Москва была обеспокоена катастрофической ситуацией. 1 декабря 1955 года ЦК КПСС и Совет Министров СССР договорились принять меры по «Улучшению сельского хозяйства Литовской ССР». Все непогашенные долги колхозов за невыполненные обязательства по поставке продукции были списаны. Финансовые долги слабых колхозов перед государством были аннулированы (в общей сложности 28 миллионов рублей), в то время как срок погашения кредитов других колхозов был продлен. Все долги колхозов машинно-тракторным станциям за сельскохозяйственные работы были списаны. В очередной раз повторилась старая практика советской экономики: лучшее решение всех проблем — это их списание.
Хотя ЦК КПСС критиковал литовскую партийную организацию, Снечкусу удалось переложить вину за ситуацию в сельском хозяйстве на председателя Совета Министров ЛССР Гедвиласа, амбициозный характер и сталинские методы административной работы которого не соответствовали изменившимся условиям в сельской местности. Новый председатель Совета министров Шумаускас пообещал улучшить сельское хозяйство с помощью различных инноваций, не только предложенных Москвой, но и его собственных.
В 1955 году агрономы и зоотехники были переведены с машинно-тракторных станций в колхозы. По указанию партии в 1955 и 1956 годах 1300 специалистов в различных областях были направлены на работу в сельскую местность, 363 из них были назначены председателями колхозов. В 1958 году машинно-тракторные станции были упразднены, а оборудование передано колхозам. Начиная с 1958 года сельские жители были освобождены от обязательств по обязательной поставке сельскохозяйственной продукции. В 1965 году работникам колхозов начали выплачивать пенсии по старости, и в колхозах была введена так называемая система «гарантийной оплаты труда». Оплата труда по-прежнему оставалась очень низкой: в 1958 году колхознику платили 53 копейки за один рабочий день, а в 1965 году — 2,82 рубля. Даже в период с 1952 по 1958 год, когда в сельской местности было построено 2150 ферм для крупного рогатого скота и свиноводства, подсобные хозяйства сельских жителей (60 соток пахотной земли и до 1 га пастбищ, если содержался домашний скот) оставались не только основным источником средств к существованию работников колхозов, но и играли важную роль в обеспечении страны продуктами питания. В период с 1956 по 1965 год от 50% до 75% всего мяса и молока в стране производилось на подсобных хозяйствах (это означало, что владельцы подсобных хозяйств неофициально также использовали ресурсы коллективных хозяйств). Видя такие результаты, Шумаускас предложил на заседании бюро ЦК ЛКП 17 декабря 1956 года выделить 1 или 2 гектара земли колхозникам. Это, конечно, была совершенно еретическая идея, которая противоречила колхозной системе, созданной российскими коммунистами — предполагалось, что у фермера не должно было быть собственной земли. Несмотря на эти изменения, как и в прошлом, районные партийные комитеты продолжали фактически руководить колхозами, а работники колхозов полностью зависели от председателя колхоза.
Благодаря усилению методов управления работниками колхозов и получению большой материальной поддержки от государства в период с 1956 по 1958 год сельское хозяйство Литвы начало постепенно восстанавливаться, хотя экономические показатели все еще не достигли довоенного уровня и были очень небольшими. В 1940 году урожайность зерновых составляла 9,4 центнера с гектара, а в 1958 году — всего 6,7 центнера с гектара. В 1964 и 1965 годах ситуация в сельском хозяйстве улучшилась (в 1965 году урожайность зерновых составляла 16,2 центнера с гектара). С тех пор по различным показателям сельскохозяйственного производства Литва стала лидером среди республик Советского Союза. Всеобщая электрификация (в 1964 году все колхозы были электрифицированы, и половина сельского населения имела электричество), мелиорация земель (в период с 1958 по 1965 год было рекультивировано 728 000 гектаров очень влажных и заболоченных земель), использование химикатов (были построены Кедайняйский химический завод и Йонавский завод азотных удобрений), механизация труда, более квалифицированные специалисты в сельском хозяйстве и т.д. Способствовали повышению производительности.
