Вновь избранный Патриарх Ермоген был поставлен уже после воцарения и венчания на царство Василия Шуйского. Не переоценивая прав, которые имел князь Шуйский на вступление на престол, Патриарх Ермоген считал, что совершенное над ним царское венчание закрепило за ним эти права, тем более, что князь Василий, если не имел сам, то и не задевал чьих-нибудь исключительных прав на престол. Не сходясь и разногласия имея с ним во многих вопросах, Патриарх Ермоген не переставал оказывать ему всяческую поддержку против его врагов, видя в нем представителя и охранителя порядка и законности на Руси. В первый момент казалось, что воцарение Василия Шуйского спокойно принято по всей Руси. Однако многие все же не верили, что царствовавший под именем Димитрия был самозванец и продолжали думать, что это настоящий сын Иоанна Грозного. Вскоре начали носиться слухи, что Димитрий Иоаннович и теперь спасся. Особенно сильно эти слухи распространились в Южной Руси, где находились высланные или убежавшие из Москвы многие приверженцы убитого Лжедимитрия.
Возвращавшийся в Россию из турецкого плена холоп Иван Болотников, встретившись в Польше с одним из приближенных Лжедимитрия, был уверен им, что спасенный Царь скрывается там. Явившись в Россию, Болотников стал собирать войско в защиту законного Царя, и восстание против Шуйского охватило вскоре весь юг России. Войско Болотникова состояло из холопов и крестьян, так как Болотников, сам холоп, поднимая восстание за Царя, в то же время призывал к уничтожению боярства и крепостных порядков. В Рязани же собралось для восстановления на престол Димитрия дворянское ополчение под предводительством братьев Ляпуновых. Из юго-восточных степей двинулся еще и третий отряд под предводительством Лжепетра. Еше в последние дни царствования Лжедимитрия терский казак Илейка объявил, что он, в действительности, сын Царя Феодора Иоанновича Петр, родившийся в 1592 году и подмененный Борисом Годуновым на скончавшуюся девочку Феодосию. Лжедимитрий понял, что открыто бороться с новым самозванцем нельзя, так как наследником Феодора Иоанновича должен бы быть его сын, а не брат, и в случае столкновения его с Лжепетром войско и народ могут перейти на сторону последнего. Поэтому он обратился к Лжепетру с приглашением прибыть в Москву, распорядившись, чтобы его встречали с подобающими почестями. Однако по пути в Москву Лжепетр узнал о гибели своего мнимого дяди и остановился. Теперь же он соединился с Болотниковым для борьбы с их общим врагом – воцарившимся в Москве князем Василием Шуйским. Соединенные ополчения Ляпуновых, Болотникова и Лжепетра двинулись на Москву. Ляпуновы увидели вскоре, что отряды Болотникова, хотя идут под знаменем восстановления законной власти, но в то же время настроены против теперешних порядков на Руси, а по приемам мало отличаются от разбойничьих шаек. К тому же они усомнились в действительном спасении Димитрия и, не желая дальше участвовать в разрушении Русского Государства, признали Царя Василия и покорились ему. После этого войска Василия Шуйского осадили Болотникова и Лжепетра в Туле и принудили их к сдаче. Оба они были казнены, хотя Болотников и уверял, что действовал все время из желания верно служить законному Царю Димитрию, но теперь, оставленный им без помощи «на произвол судьбы», он так же верно будет служить Царю Василию.
