В начале 1941 года в LCP [B] состояло 2653 члена. Более половины членов принадлежали к советской бюрократии. Многие члены были из репрессивных структур. Из всех коммунистов 19,5% (485 членов партии) работали в системе НКВД ЛССР. Литовская коммунистическая организация состояла преимущественно из людей с начальным образованием или вообще без образования (86,7% всех коммунистов). После кампании зачистки национальный состав коммунистов сильно изменился. Количество литовских и еврейских коммунистов сократилось. Литовцы составляли 63%, а евреи — 16% членов партии. Российские и белорусские коммунисты, приехавшие в Литву из СССР, значительно пополнили ряды LCP ([B]) (в июне 1941 года они составляли 40% членов партии). Благодаря этой тенденции LCP [B] постепенно становилась коммунистической организацией для коммунистов, приехавших из других стран, а не для местных жителей. На протяжении 1941 года число местных коммунистов в Коммунистической партии быстро сокращалось, в то время как число членов партии из СССР, особенно русских, увеличивалось. За шесть месяцев 1941 года число литовских коммунистов сократилось до 46%, евреев — до 12%, в то время как количество русских увеличилось в четыре раза. Особенно это было верно в Каунасе и Вильнюсе. В Каунасе русские составляли половину членов городской коммунистической организации, литовцы — всего 21%, а евреи — почти 26%. В Вильнюсе количество литовцев и евреев в партии было еще меньше: около 11% представителей каждой национальности, в то время как русские составляли 77% всех коммунистов. Кстати, в коммунистической организации Вильнюса не было ни одного польского коммуниста. По мере усиления этой тенденции русскоязычные затмили местных коммунистов других национальностей.
Русификация и чистка административного аппарата. Номенклатура
После присоединения Литвы к Советскому Союзу Коммунистическая партия начала внедрять сталинскую модель национальных отношений и реализовывать свою национальную политику. Механизм политического контроля местной администрации, характерный для всех советских республик, был передан Литве. Учреждениями ЛССР фактически управляли и контролировали представители СССР: ВКП (Б) ЦК и представитель СССР в Литве Н. Поздняков (он покинул Литву в 1941 году, и его функции были переданы секретарю аппарата ЦК ЛКП [Б] Н. Гридину) и другие преимущественно граждане России, направленные ЦК ВКП [Б] в Литву и нанятые органами Коммунистической партии и административными учреждениями. Например, из 47 членов ЦК ВКП(Б) 18 были выходцами из СССР, из 11 членов Бюро ЦК ВКП(Б) 4 были русскими из СССР, из 56 секретарей ВКП(Б) в городах и районах 39 были присланы из СССР. Из 18 народных комиссаров 7 были выходцами из СССР (2 из них были русскими), из 31 заместителя народного комиссара 17 были неместными (15 из них были русскими). В бюрократической иерархии ЛССР они были вторыми в команде, однако фактически обладали властью. Эти люди руководили работой властей и контролировали работу литовских бюрократов.
Стремясь создать надежный административный аппарат ЛССР, руководство AUCPĮB] ускорило миграцию русских из СССР в Литву, поощряя их трудоустройство в различных учреждениях, особенно административных. К июню 1941 года не менее 1695 коммунистов из СССР прибыли на партийную и административную работу в Литву (в дополнение к Советской Армии, дислоцированной в Литве, и коммунистам, работавшим в репрессивных органах). Во время первой советской оккупации русские и люди других национальностей, приехавшие из СССР, полностью доминировали в Репрессивные органы ЛССР: более 80% сотрудников Народного комиссариата внутренних дел и около 75% сотрудников Народного комиссариата государственной безопасности не были местными жителями. Под прикрытием лозунгов пролетарского интернационализма и социалистического патриотизма русский язык, культура и образ жизни проникли в административный сектор ЛССР вместе с советской российской бюрократией.
Закрепление русского языка в учреждениях ЛССР было приоритетом национальной политики ВКП(Б), что отражало цели коммунистов по созданию надежной местной администрации и использованию ее для реализации политики ассимиляции и русификации литовской нации. Коммунисты стремились исключить литовский язык из канцелярских отношений и повседневного общения персонала, а вместо этого внедрить русский язык и сделать его сначала рабочим, а затем официальным языком людей, проживающих в Литве, то есть фактически государственным языком. Русский язык быстрее всего распространился в руководящих органах LCP [B]. Русскоязычные коммунисты, не знавшие литовского языка, призвали ЛКП [Б] ввести русский язык в качестве партийного. Начиная с лета 1940 года, пленумы и заседания Бюро LCPĮB] Заседание проходило, и протоколы велись на русском языке. В 1940-1941 годах многие подразделения LCP [B] ЦК и некоторые городские и районные комитеты ВКП (Б) приняли русский в качестве рабочего языка. Чтобы ускорить использование русского языка, некоторые российские руководители начали запрещать использование литовского языка на работе и потребовали, чтобы говорили только по-русски. Из-за доминирования России в партийных и административных институтах и политики русификации часть общества отождествляла Советский Союз с Россией, а правительство СССР и тоталитарный режим — с диктатурой российских коммунистов. Отождествление оккупационного режима с русской нацией особенно распространилось в повседневном сознании.