Кремлевское руководство стремилось как можно быстрее социализировать (национализировать) деревни. В новой программе КПСС, принятой в 1961 году, говорилось: «колхоз — школа коммунизма для крестьянства». Фермеры были вынуждены жить в соответствии с общинными принципами, максимально ограничивая личную собственность и контролируя свою частную жизнь. Разрешалось содержать только определенное количество скота, запрещалось держать лошадей, за невыполнение решений правления колхоза сокращался участок подсобного хозяйства, не выделялись пастбища, не разрешалось заготавливать сено, нельзя было выйти из колхоза без разрешения его председателя и так далее.
В 1962 году в Советском Союзе началась кампания по превращению скота, содержащегося в личных подсобных хозяйствах, в государственную собственность (размещение его в колхозных конюшнях) и обеспечение сельских жителей продуктами питания из государственного сектора (путем бесплатной раздачи им продуктов питания от колхозов или разрешения покупать их в деревенских магазинах). Это было проведено в России, Украине и других республиках, что привело к уничтожению животноводства. Например, в период с 1966 по 1969 год только 3,8% мяса закупалось у работников коллективных хозяйств на Украине, 2% — в Молдове, 6% — в России, но 25% — в Литве.
ЦК КПСС обсуждал возможности максимального ограничения или ликвидации подсобных хозяйств крестьян. Снечкус и все руководство ЛССР не согласились с этим и посчитали, что делать это еще слишком рано, нужно было укреплять колхозы и другие совхозы, оставляя частные крестьянские хозяйства. Руководство ЛССР прекрасно понимало, что в те годы укрепление сельского хозяйства Литвы определялось производительной работой работников колхозов на их фермах. В 1964 году на собрании партийного актива Снечкус дал следующий ответ на вопрос о том, почему Литва хорошо снабжалась продовольствием: «На помощь пришли частные хозяйства. Если бы не работники колхоза, рынки были бы пусты». Он подчеркнул, что литовские крестьяне возили продукты в Ригу и Калининград на продажу и что люди приезжали в Литву из других республик, особенно из Западной Украины, за покупками. «Это можно увидеть на станции [вокзала]», Снечкус сказал: «Вы можете видеть все.» Как только крестьянам разрешили иметь определенное количество скота, животноводство в Литве активизировалось, производство мяса и молочных продуктов еще больше возросло, и большая часть этих продуктов производилась на подсобных хозяйствах. Неофициально определенная часть земли коллективных хозяйств использовалась для личных нужд. Ввиду этой ситуации были построены более крупные фермы, а позже и очень крупные животноводческие комплексы. Например, свинокомплекс в Ширвинтосе вмещал 15 000 свиней, комплекс коллективной фермы в Эришкесе вмещал 900 коров. С улучшением технологического обслуживания сельского хозяйства значительно увеличился государственный сектор.
В конце 1950-х годов в Советском Союзе началась «кукурузная мания». На основании рекомендаций ученых о том, что производство мяса и молока можно быстро увеличить, используя не традиционные растения (траву, клевер), а кукурузу, рапс, свеклу и другие кормовые культуры, Хрущев, независимо от климатических условий, призвал руководителей республик отказаться от «старомодного» подхода к сельскому хозяйству. Москва потребовала распахать пастбища и выращивать больше этих новых культур. К этому подтолкнули его поездки в США и Канаду. В 1957 году Хрущев провозгласил лозунг «Догнать и перегнать США». В стране начались кампании по производству мяса, молока и зерна. Хрущев потребовал, чтобы прибалтийские республики догнали и перегнали сельское хозяйство Финляндии и Швеции. Первоначально Снечкус одобрял инициативы Хрущева, но в последующие годы совершенно нереалистичные решения, принятые Кремлем, вызвали не только удивление, но и негодование. Поскольку руководство ЛитССР не одобрило реорганизацию посевов и потихоньку саботировало ее, Снечкуса начали обвинять в «регионализме».