На юге тем временем продолжали собираться войска под знамена Царя Димитрия. Но где находился и скрывался сам Димитрий, все еще никто не знал. Один из сторонников Лжедимитрия прибыл набирать войско в Путивль и объявил, что недалеко находится сам Царь. Чтобы увидеть Царя, посольство путивльцев отправилось с ним в Стародуб, но видя, что там нет Царя, хотело его избить. Желая избежать расправы, он закричал: «Да вот же перед вами Царь!» – и указал на одного самозванца, выдававшего себя за Феодора Нагого, дядю Димитрия. Тот грозно закричал на них: «Как вы не узнаете меня, вашего государя». Никогда не видавшие ни маленького Царевича, ни Царя Лжедимитрия, путивльцы и стародубцы повалились в ноги, прося прошения, а самозванец присвоил с этого времени себе имя убитого Димитрия. Известие, что спасенный Царь объявился, охватило Русь, и многие области признали его. Собрав войско, Лжедимитрий Второй двинулся на север, но Москвы взять не смог. Борьба из-за подмосковских областей шла с переменным успехом. Наконец самозванец укрепился недалеко от Москвы в селе Тушине. Многие области, особенно окраинные, искренне признавали за Царя тушинского самозванца. Были с их стороны далее примеры героизма во имя защиты правды и законности. Так один стародубский боярский сын отправился в стан Шуйского к самому Царю спросить его, зачем он подыскался Царства под прирожденным Государем. Он скончался, поджариваемый на медленном огне, повторяя обвинение против Шуйского. Большая часть центральных областей, более знакомых с тем, что делалось в Москве, последнее время не верила самозванцу и признавала Царем Василия Шуйского. За Шуйского же стояла большая часть монастырей и духовенства, следуя примеру св. Патриарха Ермогена и Троице-Сергиевой обители. Однако кроме искренних приверженцев одного из Царей, законного, как они считали, и того, и другого окружали еще лица, заботившиеся только о личной выгоде и ради нее готовые служить даже заведомому самозванцу. Были такие, метко названные современниками «перелетами», которые ехали к одному из них, выпрашивали у него всяких милостей и привилегий, а затем, чуть ли не в тот же день, проделывали это у другого! Положение Тушинского вора очень укрепило признание его вдовой первого Лжедимитрия Мариной Мнишек, которая сделала это по настоянию иезуитов, тайно обвенчавшись затем с ним. Римский престол надеялся использовать Лжедимитрия в целях насаждения в России католичества. Единственно, что их смутило, было появление Лжепетра, так как была опасность, что у Лжедимитрия не окажется более законных оснований считать себя Царем. Однако и из этого сумели извлечь пользу. В Польше был изготовлен тайный наказ о переговорах с Лжедимитрием о введении в России унии и одним из побуждений к этому было выставлено, что в случае, если окажется живым сын его старшего брата, то, значит, он и должен (по русским порядкам) наследовать престол; но если Димитрий обещает принять унию, то, конечно, римский папа скорее поддержит того, кто более ревностен в делах веры. Лжепетр погиб еше в 1607 году, и Тушинский вор старался отделаться от появлявшихся новых самозванцев.
Взаимная борьба между русскими истощала и без того разоренную Россию. Среди обоих разделенных враждою частей ее, как всегда бывает в подобных случаях, стали возникать неудовольствия на своих государей, тем более, что не было всеобщей твердой уверенности в законности каждого из них. Сначала начались волнения среди подданных Шуйского. 17 февраля 1609 года была первая попытка свергнуть его. Говорили, что он несчастлив, что из-за него кровь льется. Заговорщики стали кричать в толпе, собравшейся около Лобного места, что Василий избран незаконно одной лишь Москвой, а не всей Землей. Патриарх Ермоген, всячески старавшийся защитить Царя, возразил, что до сих пор ни один город Москве не указывал, а Москва всем указывала. На этот раз попытка свергнуть Царя не удалась. Однако положение Шуйского становилось все труднее. Польский король, воспользовавшись смутами в России, вторгся в ее пределы и, ссылаясь на родство свое с Московскими Царями, выставил кандидатом на престол своего сына Владислава. Племяннику Царя Михаилу Скопин-Шуйскому удалось при помощи шведского отряда и восставших против самозванца северных областей разбить тушинское войско, и Лжедимитрий бежал в Калугу.
Москвичи встретили с восторгом Скопин-Шуйского, сделавшегося народным героем, и надеялись, что он поведет теперь войска на польского короля, осаждавшего Смоленск. Но Михаил Скопин-Шуйский скончался на пиру у царского брата Димитрия, и народная молва приписала это отраве. Войско, посланное под начальством этого же Димитрия против поляков, было разбито, а шведы, перестав помогать Царю Василию, заняли Новгород. Поправились отчасти и дела самозванца. После его бегства из Тушина часть не последовавших за ним приверженцев отправила посольство к польскому королю Сигизмунду для переговоров о воцарении в России Владислава. Переехавшие в Москву тушинцы поддерживали эту мысль и среди москвичей. Неудачи в борьбе с поляками и «вором» усилили движение против Шуйского. В это время из лагеря самозванца пришло предложение: бросить взаимную борьбу и, свергнув обоих Царей, избрать одного, общего. Некоторые ухватились за это предложение. 17 июля 1610 года несколько человек с Захарием Ляпуновым во главе явились к Царю Василию и предложили ему оставить царство. Шуйский переехал в свой прежний дом. Через два дня, 19 июля, его насильно постригли в монахи. Так как он не пожелал произносить монашеских обетов, их произносил один из заговорщиков.
