Когда фронт войны приблизился, советские партизаны активизировались. Командир партизанского отряда Шяуляйского района ‘Кестутис» заявил: «Мы стали чаще разоружать и стрелять в полицейских или белых партизан.» По данным ликвидационной комиссии при LPJS, люди, подчиненные LPJS, убили 9528 немцев и полицейских и 744 их помощников, то есть в общей сложности 10 272 человека. Число убитых немцев и полицейских было преувеличено по меньшей мере в шесть или семь раз, потому что оно включало число предположительно погибших при крушении поездов. Например, секретарь подпольного комитета города и района Вильнюса сообщил, что в период с 11 сентября 1943 года по 14 июня 1944 года в засадах и столкновениях были убиты 209 вражеских солдат и офицеров, в то время как, по неполным данным, более 1600 вражеских солдат погибли в результате крушений эшелонов.
Советские партизаны пытались использовать террор, чтобы заставить людей больше благоволить к ним. Местные вооруженные группы самообороны (деревенская стража) были особенно упорны и ожесточенны в борьбе с советскими партизанами. Эти конфликты способствовали напряженности и взаимной ненависти. Во время вооруженного конфликта 1943-1944 годов между красными партизанами и группами самообороны деревень юго-восточной Литвы нападение советских партизан на деревню Каниукай (Яшюнайский сельский округ, Эйшишкесский район) 29 января 1944 года занимает исключительное место. Атака на Каниукай и массовое убийство его жителей были самой жестокой карательной акцией красных партизан против самообороны деревень. 36 человек были убиты и 36 жилых домов и все другие хозяйственные постройки были подожжены в Канюкае. Зиманас доложил начальнику ЛПЯШУ Снечкусу: «29 января объединенная группа вильнюсских подразделений («Миртис фашизмуи», «Кершитояс», «Уж Пергален» и «Кова», которые были сформированы из бывших узников вильнюсского гетто), подразделение «Миртис окупантамс» («Смерть захватчикам») (который был сформирован из бывших евреев Каунасского гетто и бывших советских военнопленных), подразделение «Маргирис» и генеральный штаб объединенной группы специального назначения полностью сожгли деревню Каниукай, которая была самой ожесточенной деревней самообороны в районе Эйшишкес.» Советские партизаны также угрожали уничтожить деревни Бутримонис, Янюнай, Стчулчай и Посолай. Однако советские партизаны не смогли провести широкомасштабные карательные акции. Только в апреле 1944 года после длительного перерыва (с октября 1943 года), после того как советские самолеты начали сбрасывать на парашютах оружие и боеприпасы советским партизанам, была проведена новая карательная акция. 12 апреля объединенная группа партизанских отрядов «Лайсвойи Летува» («Свободная Литва»), «Уж Тевинен» («За Родину») и «Ишлайсвинтоя» («Освободитель») напали на деревню Бакалоришкес (Онушкисский сельский округ, Тракайский район) и полностью сожгли ее (40 дворов):
В восточной и юго-восточной Литве шли ожесточенные бои за контроль над территорией между советскими партизанами и Армией Крайовой. То, что отношения между этими двумя партизанскими движениями разной ориентации и национальностей были напряженными, подтверждается также уничтожением партизанского отряда Константинаса Калинаускаса, осуществленным АК возле деревни Мейронис и озера Дубингяй (недалеко от города Пабраде). Точка зрения Москвы по отношению к членам некоммунистических национальных антинацистских движений была двоякой: Москва «призывала к их ликвидации в некоторых своих директивах, в то время как в других директивах она призывала к установлению отношений с ними, «чтобы защитить наши организации и партизанские отряды от краха».
В апреле 1944 года советские партизаны начали переговоры с руководством Армии Крайовой. Они обсуждали взаимоотношения, обмен пленными, марши советских партизан через районы, контролируемые АК, и влияние польских партизан на местных жителей в районах, контролируемых большевиками. Когда Красная Армия приблизилась к Литве, они также начали говорить об общей борьбе с немцами.
