В 1942 году деятельность коммунистического подполья в Литве стала еще более активной. Десантники (в основном бывшие агенты НКВД), подготовленные в специальных учебных заведениях НКВД, высаживались в Литве и пытались установить контакт с оставшимися коммунистами, беглыми советскими военнопленными и скрывающимися евреями. Тайные коммунистические группы активизировались в городах, а советские партизаны — в лесах. Полиция безопасности Германии и Литвы все чаще привлекалась к борьбе с коммунистическим подпольем. В 1942 году погибло 415 советских активистов, партизан и подпольщиков. Среди них были секретарь ЦК ЛКП[Б] и руководитель оперативной группы Ицикас Мескупас-Адомас, лидеры подполья и партизанских групп Юозас Дашкаускас, Адомас Годляускас, Повилас Малинаускас, Антанас Мильвидас, Каролис Петрикас, Петрас Шименас, Альфонсас Вилимас и другие.
Согласно советским источникам, в начале войны около половины членов Коммунистической партии Литвы (более 2000 из 4625) и большинству членов комсомола (11 800 из 14 000) не удалось бежать из Литвы. Некоторые из них были убиты в первый год оккупации. В 1941 году было убито немало известных советских активистов:, бывший председатель Народного парламента Литовской ССР Людас Адомаускас, народный комиссар коммунального хозяйства ЛССР депутат Верховный Совет ЛССР Пранас Зибертас, депутат Верховного Совета СССР Ядвига Буджинскене, начальник юридического отдела Президиума Верховного Совета ЛССР Андрюс Булота и другие.
Многие литовцы погибли в результате репрессий немцев против террористических актов, совершенных советскими партизанами. С самого начала оккупации нацисты применяли коллективные наказания к гражданскому населению. В 1941 году были убиты 43 жителя деревни Аблинга. 19 мая 1942 года партизаны под командованием Федора Маркова убили трех немецких чиновников недалеко от Швенчиониса. Вскоре после этого события немцы начали репрессии против ни в чем не повинных мирных жителей и расстреляли «400 диверсантов и коммунистов». На самом деле, они просто убивали первых попавшихся ни в чем не повинных мирных жителей.
9 сентября 1943 года генеральный комиссар фон Рентайн издал указ о том, что в тех населенных пунктах, где действовали советские партизаны, деревни будут сожжены, имущество конфисковано, а жители депортированы в Германию для принудительных работ или в концентрационные лагеря и тюрьмы. Когда активизировалась деятельность партизанского движения в восточной Литве, 9-й и 16-й полки СС и полиции были переброшены из Ленинградской области.
Немецкие солдаты 16-го полка СС и полиции совершили самое жестокое преступление 3 июня 1944 года. В отместку за нескольких немецких солдат, убитых советскими партизанами, нацистские солдаты 9-й и 10-й рот 3-го батальона 16-го полка сожгли всю деревню Пирчюпяй. Сто девятнадцать жителей деревни погибли в огне или были расстреляны. В августе этот полк был переброшен в Латвию. 16-й полк СС и полиции вместе с Курляндской группой (Kuršo grupuotė) был окружен и сдался 8 мая 1945 года. Нацисты уничтожили в общей сложности 21 деревню в Литве.
Истребление военнопленных
Во время немецкой оккупации советские военнопленные в Литве и евреи были категорией врагов рейха, которые были уничтожены больше всего и понесли наибольшие потери.
В годы немецкой оккупации в Остланде действовало девять лагерей (без филиалов) советских военнопленных. В каждом генеральном округе Остланда (включая Литву) был свой собственный комендант по делам военнопленных, подчинявшийся начальнику Остланда по делам военнопленных вермахта в Риге. С 1941 по 1942 год начальником был генерал-лейтенант Виктор Гайссерт, а позже — генерал-майор Эрнст Венинг.
