Удар, нанесенный по землям Руси монгольскими завоевателями серьезно изменил имевшуюся политическую систему. Государство Русь с главным городом Киевом просуществовало до начала монгольского нашествия 1237–1241 гг. В последующем формальное единство русских земель с Киевом во главе распалось. Южные и западные русские земли с середины XIII до начала XV вв. вошли состав Польского королевства и Великого княжества Литовского. Произошло обособление Северо-Восточной Руси, в которую еще входили Рязанские земли и Новгород Великий. Столица окончательно была перенесена во Владимир.
После гибели Юрия Всеволодовича в 1238 г. в бою с захватчиками на реке Сить, Владимирским великим князем становится его брат Ярослав Всеволодович, который понимая бессмысленность конфронтации с Золотой Ордой, вынужден был внешне подчиниться Батыю. Хотя на деле осуществлял попытки восстановить былое могущество княжества. Эту политику по укреплению русских земель продолжали и его сыновья.
Монгольское нашествие привело к политическому и экономическому ослаблению Руси, она попала в зависимость от иноземной власти. Многие старые русские города Северо-Восточной Руси, такие как Суздаль, Ростов, Владимир постепенно приходят в упадок, уступая при этом место экономического и политического верховенства новым – Нижнему Новгороду, Твери, Москве. В середине XIII в. Москва окончательно становится центром отдельного княжества. К концу XIII в. из Владимирского великого княжества выделились 14 княжеств, наиболее важными из которых были Суздальское, Ростовское, Городецкое, Переяславское, Тверское, Ярославское и Московское.
В 1247 г., ровно через 10 лет после Батыева разгрома, в Москве появляется первый Московский самостоятельный князь Михаил Ярославович Хоробрит, четвертый из восьми сыновей Ярослава Всеволодовича, и брат Александра Невского. Как называет его летописец в четвертой Новгородской летописи: «Михайло Ярославич Московский».[8] Его княжение было недолгим. В 1249 г. он погиб в сражении с Литовскими племенами на реке Протве. Михаил Ярославович не оставил потомства и на некоторое время Москва перестала быть центром удельного княжества и опять перешла к великому князю Владимирскому, в то время Андрею Ярославовичу, третьему из восьми сыновей Ярослава Всеволодовича, а с 1252 г. к сменившему его на Владимирском престоле Александру Ярославовичу Невскому – второму из восьми сыновей Ярослава Всеволодовича. Во времена ордынского периода князьям приходилось совершать путешествия в Орду для получения ханского ярлыка на великокняжеский престол.
Основателем династии Московских князей считается сын Александра Невского Даниил Александрович, которому после смерти отца в 1263 г. по обычаям престолонаследия на Руси – лествичному праву, как младшему сыну великого князя достался город Москва, так как Московский удел в то время был территориально самым небольшим в Северо-Восточной Руси. Он занимал ближайшие окрестности Москвы в радиусе около 40 километров.
Московским князем Даниил Александрович был чисто формально по причине своего малолетства, так как он родился в 1261 г. Москвой управляли наместники его дяди Ярослава Ярославовича, ставшего после Александра Невского великим князем Владимирским. Первое упоминание в летописи о Данииле Александровиче, как самостоятельном Московском князе относится к 1282 г.
Новое упоминание о Москве датируется 1293 г., когда войска татарского царевича Дуденя захватили и разграбили Москву и еще 13 городов: «пришедше много пакости учиниша христи-яном, и много городов поимаша: Володимер, Суздаль, Муром, Юрьев, Переаславль, Коломну, Москву, Можайск, Волок, Дмитров, Углече поле, а всех градов взяша 14, и всю землю пусту сотвориша».[9]
Однако это нападение не остановило усиление московских князей. В связи с ослаблением соседних княжеств, в 1300 г. Даниил Александрович, предприняв успешный поход на Рязань, захватил лежащую в низовьях реки Москвы город Коломну. По завещанию бездетного переяславского князя Ивана Дмитриевича в 1302 г. к Московскому присоединено Переяславское княжество. Ставший после смерти Даниила Александровича московским князем его сын Юрий Даниилович в 1303 г. отвоевал Можайск, в 1304 г. Переславль-Залесский. В результате уже весь бассейн реки Москвы, от устья до истоков, входил в состав Московского княжества. Окончательно главенствующее положение в Северо-Восточной Руси Москва стала занимать после переноса в 1325 г. из Владимира в Москву митрополичьей кафедры, что делает ее духовным центром Русской земли.
