«Взорванный советами мост Петраса Вилейшиса через Неман в Каунасе. Июнь 1941 года.
Всего в Литве было собрано шесть стрелковых и механизированных корпусов в составе 19 стрелковых, моторизованных и танковых дивизий. В Латвии и Эстонии также дислоцировались два советских стрелковых корпуса (шесть стрелковых дивизий) и две авиационные дивизии, но все моторизованные и танковые части были дислоцированы только в Литве. В Литве дислоцировались некоторые элитные армейские подразделения: 90-я стрелковая дивизия и 125-я дивизия, входящие в состав 8-й армии, участвовали в зимней войне в Финляндии; 128-я дивизия 11-й армии также принимала участие в зимней войне, 3-й механизированный корпус был признан лучшим механизированным соединением, в то время как 5-я танковая дивизия считалась одной из лучших танковых дивизий Красной Армии.
Советы планировали использовать 375 000 солдат (по другим данным — 440 000 солдат), 7467 орудий и минных установок, 1514 танков и 887 самолетов (и 656 самолетов военно-морских подразделений) против немецкой группы армий «Север». У Советов на германо-советской границе было 34 700 солдат, 646 орудий и 102 танка против 3-й танковой группы группы армий «Центр».
18-21 июня 1941 года некоторые дивизии Особого Прибалтийского военного округа были переведены с места их постоянной дислокации ближе к границе. 2-я дивизия 3-го механизированного корпуса была переброшена из Укмерге в Руклу; 5-я дивизия была переброшена восточнее Алитуса; 84-я моторизованная дивизия была переброшена из Вильнюса в районы окружения Кайшядориса; 23-я танковая дивизия была тайно переброшена из Лиепаи к северу от Тельшяя; 28-я танковая дивизия была переброшена к северу от Шяуляя, а 48-я стрелковая дивизия была переброшена из от Елгавы до окрестностей Шяуляй; 202-я моторизованная дивизия была переброшена из Радвилишкиса в Кельме; 126-я и 23-я дивизии были переброшены в так называемый Сувайкский треугольник; 11-я дивизия была переброшена из Нарвы в окрестности Шяуляя. 90-я и 125-я стрелковые дивизии 8-й армии, обе из которых имели опыт боевых действий, были переброшены к границе Клайпедской территории.
Жители Литвы приветствуют подразделения немецкой армии. Июнь 1940 года.
21 июня 1941 года командующий округом генерал-полковник Кузнецов прибыл в Каунас и предупредил о возможном нападении Германии. 22 июня в 03:05 по берлинскому времени, после получения согласованного кодового слова «Дортмунд», вооруженные силы Германии начали операцию «Барбаросса» и напали на Советский Союз. В 03:40 была произведена первая атака бомбардировщиков. Первым литовским городом, почувствовавшим на себе разрушительную силу бомбардировщиков немецких ВВС, был Кедайняй — его атаковали 11 бомбардировщиков. Позже 45 бомбардировщиков разбомбили Шяуляй, а пять самолетов обстреляли город Кальвария а позже подвергли бомбардировке город Юрбаркас. В 04:20 были разбомблены Каунас и Алитус, а через полчаса пять самолетов разбомбили аэропорт Паневежиса. В то же время бомбы были сброшены на Кедайняй и Вильнюс. Во время атак бомбардировщиков было уничтожено 23 советских самолета в Шяуляе, 33 самолета в Паневежисе, 25 самолетов в Каунасе и т.д. Литовские военные пилоты из базирующейся в Укмерге советской эскадрильи не выполнили приказ вылететь в Гомель, и их самолеты были уничтожены.

Немецкая армия на улице Лайсвес. (Проспект Свободы) в Каунасе. Июнь 1941 года.
Результаты первого дня атак немецких ВВС в Литве были следующими: 637 немецких истребителей и 231 немецкий бомбардировщик атаковали 31 аэропорт, три штаба, две армейские казармы, две артиллерийские установки, один бункер и один склад горючего. Немцы потеряли 35 самолетов. В течение первого дня войны Советы потеряли 98 самолетов в Литве, но уже к 26 июня в авиационных дивизиях сухопутной армии оставалась только пятая часть самолетов.
