За десятилетие после войны более 80 000 политических заключенных были отправлены из Литвы в трудовые лагеря. На 1 января 1952 года в заключении находилось 47 124 литовца. В 1948-1954 годах по меньшей мере половина литовских заключенных была заключена в специальные трудовые лагеря, где условия труда и жизни были самыми тяжелыми. Среди 258 323 заключенных в специальных трудовых лагерях было 22 636 литовцев. Жители оккупированных Советским Союзом стран Балтии чаще попадали в тюрьмы из-за их активной антисоветской, провоцирующей освободительную борьбу и настроений против захватчиков. Среди заключенных упомянутых трудовых лагерей была большая категория «социально опасных» заключенных. Это были бывшие военные, министры, государственные служащие, священники, пасторы, учителя и представители других высокообразованных слоев Литвы, Латвии и Эстонии, которые не были приписаны к повстанцам, членам антисоветских организаций или просто «националистам’. Среди погибших или вернувшихся из трудовых лагерей в плохом состоянии здоровья были: генерал. Йонас Юодишюс (умер в трудовом лагере Абезь 17 декабря 1950 года), профессор Антанас Жвиронас (он был заключен в трудовой лагерь Абезь и 6 октября 1954 года умер в Вильнюсском институте туберкулеза), профессор Лев Карсавин и многие другие известные литовские личности. Очень трудно определить, сколько из них умерло за пределами Литвы — в трудовых лагерях (по приблизительным данным, там умерла треть политических заключенных). До 1958 года около 19 000 литовцев, которые были заключены в тюрьму за «особо опасные контрреволюционные преступления», то есть политические заключенные, вернулись в Литву. Десятки тысяч бывших политзаключенных исчезли или долгое время не могли вернуться в Литву.

Политических заключенных везут на работу в угольные шахты. Степлаг, Казахстанская ССР, 1955 год.
Политические заключенные, работающие на шахте «Инта». Коми АССР, 1954 год.
После смерти Сталина 27 марта 1953 года по инициативе Берии Верховный Совет СССР обнародовал указ «Об амнистии». Согласно ему, были освобождены 1,2 миллиона заключенных, в основном осужденных за уголовные и так называемые бытовые преступления. Несмотря на то, что также предусматривалось освобождение политических заключенных, приговоренных к пяти годам тюремного заключения, большинство литовских заключенных продолжали содержаться в трудовых лагерях ГУЛАГа. Заключенные продолжали умирать от болезней, тяжелой работы или были убиты охранниками. В нескольких специальных трудовых лагерях одно за другим возникли восстания заключенных, которые требовали некоторых основных прав (облегчения тюремного режима, медицинской помощи и расследования убийств заключенных и т.д.). Антисоветских лозунгов избегали, чтобы не было тотального уничтожения заключенных. Литовцы активно участвовали во всех восстаниях заключенных. 4 августа 1953 года 104 заключенных, в том числе несколько литовцев, были убиты, когда власти подавили восстание в трудовом лагере Горлаг (Норильск). В то же время во время подавления восстания в трудовом лагере Речлаг (Воркута) МВД армия убила 62 заключенных и ранила более 300 заключенных. Несколько литовцев также были убиты. Во время подавления восстания в трудовом лагере Кенгыр (Казахстан) были убиты десятки заключенных. Восстания заключенных вынудили Советы упразднить специальные трудовые лагеря и постепенно отказаться от использования принудительного труда. Наконец, заключенных, после того как они все годы заключения страдали от суровых условий, начали выпускать на «свободу». Эта «свобода» означала, что они должны были жить в определенных районах Советского Союза или переезжать жить в места депортации других членов семьи. Освобожденный из Владимирской тюрьмы 27 августа 1954 года бывший министр иностранных дел Литвы Юозас Урбшис написал: «Они освободили меня, но не позволили вернуться в мою страну». Другие заключенные направлялись прямо из трудовых лагерей в больницы или дома для инвалидов (епископа Теофилиуса Матулиониса доставили в дом для инвалидов рядом с трудовым лагерем Дубравлаг, а бывшего премьер-министра Антанаса Меркис был доставлен в больницу во Владимире, а позже в дом для инвалидов и так далее.

Политический заключенный В. Шинкунас у могилы генерала. Jonas Juodišius. Коми, 1955.
В 1954 году из трудовых лагерей ГУЛАГа были освобождены нетрудоспособные заключенные или те, у кого закончился срок наказания, в то время как в 1955-1956 годах большинство заключенных были освобождены после официального пересмотра их дел. Заключенные литовцы также были включены в эту волну «либерализации». Верно, что такой «либерализм’ имел четкие границы-правила, строго установленные организаторами геноцида литовского народа: первоначально «освобожденным» лицам запрещалось покидать определенную территорию или они отправлялись в изгнание, а после отмены этих ограничений им запрещалось возвращаться в Литву.
Депортации — уничтожение семей
Сразу после начала второй советской оккупации и возникновения пассивного или активного сопротивления литовского народа руководители НКВД, НКГБ и генеральной прокуратуры попытались обосновать необходимость массовых депортаций. Каждый мужчина, скрывающийся с оружием или без него, объявлялся «бандитом», а его семья — «бандитской семьей». 20 октября 1944 года начальник пограничного округа генерал-майор Дж. Михаил Бычковский, предложивший «поднять террор на более высокий уровень» и принять необходимые «репрессивные меры против семей бандитов», вскоре нашел сторонников. Организаторы и исполнители террора направили запросы в Москву с требованием санкционировать начало депортаций. Одним из первых официальных лиц, выразивших мнение, временный прокурор ССР Литвы Э. Гирко заявил: «Ввиду сложившейся ситуации необходимы энергичные и решительные меры — меры запугивания и безжалостного подавления [...] для подавления членов действующих бандитских семей I-..]».
Как и в 1941 году, была начата регистрация «антисоветских элементов», но Сергей Круглов, специалист по разрешению «проблемы» чеченцев, ингушей и крымских татар, прибывший 4 декабря 1944 года, призвал на данный момент использовать другие «меры беспощадного подавления». Он сделал предложение Берия санкционировал только «депортацию активных участников вооруженных группировок, предателей отечества и представителей немецкой нации», но в то время тысячи людей были арестованы, физически ликвидированы, а усадьбы партизанских семей и их сторонников конфисковывались. Более того, война все еще продолжалась, и, следовательно, не наступило благоприятное время для массовых депортаций, которые могли бы вызвать еще большее сопротивление Литвы в тылу советской армии.
Во-первых, планировалось депортировать немцев, проживающих в Литве. Поскольку все немцы Советского Союза уже в 1941 году были депортированы в Сибирь и Казахстан, 16 декабря 1944 года началась подготовка к депортации всех немцев Литвы — «независимо от их социального статуса, деятельности, возраста и пола». Предусматривалось также выселение всех лиц негерманского происхождения, связанных с этническими немцами семейными узами — жен, мужей, детей и других родственников. Таким образом, люди, имеющие родственников в Германии, преподающие немецкий язык или исповедующие лютеранскую веру, были включены в списки на депортацию.
Тайно сфотографированный момент изгнания. Снимок сделан членом подпольной организации Казисом Каволюнасом, арестованным в 1952 году и приговоренным к 25 годам заключения в трудовом лагере.