После гибели в Орде Юрия Данииловича московским князем становится его младший брат Иван Даниилович Калита. Он был единственным претендентом на княжество, так как на тот момент из пяти сыновей Даниила Александровича в живых оставался только он. Иван Калита продолжил присоединение земель, причем различными способами. Именно он уговорил митрополита Петра поселиться в Кремле, и Москва стала постоянным местопребыванием русских митрополитов. Иван Калита добился права собирать дань в пользу ордынских ханов, отбив эту привилегию с помощью войск Золотой Орды у тверского князя Александра Михайловича. Он смог так построить взаимоотношения с ханом Золотой Орды, что при его помощи устранял угрожающих соперников, а также подчинял себе удельных князей.
Удачная политика князя позволила ему сильно разбогатеть, что еще больше повысило статус Москвы. Владимир постепенно уступает свое первенство Москве, оставаясь столицей де-юре, а Москва получает эту роль де-факто. Иван Калита вел в Москве широкое строительство – возводились каменные храмы, вместо обветшавших старых крепостных укреплений был построен дубовый кремль, территория которого значительно расширилась за счет части посада, примыкавшего к старому Кремлю с востока. В Симеоновской летописи конца XV в. говорится, что при нем наступила «тишина велика на 40 лет и пересташа погании воевати Русскую землю и закалати христиан, и отдохнуша и починуша христиане от великиа истомы и многыа тягости от насилиа татарскаго».[10]
В это время Москва уже обросла ремесленным и торговым посадом – слободами. Основная часть населения жила за пределами Кремля, в «Великом посаде», позднее получившим название Китай-город, частично были заселены две другие части города – Занеглименье, пространство к западу от речки Неглинной и Заречье – за рекой Москвой.
В это время зарождается система третного управления Москвой. Еще при жизни, уезжая в Орду Иван Калита в 1328 г. составил завещание, которое дошло до нас в виде двух духовных грамот, в которых он оставляет столичный город княжества Москву в совместное владение трем своим сыновьям: «Приказываю сынам своим отчину свою Москву».[11] Кроме этого старшему сыну Семену Гордому отписаны Коломна и Можайск со всеми их волостями, среднему сыну Ивану Красному – Звенигород и Руза, младшему Андрею – Серпухов. После смерти Ивана Калиты в 1340 г. его сыновья заключили между собой договор «О бытии им между собой в согласии и вечном мире; О взаимном вспоможении противу общих их неприятелей; О управлении всякому своими землями, по учиненному Отцом их разделу».[12] Каждый из братьев поручил управление своей третью Москвы наместнику.
Политику укрепления позиций Москвы как в политической, так и экономической сферах продолжил ставший в 1340 г. на Московское княжение старший сын Ивана Калиты Семен Иванович Гордый. Главенствующая роль Москвы в Северо-Восточной Руси поспособствовало получению им в 1341 г. ханского ярлыка на великокняжеский Владимирский престол. Семена Гордого на Московском столе и великокняжеском Владимирском престоле сменил его брат Иван Иванович Красный, которого в свою очередь после смерти на Московском столе в 1359 г. сменил его 9-ти летний сын Дмитрий Иванович. По причине его малолетства хан Золотой Орды отдал ярлык на великое Владимирское княжение суздальскому князю, тем не менее с 1363 г. великокняжеский престол стал принадлежать только московским князьям.