Хотя советские партизанские отряды и спецгруппы НКВД действовали почти на всей территории Литвы, за исключением ее западной части, роль и влияние советского сопротивления были минимальными. Местные группы самообороны («защита деревень»), которые сражались против советских партизан в Восточной Литве, стали организационными структурами антисоветского вооруженного сопротивления.
Деятельность литовской дипломатии в 1941-1945 годах
До немецкой оккупации Литвы летом 1941 года литовские дипломаты в изгнании пытались создать некое подобие законного литовского правительства. В период до немецкой оккупации Литвы Национальный комитет, который был создан в ходе обсуждений литовских дипломатов в Риме, а также так называемые «Кибартайские акты», которые, подписанные президентом Литвы Антанасом Сметоной с указанием даты, назначили Стасис Лозорайтис в качестве премьер-министра Литвы и заместителя президентов Литвы фактически не играл никакой роли на международной арене, равно как и в политической деятельности литовских изгнанников.
Во время Второй мировой войны центр деятельности дипломатической службы Литвы находился в нейтральной Швейцарии, где базировались литовские дипломаты доктор Юргис Шаулис, Эдуардас Тураускас и доктор Альбертас Герутис. Хотя Швейцария де-факто признала оккупацию стран Балтии (с 1 декабря 1941 года Федеральный совет Швейцарии больше не признавал дипломатические представительства стран Балтии), но дипломатические привилегии дипломатов стран Балтии продолжали признаваться швейцарским правительством. Благодаря усилиям литовских дипломатов, базирующихся в Швейцарии, литовское информационное агентство ELTA, существовавшее в Литве, было возрождено.
Международная политическая ситуация в годы войны оказала большое влияние на деятельность посольств и дипломатов Литвы. После ареста немцами Пятраса Климаса, дипломатического представителя Литвы в Париже, доктор Стасис Антанас Бачкис взял на себя его функции. Министерство иностранных дел Бразилии дало согласие на то, чтобы доктор Фриц Мейер, который был атташе при правительстве Бразилии с 1941 года, приступил к работе в качестве временного поверенного в делах Литвы в Бразилии, Казис Шкирпа, который требовал от правительства Германии восстановления независимости Литвы, был интернирован в филиал концентрационного лагеря Бухенвальд в Бад-Годесберге, из которого он был освобожден только после окончания войны.
Паспорт Литовской Республики, выданный Юозасу Гайжюнасу 17 мая 1945 года.
После того, как Советский Союз оккупировал страны Балтии, Швеция признала их включение в состав СССР де-юре, но с 1942 года дипломаты стран Балтии, работавшие в Швеции до советского вторжения, снова получали свои дипломатические визы от шведского правительства, а учреждения Швеции начали принимать документы, выданные литовскими дипломатами.
Хотя Великобритания не признала оккупацию и аннексию стран Балтии, в соответствии с ее договором с СССР от 26 мая 1942 года страны Балтии исчезли из ее дипломатического списка, но имена, титулы и звания дипломатов стран Балтии были перенесены в приложение, которое называлось «список лиц, которых больше нет в дипломатическом списке, но которые продолжают признаваться правительством Великобритании в качестве лиц, имеющих определенный дипломатический статус, без указания того, какую страну они представляют».
После того, как Германия оккупировала Литву и в ней было сформировано Временное правительство, возникла необходимость встретиться дипломатам для обсуждения вопросов совместной деятельности, одним из которых была их позиция по отношению к Временному правительству, работающему в Литве. Не получив от него никакой информации или инструкций, 14 июля 1941 года литовские дипломаты во время своей встречи в Берне пришли к выводу, что если Временное правительство поддерживает идею независимости, то к нему нужно относиться благосклонно, но что в период оккупации дипломаты не могут представлять его или сотрудничать с ним. Дипломаты следовали политике Ватикана не признавать никаких изменений, внесенных во время войны, и любых правительств, созданных неконституционным образом. Этот вопрос больше не обсуждался на встрече в Берне.