Не обращая внимания на свои большие потери, советские ВВС предприняли ответные налеты. В самое первое утро войны в 04:50 25 бомбардировщиков 9-го советского авиационного полка нанесли бомбовый удар по немецкой армии в районе Тильзита. Первые авиаудары были нанесены по городам Малой Литвы: 23 июня восемь советских самолетов атаковали Клайпеду — они сбросили мины в акваторию порта и разрушили бомбами пять жилых домов. В тот же день советские самолеты разбомбили электростанцию в Тильзите. За первые три дня войны войска советского Северо-Восточного фронта потеряли 921 самолет, и немецкие ВВС начали доминировать в воздухе. К сожалению, гражданские жители также сильно пострадали — около 4000 человек были убиты. Города Вилкавишкис, Йонава, Зарасай и Алитус сильно пострадали во время немецких бомбардировок.
Одновременно с ВВС сухопутная армия начала атаку. Ударной силой группы армий «Север» была 4-я танковая группа, главной целью которой было выйти к реке Даугава и захватить там мосты. Ранним утром 22 июня 56-й танковый корпус этой танковой группы пересек границу Восточной Пруссии. Генерал. 8-я танковая дивизия под командованием Эриха Бранден-Бергера захватила мост через реку Дубиса близ Ариогалы (вечером 22 июня), достигла дороги Каунас-Даугавпилс у Укмерге (24 июня) и остановилась близ Даугавпилса (26 июня). Немецкая 16-я армия, наступая через Сувалкию, достигла Каунаса. 1-я танковая дивизия 41-го немецкого моторизованного корпуса, наступавшая из района севернее Тильзита, прибыла в Скаудвиле вечером 22 июня, в то время как 6-я танковая дивизия заняла Эржвилкас. На следующий день 1-я танковая дивизия вышла на дорогу Таураге-Шяуляй и около Кельме повернула на восток.
22 июня генерал. Федор Кузнецов приказал советским войскам перейти в контратаку и окружить немецкую танковую группу, наступающую на Шяуляй. Советской 202-й моторизованной дивизии пришлось защищать Шяуляй и сражаться с немецкими танками под Кражяем. Советские 23-я и 28-я танковые дивизии начали атаку в направлении Скаудвиле. 2-я танковая дивизия 3-го механизированного корпуса получила приказ атаковать в том же направлении из Кедайняй. 24 июня все три советские танковые дивизии перешли в атаку, хотя у них не хватало боеприпасов и горючего. Низкие технические возможности советских дивизий стали очевидны, когда начались бои — полковник Дж. Иван Черняховский, командовавший 28-й танковой дивизией, потерял почти половину своих танков по техническим причинам. В ходе атаки 28-я танковая дивизия, потеряв 13 танков, продвинулась на пять километров — она уничтожила 14 танков и 20 орудий 1-й танковой дивизии вермахта. 2 — я танковая дивизия была достаточно сильна, чтобы потеснить ген. Франц Ландграф — командовал 6-й танковой дивизией на высотах возле Расейняй. Они уничтожили дюжину немецких легких танков. 2-я танковая дивизия атаковала своими самыми тяжелыми танками КВ-1 и КВ-2, сокрушив немецкие пушки и легкие танки, но немцам удалось отразить эту советскую контратаку. За два дня боев дивизия потеряла 80 процентов своих танков и бронемашин. 25 июня 28-я танковая дивизия потеряла 84 танка и, имея всего 48 танков, начала отход. Во время боев за Расейняй было уничтожено 200 советских танков, в том числе 29 КВ-1 и КВ-2.
После того, как корпус генерала. Эрих фон Манштейн был уже далеко в тылу Красной Армии, остатки 2-й танковой дивизии начали отходить. После сражения немецкий 41-й моторизованный корпус продвинулся дальше: 25 июня он захватил Паневежис, 27 июня — Рокишкис, 29 июня — Екабпилс. Потеряв большую часть своих солдат в Сувалкии, подразделения 16-го стрелкового корпуса Красной Армии отходили в направлении Йонавы и Бабтая, в то время как части 16-й немецкой армии приближались к Каунасу. Начальник штаба вооруженных сил Германии Франц Гальдер записал в своем дневнике, что 24 июня его армия обнаружила склады и роты Красной Армии нетронутыми — их охраняли литовские отряды самообороны. В то время немецкие войска уже разделили дивизии Красной Армии в Литве и прервали всякую координацию между 8-й и 11-й армиями. Попытка 84-й мотострелковой дивизии 3-го механизированного корпуса во главе с генерал-майором Дж. Петр Фоменко, атака на Йонаву не увенчалась успехом, и дивизия была вынуждена отступить.