В 1944 году было мобилизовано 63 000 человек, из которых 24 100 были доставлены в военкоматы силой. К 1 июня 1945 года было мобилизовано еще 45 000 человек, из которых 20 462 были доставлены силой. В общей сложности к 1 декабря 1945 года 46 674 человека были доставлены в военкоматы силой. Около 73 000 литовцев были отправлены на фронт и в резервные (учебные) подразделения (43 000 в 1944 году и 30 000 в 1945 году).
Освобожденные от мобилизации включали весь высший персонал Коммунистической партии, советских и комсомольских организаций и профсоюзов (также руководителей организаций Коммунистической партии в сельской местности и округах и других ответственных лиц), вооруженных советских коллаборационистов, работников транспорта, лесной и военной промышленности, медицинский персонал, учителей, доцентов, научных работников, студентов старших курсов и специалистов сельского хозяйства — всего 50 000 человек. Руководители организаций коммунистической партии и советских структур, а также их служащие на местном уровне (ВКП (Б) в уездах, сельской местности, городах и округах и воинские части исполнительных комитетов) не только избежали фронта и службы в армии, но и стали активными исполнителями принудительной мобилизации. Они указывали людей, подлежащих регистрации и призыву, тщательно контролировали призывников, тесно сотрудничали с репрессивными учреждениями СССР и военкоматами, работали переводчиками и т.д.
Чтобы сорвать бойкот мобилизации, в 1945 году советские власти объявили несколько амнистий. Первая была объявлена 9 февраля 1945 года, но оказалась неудачной: к июню только 8 896 человек воспользовались амнистией и легализовали свой статус, и большинство из них было принудительно призвано на военную службу. После войны между Советским Союзом и Германией 3 июня 1945 года была объявлена вторая амнистия. В июне-декабре 1945 года 36 144 человека (т. е. зарегистрирован в подразделениях НКВД) снова воспользовались амнистией для легализации своего статуса, из них 27 361 уклонялись от службы в армии, 2423 были дезертирами, а остальные были партизанами. НКВД преследовал тех, кто легализовал свой статус, и пытался использовать их в качестве агентов для борьбы с партизанами, они подвергались различным репрессиям и моральным оскорблениям. Более половины из них были вынуждены скрываться или покинули Литву. Около 10 процентов легализованных дезертиров и 8 процентов легализованных мужчин, избежавших мобилизации, были заключены в тюрьму.
После войны между Советским Союзом и Германией принудительная массовая мобилизация была отменена. По официальным данным, за весь период мобилизации в Красной Армии служили 108 378 призывников из числа литовцев: 72 947 литовцев, 20 230 поляков, 4 248 литовских русских, бывших военнопленных, людей, изгнанных нацистами из регионов России, 5171 раненый, забранный из госпиталей, и 5782 призывника, выполнявших инженерные работы (они проходили службу на предприятиях военной промышленности и строительстве СССР). В период с 15 июля 1944 года по 1 декабря 1945 года были осуждены 1774 человека, уклоняющихся от службы в армии, и 196 дезертиров.
В отсутствие точной статистики (архивные документы были вывезены в Россию) неизвестно, сколько граждан Литвы было убито или ранено на войне в рядах Красной Армии. На основе доступных архивных источников и оценок предполагается, что в 1944-1945 годах на Западном фронте Красной Армии (в Литве, Латвии, Польше, Восточной Пруссии, Германии и Чехословакии) могло погибнуть не менее 10 000 граждан Литвы. В общей сложности в Первой мировой войне погибло около 15 000 литовских солдат. Нет данных, подтверждающих распространенное в историографии мнение о том, что в войне погибло 25 000 литовских солдат. Все данные, представленные в этом документе, еще должны быть проверены.