Стремясь управлять Литвой и сделать ее советской, правительство СССР было политически заинтересовано в формировании слоя советской бюрократии. В результате Коммунистическая партия начала заменять оставшихся государственных чиновников Литовской Республики, которые работали в административных органах ЛССР, коммунистами и другими должностными лицами, лояльными оккупационному режиму. Уволенные сотрудники были заменены новыми с корнями из «народных глубин», как правило, малообразованными людьми. Наиболее важными требованиями были членство в партии, революционное прошлое, «хорошее» (пролетарское или полупролетарское) происхождение и, конечно же, безоговорочное повиновение. Однако во время первой советской оккупации в LCP [B] не было достаточного количества квалифицированных людей, способных выполнять административную работу, поэтому они не могли уволить всех сотрудников сразу. Были быстро заменены только руководители учреждений. Не желая разрушать управление страной, коммунисты сохранили многих государственных чиновников среднего и низшего звена и намеревались использовать их на административной работе до тех пор, пока партия не подготовит подходящих людей для их замены. В ноябре 1940 года LCPĮB] решил начать организованную кампанию по зачистке сотрудников правящего аппарата. В начале 1941 года в LCPĮB] ЦК заявил, что коммунистам, тем не менее, не удалось радикально изменить состав аппарата и сформировать советскую бюрократию. Бывшие государственные чиновники Литовской Республики по-прежнему доминировали в административном аппарате ЛССР.

Антанас Снечкус в своей рабочей комнате, 1941 год.
5-й съезд LCPĮB] 5-9 февраля 1941 года.
5-й съезд ВКП (б) 5-9 февраля 1941 года постановил расширить чистку рядов государственных чиновников. Весной 1941 года коммунисты начали кампанию кадровой чистки, начав с тех народных комиссариатов, которые казались им «катастрофически зараженными»: юстиции, финансов и торговли. Руководство LCP [B] обвинило руководителей этих учреждений в невыполнении кадровой политики партии и уволило тех, кто не заменил бывших государственных чиновников Литовской Республики коммунистами. В апреле-июне 1941 года Бюро ЦК ВКП(б) уволило народного комиссара финансов Тадаса Залескиса, народного комиссара финансов Юозаса Вайшнораса и народного комиссара юстиции Кястутиса Домашявичюса. По сути, судьба народного комиссара юстиции Повиласа Пакарклиса также была предопределена. В апреле были уволены глава Управления по делам искусств при КПК ЛССР Петрас Юоделис и заместитель председателя Комитета по планированию Дзидас Будрис, работающий в этом направлении. Всего за время первой советской оккупации из было уволено не менее 2400 государственных служащих ЛССР административных учреждения по политическим и социальным причинам. Руководство LCP [B] часто просило прислать администраторов из Советского Союза в Литву. К июню 1941 г. LCPĮB] в различных административных учреждениях работало 2184 коммуниста, почти столько же, сколько государственных чиновников Литвы, уволенных из административных учреждений ЛССР. Эти коммунисты составляли ядро советской бюрократии и были основным источником кандидатов на замещение должностей в номенклатурной системе. В сентябре 1940 года система номенклатуры — отбор лидеров по их верности Коммунистической партии, их назначение на должности и политический контроль — была перенесена в Литву. Для заполнения номенклатурных должностей требовалось около 3700 человек, лояльных коммунистам. К июню 1941 года LCP [B] отобрала и назначила около 2000 человек на высшие и исполнительные должности. Руководящие должности в основном занимали коммунисты. К январю 1941 года 1412 коммунистов были наняты в качестве высокопоставленных должностных лиц в ЛССР административные учреждения. В то время в коммунистической партии, комсомоле и административных учреждениях работали 2064 коммуниста и 574 комсомольца, в общей сложности 2638 человек. Коммунистические администраторы составляли довольно небольшую часть литовской советской бюрократии, но они занимали высокие посты в бюрократической иерархии и, следовательно, составляли наиболее политически влиятельный слой администраторов, которые в глазах общества по праву олицетворяли оккупационную власть.