Предвидя неминуемое вторжение советской Армии, VLIK назначил своих представителей в Германии — прелата Миколаса Крупавичюса, юриста Раполаса Скипитиса и Вацловаса Сидзикаускаса. Три представителя так называемого «малого VLIKА» должны были остаться в Литве (но только один из них [Повилас Шилас] остался). Летом 1944 года деятельность VLIK в Литве прекратилась. После того, как Советы оккупировали Литву, началось антисоветское сопротивление литовцев.
Наиболее важными достижениями антинацистского сопротивления были следующие: формирование литовского легиона СС было сорвано; нацистам не удалось мобилизовать какие-либо военные формирования, по крайней мере, размером с дивизию, которые были бы отправлены на Восточный или Западный фронт; немцам не удалось превратить Силы территориальной обороны Литвы в подразделения СС и использовать их в своих собственных интересах; в 1943-1944 годах оккупационные власти не смогли завербовать 100 000 человек на принудительные работы в рейхе; Нацистам не удалось превратить литовскую администрацию в слепых и послушных исполнителей нацистской воли, многих непослушных чиновников (включая четырех генеральных советников) и полицейских, в результате чего wбыли отправлены в тюрьмы и концентрационные лагеря; литовским интеллектуалам удалось сохранить литовские школы, педагогические колледжи, университеты (до середины марта 1943 года) и даже Академию наук; оккупационная администрация не получала требуемых объемов сельскохозяйственной продукции из Литвы; а стратегия невооруженного сопротивления уберегла нацию от массовых нацистских репрессий и огромных потерь. Однако организации антинацистского сопротивления не препятствовали формированию добровольческих отрядов самообороны и не смогли защитить от уничтожения литовских евреев, оставшихся в гетто после массовых убийств 1941 года (хотя члены антинацистских организаций спасали отдельных евреев). Организации антинацистского сопротивления отражали настроения, преобладающие в литовском обществе, и не смогли выйти за рамки национальных противоречий. Национальные меньшинства также не смогли этого сделать.
Литовское антинацистское сопротивление подготовило нацию как идеологически, так и организационно к активному сопротивлению, когда началась советская повторная оккупация.
Польское подполье в Литве в 1939-1945 гг.
В октябре 1939 года в Литве начали формироваться первые польские подпольные организации. В конце 1939-начале 1940 годов эти организации получили центральное руководство — они были подчинены Вильнюсскому окружному руководству Союза вооруженной борьбы (Zwiqzek Walki Zbrojnef). С 14 февраля 1942 года Союз вооруженной борьбы стал называть себя Armia Krajowa (Армия крайова, АК). АК подчинялась базирующемуся в Лондоне польскому правительству в изгнании и выполняла свои политические и военные цели. Базирующееся в Варшаве Главное командование АК руководило польским подпольем, базирующимся в Вильнюсском регионе, для практической работы. АК на бывшей территории польского государства была разделена на округа, которые более или менее совпадали с границами воеводств (провинций) довоенной Польши. Существовало около 20 районов АК, включая Вильнюсский район. С конца 1940 до конца 1944 года также функционировал небольшой подрайон Каунас (Podokręg Litwa Kowienska), он охватывал остальную территорию Литвы и был подчинен штабу Вильнюсского округа.
В дополнение к военной организации в АК в стране также функционировал правительственный делегат Республики Польша {Делегат ура Рзенду РП на Крае), который отвечал за гражданское сопротивление, тайно создал правительство и административные органы будущего польского государства и проводил политическую линию правительства в изгнании. Офис представителя правительства был тесно связан с руководством АК. Польское подполье считало нацистскую Германию и большевистский Советский Союз своими самыми главными врагами. Характерной чертой базирующихся в Литве тайных военных и политических польских подпольных организаций была их радикальная антилитуанская позиция.