Лагеря военнопленных ВВС имели особый статус. Из-под контроля Верховного командования Вооруженных сил (Oberkommando der вермахта, OKW) эти лагеря перешли под контроль Верховного командования Военно-воздушных сил (Oberkommando der люфтваффе, OKL). Один из таких лагерей «Люфт 6» находился в Шилуте (во время оккупации назывался Гейдекруг) в Литве, где были заключены пилоты британских и американских ВВС. РСХА и немецкие органы полиции безопасности и СД на оккупированных территориях, подчиненные РСХА, активно содействовали решению дел советских военнопленных. В конце концов (с середины 1944 года) РСХА даже переняло у вермахта дела военнопленных.
Русские женщины-военнопленные.
Еще до нападения на Советский Союз правительство Германии спланировало и разработало правила преступного поведения с военнопленными. В первые месяцы войны вермахт разгромил несколько армий Советского Союза и захватил сотни тысяч советских военнопленных. Немцы создали несколько лагерей для военнопленных в оккупированной Литве, крупнейшие из них находятся в Вильнюсе, Каунасе, Алитусе и Шяуляе. Международные соглашения, касающиеся обращения с военнопленными (Гаагская конвенция 1907 года и Женевская конвенция 1929 года), не соблюдались ни в одном из лагерей. Эти соглашения обязывали воюющие стороны кормить военнопленных той же пищей, что и их собственная армия, запрещали жестокое обращение с военнопленными, издевательства над ними (не говоря уже о расстреле, истреблении голодом, холодом и болезнями); и использование военнопленных в военных целях страны, захватившей их в плен; соглашения также требовали гарантированной медицинской помощи военнопленным. По сравнению с политикой в отношении военнопленных в Западной Европе, похоже, что это не вызвало каких-либо серьезных проблем. Однако обращение с советскими военнопленными отличалось по идеологическим и экономическим причинам. Условия жизни в лагерях для военнопленных были катастрофическими. Заключенные не были защищены от голода, болезней, изнурительной работы или расовой дискриминации. Более того, 16 августа 1941 года по инициативе Сталина был издан приказ № 270, согласно которому все советские военнопленные считались предателями. Семьи командиров или политработников, захваченных нацистами, подвергались репрессиям; семьи солдат были лишены государственной поддержки. Таким образом, с одной стороны, немцы относились к советским военнопленным как к «людям низшей расы» и рабскому труду, а в Советском Союзе они считались предателями родины.
Одним из крупнейших мест уничтожения советских военнопленных был 336-й лагерь ДЛЯ военнопленных (Шталаг 336), созданный в Каунасском форте VI. Лагерь был официально основан 5 августа 1941 года. Его комендантами были подполковник Карл Август Вердельманн, майор Отто Гренненбах и полковник Карл Зибер. Сначала лагерь охраняли немецкие солдаты, а с осени 1943 года — люди Власова. Большинство заключенных жили во рву крепости под открытым небом, другие — в неотапливаемых и неосвещенных казематах. Форт VI вскоре был переполнен; поэтому в городе были открыты еще шесть лагерей для военнопленных. Заключенные массово умирали от голода, холода, побоев и болезней. В период с сентября 1941 по июль 1942 года погибло 22 000 заключенных. Общее число погибших в 336-м лагере для военнопленных составило около 35 000 человек. Значительное количество военнопленных погибло в лагере для военнопленных «стадион», разбитом недалеко от аэродрома Алексотас в Каунасе. После войны тела 9 155 военнопленных были найдены в 19 могилах возле моста Алексотас. В июле 1941 года нацисты разбили 343-й лагерь ДЛЯ военнопленных (Шталаг 343) недалеко от Алитуса. Он действовал до ноября 1942 года. Майор Розенкранц и майор Эрих Кляйн были комендантами лагеря. Лагерь охраняли немецкие солдаты и солдаты 5-го литовского батальона самообороны. В лагере практически не было еды или воды, а такие болезни, как тиф и дизентерия, были широко распространены. Шестерым заключенным приходилось делить один кусок хлеба. В октябре 1941 года в лагере находилось 28 000 заключенных. К августу 1942 года, когда заключенных депортировали в Германию, 20 000 заключенных этого лагеря погибли от расстрелов, голода, холода и тифа.
