Прежде всего, следовало обеспечить свободное прохождение торговых судов ОИК в самой узкой точке — Молуккском проливе. Для этого нужно было нейтрализовать голландскую Яву, куда не так давно пришла небольшая эскадра коммандера Албенса в составе 40-пушечных «ост-индийцев» «Виктория» и «Батавия», а также 14-пушечного корвета «Виллем».
Чуть ранее, в 1805-м, в Батавию прибыла эскадра вице-адмирала Хартсинка в составе четырех линейных кораблей — 68-пушечных «Плуто» и «Револютие», «Схриквервеккер» (Schrikverwekker), «Кортенар» (пятый линкор — «Бато» — как мы помним, оставили в Кейптауне из-за ветхости), фрегатов «Паллас», «Мария Риггерберген», «Феникс» и нескольких мелких судов. Не уйди Линуа из Индийского океана, а соединись с голландцами, то франко-голландцы имели бы 5 линкоров, 2 хорошо вооруженных «ост-индийца», 6 фрегатов, и 12 шлюпов — довольно большая сила, с которой бы англичанам пришлось считаться: либо вызывать подмогу из метрополии, либо вводить столь ненавистную систему конвоев. В любом случае, французский адмирал, уйдя из Индийского океана, безмерно облегчил Пэллью задачу.
В июле 1806 года английский адмирал послал к Яве 32-пушечный фрегат «Грэйхаунд» и 18-пушечный шлюп «Харриер» с целью разведки. 26 июля британцы встретили в Маллакском проливе голландский конвой, состоявший из 36-пушечного фрегата «Паллас», фрегата ОИК «Батавия» с грузом пряностей, торгового 8-пушечного брига «Кристиан Элизабэт» и 12-пушечного шлюпа «Бельгика». Англичане энергично атаковали голландцев и захватили все корабли. Кэптен Эльфинстон по-гусарски сближался с голландцами чуть ли не вплотную, и после пары залпов неприятель сдавался.
Повозиться пришлось лишь с фрегатом «Паллас», бой с которым шел полчаса. Англичане потеряли 1 человека убитым и 11 раненными, тогда как голландцы — 12 убитыми и 39 ранеными.
В октябре 1806 года 36-пушечный британский фрегат «Кэролайн» захватил у Явы несколько голландских судов и 18-го числа у Батавии был атакован 36-пушечным голландцем «Мария Риггерберген» при поддержке трех шлюпов («Уильям», «Зее-Плуг» и «Патриот»), а также канонерских лодок. Англичанин дерзко пошел на сближение, не открывая огня и терпя расстрел с дальней дистанции. На 40 ярдах «Кэролайн» развернулся бортом и начал ураганный огонь по голландскому фрегату. Голландцы не выдержали, захлопнули пушечные порты, и через полчаса подняли белый флаг. Остальные же голландцы отошли к берегу под защиту береговых батарей. Семь торговых судов выбросились на берег, дабы избежать захвата.
Далее «Кэролайн» проследовал к Филиппинам, где 4 апреля 1807 года взял, наверное, приз мечты — шедший из Лимы в Манилу испанский фрегат «Сан-Рафаэль» с серебряными монетами, слитками и 1700 центнерами медных листов на сумму в 1 миллион долларов (200 тысяч фунтов). Кэптен Питер Ренье получил 52 тысячи фунтов призовых, офицеры — по 1200 фунтов, матросы — по 350 фунтов.
Крейсерства «Грейхаунд» и «Кэролайн» сподвигли Пэллью на мысль полностью нейтрализовать голландцев. 31 августа к Яве подошли фрегаты «Кэролайн» и «Психея», которые произвели разведку местности и обнаружили, что линкоры «Плуто», «Револютие» и «Кортенар», а также «ост-индиец» «Рустлофф» и корвет «Сципион» переведены в Мадурский пролив, к форту Грайсси. «Сципион», вышедший на разведку, англичане захватили и вернулись к основным силам.
Пэллью вышел в море в следующем составе: 74-пушечные корабли «Пауэрфулл» и «Каллоден», фрегаты «Кэролайн» и «Фокс», шлюпы «Виктор», «Самаранг», «Сифлауэр», «Джэсер» (Jaseur), а также войсковой транспорт «Вустер», на который посадили 500 солдат 30 пехотного полка. Подойдя к Грайсси 5 декабря 1807 года, Пэллью послал парламентера с просьбой сдать корабли без боя на ответственное хранение. Властью короля обещал, что когда война закончится — корабли вернут Нидерландам, а если сгниют — заплатят как за новые. Голландский контр-адмирал Хартсинк надеялся на береговые батареи по обеим сторонам мелководного пролива, которые надежно прикрывали подходы к гавани, причем голландцы заранее поставили калить ядра, чтобы вызвать пожары у англичан. Пэллью же, прижавшись к одному берегу, сначала обрушил всю мощь орудий эскадры на первую батарею, а потом на вторую, высадил солдат, которые дожгли и добили остатки, и к вечеру 6 декабря проход освободили. Хартсинку ничего не оставалось, как начать переговоры. Контр-адмирал согласился со всеми условиями англичан и пообещал передать корабли утром 7 декабря. Однако когда Пэллью вошел на рейд Грайсси, он увидел, что голландцы затопили свои корабли на мелководье. Разъяренный англичанин приказал расстрелять их в воде и дожечь все то, что выступает из воды. На сушу высадили десант — сжечь все магазины и склады, взорвать и уничтожить пушки и батареи. Все запасы для флота снесли на британские корабли. Утром 11 декабря Пэллью покинул Яву и взял курс на Мадрас. Голландский флот на Яве погиб.
