Применение возможностей заградительной службы в ряде случаев сопровождалось и выселением «социально опасных и неблагонадежных лиц» из прифронтовой полосы. К примеру, согласно приказу командования Северо-Западного фронта от 25 июля 1941 г. в трехдневный срок из прифронтовой полосы выселялись по спискам, представленным соответствующими органами НКГБ и НКВД, бывшие кулаки, лица, судимые в прошлом за контрреволюционные преступления, имевшие переписку с родственниками, проживавшими в Германии и Финляндии, а также уголовные преступники и лица, враждебно настроенные к советской власти.
Широко использовались возможности заградительной службы для выявления агентов по признакам фиктивности документов и особенностям экипировки. Разведывательные органы противника в ряде случаев допускали в этом отношении серьезные ошибки. Например, контрразведчики установили, что в фиктивные красноармейские книжки, которыми снабжались агенты, сотрудники немецкой разведки вставляли скрепку из нержавеющей стали, и она всегда была чистой и блестящей. Подлинные же красноармейские книжки соединялись обычной железной скрепкой, которая оставляла ржавые следы, и т. п. Во многих органах военной контрразведки были разработаны специальные памятки-инструкции по правилам проверки документов. Определенную роль в выявлении вражеских агентов по признакам фиктивности документов сыграл приказ НКО СССР № 330 от 7 октября 1941 г., согласно которому в Красной армии вводилась единая красноармейская книжка и устанавливалась особая литеровка документов, менявшаяся через каждые 10–15 дней.
Непосредственной борьбой с противником занимались 6‑е отделения (контрразведывательные) особых отделов НКВД. На них возлагались как розыск вражеских агентов, так и заброска собственных за линию фронта. В начальный период войны такая заброска практиковалась в основном в разведывательных и диверсионных целях, но к осени 1941 г. 6‑е отделения в основном переориентировались на внедрение в разведорганы противника. В июне 1942 г. эта работа была централизована – в составе Управления особых отделов НКВД СССР был создан 10‑й отдел (контрразведывательный) во главе с майором госбезопасности И.И. Горгоновым.
Борьба с разведывательной и диверсионной деятельностью неприятельских спецслужб осуществлялась органами военной контрразведки во взаимодействии с территориальными органами НКВД. Так, 24 июня 1941 г. СНК СССР принял специальное постановление о мероприятиях по борьбе с парашютными десантами и диверсантами противника в прифронтовой полосе. Ликвидация последних была возложена на органы НКВД. В развитие этого постановления народный комиссар внутренних дел СССР Л.П. Берия 25 июня 1941 г. подписал приказ, в соответствии с которым было предусмотрено организовать в НКВД СССР штаб, а в республиканских наркоматах внутренних дел и управлениях НКВД по г. Ленинграду и Ленинградской области, Мурманской, Калининской областям, Карело-Финской, Украинской, Белорусской, Эстонской, Латвийской, Литовской и Молдавской ССР, Крымской АССР, Ростовской области, Краснодарскому краю и западной части Грузинской ССР – оперативные группы, отвечавшие за организацию борьбы с вражескими парашютистами и диверсантами.
Наркомам внутренних дел, начальникам УНКВД республик, краев и областей совместно с органами НКГБ было предписано в 24 часа организовать при городских, районных и уездных отделах (отделениях) НКВД истребительные батальоны по борьбе с парашютными десантами и диверсантами противника численностью 100–200 человек каждый и об исполнении донести по телеграфу. Между особыми отделами (третьими подразделениями), начальниками истребительных батальонов и другими структурами НКВД была налажена постоянная связь и в необходимых случаях организовано взаимодействие.
Однако, несмотря на принимаемые меры, в первые месяцы войны фашистскими диверсантами были выведены в прифронтовой полосе из строя некоторые линии и узлы связи, вследствие чего нарушено устойчивое управление войсками со стороны штабов фронтов и армий. В значительной мере это явилось результатом действий диверсионных групп, засланных гитлеровцами в советский тыл еще накануне войны. Некоторые акции диверсантам противника удалось совершить и в глубоком тылу Советского Союза. Так, в августе 1941 г. на Кировской и Октябрьской железных дорогах было совершено семь диверсионных актов.
К осени 1941 г. руководство органов военной контрразведки осознало необходимость и важность централизованного накопления и анализа данных о деятельности разведывательных органов противника. Между тем фактически сложившийся порядок работы с задержанной вражеской агентурой в органах военной контрразведки не способствовал положительному решению данной задачи. Чтобы исправить положение, особые отделы НКВД фронтов издали ряд распоряжений по улучшению следственной работы по делам арестованной агентуры противника.
Так, в указании особого отдела НКВД Южного фронта от 18 ноября 1941 г. констатировалось, что следствие в особых отделах армий, дивизий, бригад по делам на разоблаченных агентов врага велось поверхностно, не выяснялись детали и обстоятельства, которые можно было бы использовать в розыске другой забрасываемой агентуры (способы связи и т. п.). Это лишало органы безопасности возможности проведения острых контрразведывательных мероприятий, например, по перевербовке агентуры противника. В связи с этим начальник особого отдела НКВД Южного фронта П.В. Зеленин дал указание всё следствие по делам разоблаченной агентуры противника сосредоточить в следственных частях особых отделов НКВД фронта и армий и в особом отделе НКВД по охране тыла фронта. Начальникам особых отделов НКВД армий предписывалось ввести в практику работы по линии контрразведки перевербовку неприятельской агентуры, особенно из числа военнослужащих РККА, изучать методы работы вражеской разведки, ее личный состав и широко использовать полученные данные для сбора разведывательных материалов о войсках противника. Перевербовку и выброску такой агентуры за линию фронта и задания следовало предварительно согласовывать с особым отделом НКВД фронта.
В процессе непрерывной борьбы с агентурной разведкой противника к концу 1941 г. постепенно начала складываться система специальных разыскных мероприятий, проводившихся органами военной контрразведки. Она включала в себя организацию наблюдения за вероятными маршрутами движения шпионов, диверсантов и террористов к местам дислокации войсковых частей и соединений Красной армии; осмотр возможных мест появления или укрытия вражеских агентов; проверку подозрительных лиц, появляющихся в полосе боевых действий; использование в розыске заградительной службы и т. д. Достаточно активно стали использовать особые отделы НКВД и явившихся с повинной вражеских агентов. Находясь в составе оперативно-разыскной группы, они визуально опознавали тех лиц, которые им были известны по совместному нахождению в немецком разведывательном органе или разведшколе.
Важную роль в розыске вражеской агентуры, снабженной радиостанциями, играла радиоконтрразведывательная служба. Ее подразделениями за годы войны было перехвачено большое количество радиодонесений действовавших в советском тылу агентов немецкой разведки. Для фиксации работы агентурных радиостанций противника на территории, занятой советскими войсками, формировались специальные разыскные радиопеленгаторные группы. Служба радиоконтрразведки оказывала эффективную помощь органам безопасности и военной контрразведки в организации и проведении радиоигр с разведкой противника. Кроме того, подразделения радиоконтрразведки органов безопасности осуществляли разведку в эфире, пеленгование радиостанций, радиоперехват и дешифровку радиограмм военного командования и разведывательных органов противника. За годы войны военному командованию были переданы тысячи расшифрованных радиограмм о дислокации и численном составе основных группировок немецких войск, готовящихся наступательных операциях противника, сосредоточении резервов и прочем, что помогало советскому военному командованию принимать правильные решения при разработке боевых операций.
