последствиям этого процесса. Еще одним новаторским направлением исследований академика, которому он много внимания стал уделять в 2010-е годы, стало взаимодействию экономики и общественной среды.
О.Т. Богомолов пользовался широкой международной признательностью и заслуженным авторитетом среди коллег-экономистов зарубежных стран. Он был членом Комитета «За европейское сотрудничество и безопасность», председателем Общества российско-венгерской дружбы; членом Исполкома Международной экономической ассоциации, избран ее Почетным президентом, состоял членом Исполкома по общественным наукам при ЮНЕСКО, председателем экономического комитета Парламентской ассамблеи ОБСЕ.
Многие идеи, высказанные О.Т. Богомоловым, находят свое подтверждение в нашей жизни. А многие еще ждут своего времени. Сам он разумно относился к своим научным исследованиям и рекомендациям. Его оптимистическое послание настоящим ученым и последователям прекрасно выражают такие слова: «Рано или поздно ошибочность господствующего общественного мышления и поведения обнаруживает себя, нередко через кризисы, катаклизмы, революционные взрывы, и научная истина, остававшаяся непризнанной, берет верх в сознании политической элиты и общественности. Поэтому я не прихожу в уныние оттого, что многое из высказанного мною в книгах и статьях как по вопросам международного экономического сотрудничества, так и нашей реформы общественно-экономического устройства не воплотилось в практику. Она, стало быть, пока не могла подтвердить правоту или ошибочность моих взглядов, но, думаю, и не опровергла их. А опыт других стран и обществ говорит о том, что многие из моих рассуждений не были уж столь абсурдны»24.
О.Т. Богомолов был не только крупным ученым-экономистом, организатором науки, но и известным политологом, умевшим давать глубокий анализ политических процессов, разворачивающихся в мире, и в первую очередь в Советском Союзе, в социалистических странах, а затем, после распада СССР, в России и постсоциалистических странах. Он горячо, всем сердцем принял политику перестройки и сделал немало для теоретического и идеологического обоснования предпринятых тогдашним советским руководством политических шагов по реформированию советской экономики, по пересмотру советской внешней политики. Не его вина, что проводимые преобразования привели к распаду советского государства, к краху социализма. Он искренне переживал за судьбу страны, народа, но изменить ход истории было, конечно, не в его силах. Несмотря на то, что социализм в СССР и восточноевропейских странах потерпел поражение, он до последних дней был убежден, что за ним будущее человечества.
В 1993 г. он был избран депутатом Государственной думы и назначен заместителем Председателя Комитета по международным делам ГД. Здесь в полной мере раскрылись его способности политика и дипломата. О.Т. Богомолов в своей новой должности уделял особенно большое внимание установлению дружественных взаимовыгодных отношений сотрудничества с бывшими социалистическими странами Восточной Европы. Уже тогда наметился процесс отчуждения между Москвой и ее бывшими союзниками по Варшавскому договору и О.Т. Богомолов в меру своих возможностей пытался если не остановить, то хотя бы затормозить его.