5 января 1808 года на Яву прибыл новый губернатор — Герман Виллем Дандальс, который сменил Альбертуса Хенрикуса Вейзе. Задача, поставленная ему королем Нидерландов Луи Бонапартом, была проста — укрепить остров и противостоять вторжению англичан. Новый начальник взял быка за рога. Прежде всего попытался пресечь коррупцию в Голландской Индии, повысив зарплату чиновников и ужесточив наказания за воровство.
На 1808 год войска на Яве насчитывали 4000 солдат, и это было безумно мало. К концу года Дандальс увеличил контингент до 18000. Понадобились деньги, и власти устроили свободную распродажу земель, отменив феодальные порядки местных князьков. Это вызвало череду восстаний индонезийцев, которые жестко подавили. При этом замки местных феодалов разрушили, а богатства конфисковали в казну колонии.
Вовсю строились новые больницы и казармы, были основаны оружейные мануфактуры в Сурабае и Семаранге, капитально перестроена система обороны самой Батавии. Поскольку флота у голландцев уже не было, Дандальс начал гигантское строительство дорог — например, Великую Почтовую Дорогу между Батавией и Сурабаей (800 км) построили всего за год, не считаясь с потерями индонезийских рабочих.
Увеличили выработку кофе в полтора раза. Чтобы спасти колонию от голодной смерти, Дандальс приказал массово разводить буйволов, которые использовались и как тягловая сила, и как источник мяса. Губернатор укрепил Яву всего за год, и англичане временно отказались от проведения десанта на острове. Пока же свои взоры они обратили на французские острова Иль-де-Франс и Реюньон. Что же случилось?
Вспомним, как досаждали англичанам французские каперы. К 1808 году корабли, присланные в 1803–1806 годах, уже настоятельно требовали ремонта и по факту не могли действовать в отдаленных водах. Именно поэтому в воды Индийского океана была послана эскадра Жака Гамелена в составе 40-пушечных фрегатов «Венус», «Манш», «Каролина» и «Белонна». Построенные по одному проекту, несущие на главной палубе двадцать восемь 18-фунтовок, а на верхней — двенадцать 8-фунтовок, это были мощные, быстроходные корабли, способные доставить много головной боли британцам.
Чуть позже послали и пятый фрегат «Неман», однако его перехватили у Бреста 36-пушечники «Аметист», «Эмеральд» и «Аретьюз», и после двухчасового боя француза захватили. Как и все припасы для морских складов на Иль-де-Франсе.
Основная же эскадра успешно прибыла на французские острова. Корабли шли из разных портов поодиночке, «Венус» по пути захватил «ост-индийцы» «Хирэм» и «Альбион» с грузом на 60 тысяч фунтов стерлингов, «Манш» взял 16-пушечный шлюп «Сифлауэр» у Бенгуклу, «Каролина» — «ост-индиец» «Шарлотт» и каперский бриг «Сезар». С мая по сентябрь 1809 года французские каперы захватили 17 кораблей, из них 7 — большие «ост-индийцы». Сумма ущерба составила 1.4 миллиона фунтов серебром. И опять все захваты произошли в Бенгальском заливе, там, где коммерческие суда ходили вне системы конвоев. Купцы Мадраса и Калькутты бесновались, требуя крови.
И Роял Неви, подгоняемый угрозами из правительства и дворца генерал-губернатора, решил провести рейд против Реюньона. Нападать решили с тыла — для этого в захваченном Кейптауне была сформирована эскадра Джосайи Роули в следующем составе: 54-пушечный «Резонистейбл», 32-пушечный фрегат «Нереида», 40-пушечный «Кэролайн», 16-пушечный бриг, два торговых судна и два отбитых «ост-индийца» «Стрэхэм» и «Юэроп». В качестве базы поближе к Реюньону захватили остров Родригес, и из Мадраса перевезли 368 солдат. Был сформирован сводный отряд морской пехоты из 236 моряков. Ночью англичане пробрались в гавань Сен-Поль и открыли ураганный огонь.