Finalmente, el esquema de la metafísica sufre una última inflexión en el siglo XVIII. Descartes había renovado la expresión aristotélica en el título latino original de sus Meditationes de prima philosophia, y había centrado este saber en las cuestiones de la existencia de Dios y la inmortalidad del alma. A partir de aquí y especialmente de la distinción cartesiana entre la sustancia pensante y la sustancia extensa, toda la metafísica del siglo XVII -Malebranche, Spinoza, Leibniz, Berkeley- va a tener como tema central el problema de la comunicación de las sustancias, en conexión estricta con la realidad del mundo exterior y la existencia de Dios. Cuando se llega, en manos de Wolff (1679-1754), a un "escolasticismo" de la filosofía moderna, aparece un esquema de la metafísica que va a influir sobre todo en la neoescolástica tomista desde la segunda mitad del siglo XIX. Para Wolff, la metafísica se divide en metafísica general u ontología y metafísica especial, que comprende tres ciencias: cosmología racional, psicología racional, teología natural. Ésta es la última forma de lo que podemos llamar "metafísica clásica", anterior a la crisis que, iniciada en la filosofía inglesa desde el siglo XVII, alcanza su forma madura en la Crítica de la razón pura, de Kant. Al ponerse en duda la posibilidad misma de la metafísica, se hace necesaria una reflexión distinta y más honda sobre sus supuestos y su justificación; y toda metafísica posterior a la crisis kantiana está condicionada por venir de ella, por haberse constituido y afirmado teniéndola en cuenta y, por consiguiente, absorbiéndola e incluyéndola en sus entrañas.