В конце 1947 года 60 000 демобилизованных солдат вернулись в Литву с советско-германской войны, из которых около 43 000 были литовцами. Количество погибших, раненых или демобилизованных польских солдат неизвестно. Некоторые литовцы не вернулись в Литву, но остались или были вынуждены остаться (до 1949 года) в Советской Армии, проходили лечение в госпиталях и т.д. На 1 января 1947 года в Литве насчитывалось более 5000 солдат-инвалидов.
Из примерно 82 000 задержанных и легализованных литовских мужчин 46 000 были насильно отправлены в Красную Армию, другие поддались насилию или советским законам и существующим порядкам и пошли в Советскую Армию после Второй мировой войны в 1945-1949 годах. Еще 5000 человек были убиты. Таким образом, в общей сложности в период с 1944 по 1945 год НКВД задержал, арестовал, легализовал статус или убил около 87 000 человек, уклоняющихся от службы в Красной Армии, и дезертиров из Красной Армии.
Мужчины, демобилизованные после войны, не присоединялись (за редкими исключениями) к бойцам вооруженного сопротивления или вооруженным советским коллаборационистам. Большинство из них работали в различных учреждениях или на своих фермах или оправлялись от ран. Советские власти вовлекали некоторых из них в их специфическую деятельность — назначали их на руководящие должности, предоставляли пособия их семьям, пытались зачислить как можно больше из них в коммунистическую партию и т.д. Это был способ расколоть литовское общество. Лишь небольшое число литовцев, бывших солдат Красной Армии, стали сторонниками советского правительства и коммунистического режима или работали в советском правительстве. Однако некоторые бывшие солдаты были лояльны советскому правительству, поддерживали его и подверглись влиянию коммунистической пропаганды.
С точки зрения международного права, мобилизация литовских мужчин в советскую Армию также была незаконной и принудительной после Первой мировой войны в период с 1946 по 1949 год, когда СССР сократил свою армию, всеобщая воинская повинность не проводилась. Осознавая, что, если это все-таки произойдет, это приведет к недовольству населения советским режимом и пополнению рядов партизан молодыми людьми, коммунистическое правительство не решалось призывать литовцев на обязательную военную службу до 1950 года. До этого примерно 3000 мужчин (10-20%) призывного возраста (18 лет) были призваны в армию, и только те, кто казался надежным — у них не было отношений ни с кем за границей или с национальным подпольным движением, они были равнодушны к политике или плохо образованы. Официально эти призывы в Советскую Армию назывались частичной мобилизацией. Как политически неблагонадежные, многие литовцы в период с 1946 по 1949 год были отправлены служить в военно-строительные инженерные батальоны, одни из самых плохо оснащенных в вооруженных силах СССР, правила внутреннего распорядка которых соответствовали тем, которые применялись в трудовых лагерях СССР для осужденных.
В 1950 году была объявлена новая принудительная всеобщая мобилизация в Советскую Армию. Таким образом, Советский Союз нарушил статью 51 Женевской конвенции 1949 года «О защите гражданского населения во время войны», которая предусматривает, что «Оккупирующая держава не может принуждать находящихся под ее защитой лиц служить в ее вооруженных или вспомогательных силах». Литовским мужчинам приходилось выбирать между Советской Армией или тюрьмой (трудовым лагерем).
Периодизация и структура сопротивления
Акции сопротивления Советской оккупации начались с самых первых шагов Красной Армии в Литве, то есть летом 1944 года, и продолжались до весны 1953 года, когда Советы ликвидировали последние штабы партизан в областях и уездах, а также арестовали председателя Президиума Совета ЛЛКС Йонаса Жемайтиса (псевдоним Витаутас) (в мае). В течение девяти лет в Литве происходили действия, которые некоторые называют литовской войной, хотя не было единого политического руководства, представляющего оккупированную страну, и единого военного руководства, подчиненного ей. Однако это сопротивление имело ярко выраженный национальный характер — как в подпольной партизанской прессе, так и в военно-политических документах подчеркивается, что это «[...] великолепная борьба за освобождение нации».