Когда Комитет министров по национальным делам (Konntet Ministrdw dla Spraw Kraju) правительства Польши в изгнании 15 ноября 1939 года принял решение, в котором говорилось, что «вопрос Вильнюса и Вильнюсского региона остается открытым», и призвал поляков поддерживать дружественные отношения с литовцами, среди поляков Вильнюса возникло огромное недовольство решением Комитета министров. Хотя 12 декабря1939 г. польское правительство запретило формирование тайных польских военных организаций в Литве и вооруженные действия, местные поляки Вильнюсского региона создали несколько десятков военных и военизированных антилитовских организаций. Подпольное руководство Варшавы и Вильнюса особенно энергично выступало против решения польского правительства в изгнании от 15 ноября 1939 года.
Глава вильнюсской армии Крайовой и лейтенант Наугардукас. Полковник Александр Кшияновский (псевдоним Уилк).
Деятельность AKS в Литве усилилась осенью 1943 года, когда там начали действовать вооруженные польские партизанские отряды (akovci). Партизаны АК начали борьбу против немцев, советских партизан и литовской полиции. По тактическим соображениям АК Вильнюсского региона иногда сотрудничал с нацистскими военными властями в борьбе против советских партизан или с Красной Армией в боях против вермахта (например, 7-13 июля 1944 года во время нападения на Вильнюс). Однако самые яростные атаки АК были совершены против литовской полиции и районных или сельских администраций Литвы, которых АК рассматривала как нацистских коллаборационистов и исполнителей антипольской политики.
Атаки АК в Восточной Литве были особенно сильными в первой половине 1944 года. В январе 1944 года польские партизаны приказали всем литовским учителям из Тургеляйского сельского округа покинуть этот район; 25 января польские партизаны напали на город Шумскас, разоружили полицию и вынудили государственных служащих уйти; 27 января польские партизаны предъявили ультиматум полиции Дивенишкеса и, следовательно, все литовские учреждения были переведены оттуда в Бенекайнис (ныне Беньякони в Беларуси). В этот период АК застрелила в боях несколько сотен литовских полицейских, бойцов отрядов самообороны, чиновников местной администрации и солдат Сил территориальной обороны Литвы.
Разгром батальонов ген. Силы территориальной обороны Литвы, возглавляемые Повиласом Плечавичюсом, были особенно болезненными для литовцев. В мае 1944 года АК Вильнюсского округа разгромил подразделения Сил территориальной обороны Литвы близ городов Тургеляй, Граужишкес (ныне Равжишки в Беларуси) и Мурине Ашмена (ныне Мураваная Ашмянка в Беларуси). После ликвидации Сил территориальной обороны Литвы Александр Кржижановский (псевдоним Уилк), комендант Вильнюсского округа АК, 20 мая 1944 года издал «Обращение к литовцам». В нем литовцев обвиняли в антипольской позиции, а всю вину за взаимные конфликты возлагали на литовское общество. Ответственность за преследования поляков в период нацистской оккупации также была возложена только на одну сторону: «Тем не менее, моральная и физическая ответственность ложится на литовское общество, потому что оно никогда не осуждало этих преступников, но молча наблюдало за уничтожением элиты польской нации». В обращении выдвигается ультимативное требование сражаться бок о бок с польскими партизанами. Обращение было написано в то время, когда Силы территориальной обороны Литвы потерпели поражение, когда подразделения АК завершали ликвидацию литовской администрации в Восточной Литве и могли, не встречая никаких препятствий, расширить свою деятельность в Вильнюсском регионе. Акции взаимной мести были особенно жестокими в июне 1944 года: 20 июня литовский отряд самообороны в отместку за убийство четырех солдат своей разведывательной группы в засаде АК застрелил 38 мирных поляков в поместье Глитишкес под Вильнюсом (по другим данным: 26 мирных жителей поместья были застрелены вместе с представителем вильнюсского отделения подразделения сельскохозяйственного развития Остланда и представителем АК Владиславом Комаром; днем ранее 11 солдат АК погибли, когда с ними случайно столкнулся литовский отряд самообороны). 24 июня Кржижановский (псевдоним Уилк) приказал предпринять ответные действия против литовских подразделений. Пятая бригада АК, которой командовал Зигмунт Сендзеляж (псевдоним Лупашка), осуществляя акции мести, убила около 100 мирных литовцев в окрестностях Дубингяй, Йонишкиса, Интурке и других районов.
