Со дня болезни старец пробыл в монастыре около пяти месяцев. Болезнь сделала его согбенным, что еще и ранее замечалось в нем после того как однажды при рубке он был придавлен деревом. Но, почувствовав в себе опять силы к провождению пустынной жизни, Серафим обратился к настоятелю с просьбою отпустить его в пустыню. Старец Исайя и братия упрашивали его остаться навсегда в монастыре. Но преподобный твердо отвечал, что ни во что вменяет подобные нападения, как случившееся с ним и готов перенести до смерти все оскорбления, какие бы ни случились. Тогда отец Исайя благословил то желание, и Серафим возвратился в свою пустынную келью.

Вскоре после этого разбойники избившие старца, были найдены; то были крепостные люди некоего местного помещика Татищева. Тогда преподобный Серафим, с любовью простив их, просил настоятеля и помещика не наказывать их объявляя, что в противном случае он оставит Саровскую обитель и тайно удалится в другие отдаленные святые места. По мольбе старца злодеев простили, но Бог покарал их за Своего угодника: вскоре сильный пожар совершенно истребил их жилища. Тогда разбойники пришли в раскаянье, и со слезами просили у преподобного Серафима прощения и святых молитв, возвратившись его благословением на путь добродетельной жизни.

За свои высокие подвиги и богоугодную жизнь святой старец сподобился от Бога благодатного дара прозорливости. Но тем более он избегал славы человеческой и стремился к безмолвию.

В 1806 году настоятель Саровской обители, старец Исайя, по своему болезненному положению и преклонности лет удалился от дел, и братия единодушно избрала на его место преподобного Серафима. Но Серафим уклонился от этого, как по своему глубокому смирению, так и по крайней любви к пустыне и безмолвию. Тогда настоятелем был избран отец Нифонт, с детства известный Серафиму. Между тем старец Исайя, вследствие недугов своих и слабости сил не имея возможности ходить за шесть верст в пустынь к преподобному Серафиму и вместе с тем, не желая лишиться утешения беседовать с ним, сильно скорбел о том. Тогда братия, по усердию, стали возить престарелого Исайю в пустынь к преподобному Серафиму, за телесною немощью обоих. Но вскоре и этот последний из самых дорогих друзей преподобного Серафима по жизни духовной отошел к Господу. Эта потеря поразила Серафима глубокою скорбью, и с того времени он еще более и чаще стал размышлять о тленности привременной сей жизни, о жизни будущей и страшном суде Христовом. Вместе с тем он с особенным усердием стал молиться о упокоении душ дорогих сердцу его блаженного Пахомия, Иосифа и Исайи и, проходя мимо монастырского кладбища, всегда на их могилках возносил пламенные моления ко Всевышнему о них и о других Саровских старцах и подвижниках, называя их по пламенности и высоте молитв «огненными от земли до небес». И другим старец завещевал чаще поминать их в молитвах. Так, одной знакомой инокине, нередко бывавшей в Сарове и посещавшей Серафима, последний дал такую заповедь:

— Когда идешь ко мне, зайди на могилки, положи три поклона, прося у Бога, чтобы Он упокоил души рабов Своих: Исайи, Пахомия, Иосифа, Марка, и проч. и потом говори про себя: простите, отцы святые, и помолитесь обо мне.

По смерти старца Исайи, преподобный Серафим не изменил, своего образа пустыннической жизни, но придал новый характер своему подвижничеству, возложив на себя тяжкий подвиг молчальничества. Приходили ли к нему в пустыню посетители, — он не выходил к ним. Случалось ли ему самому встретить кого в лесу, — он падал ниц на землю и до тех пор не поднимал очей, пока встретившийся не проходил мимо. В таком безмолвии прожил он около трех лет. Незадолго до сего срока, он перестал посещать даже Саровскую обитель по воскресным и праздничным дням. Один брат носил ему и пищу в пустынную его келью, особенно зимою, когда у старца не было своих овощей. Пища приносилась раз в неделю, в воскресный день. Когда брат входил в сени, старец сказавши про себя: «аминь», отворял двери, потупив лицо в землю, и лишь когда брат уходил старец клал на лоток, лежавший на столе, небольшую частицу хлеба или немного капусты, в знак того, что принести ему в следующее воскресенье.

Но это все были только наружные знаки молчальничества. Сущность же многотрудного подвига старца заключалась собственно не в наружном удалении от общительности, но в безмолвии ума, в отречении от всяких житейских помыслов для чистейшего, совершеннейшего посвящения себя Богу.

Многие из братии весьма сожалели о таком удалении благодатного старца от общения с ними и о подъятом им на себя подвиге молчальничества, а некоторые даже как бы укоряли его за то, что он уединяется, тогда как, пребывая в близком общении с братией, он мог бы назидать их и словом и примером, не терпя ущерба и в благоустроении своей души. Но на все сии упреки старец отвечал словами преподобного Исаака Сирина: «возлюби праздность безмолвия предпочтительно насыщению алчущих в мире» и — святого Григория Богослова: «прекрасно богословствовать для Бога, но лучше сего, если человек себя очищает для Бога».

И подъятый преподобным Серафимом на себя многотрудный подвиг молчальничества совершеннейшим образом очищал и просвещал праведную душу его и еще более и выше возводил в тайны Богосозерцания, совершенно обезоруживая дьявола для борьбы с пустынножителем. Какие плоды духа приносил для Серафима этот подвиг, — о сем ясно можно судить по наставлениям святого старца касательно безмолвия, несомненно основанным и на собственном опыте. «Когда мы в молчании пребываем, — говорил впоследствии преподобный Серафим, — тогда враг, дьявол ничего не успеет относительно к потаенному сердца человеку: сие же должно разуметь о молчании в разуме. Оно рождает в душе молчальника разные плоды духа. От уединения и молчания рождаются умиление и кротость. В соединении с другими занятиями духа, молчальничество возводит человека к благочестию. Молчание приближает человека, к Богу и делает его как бы земным ангелом. Ты только сиди в кельи своей во внимании и молчании, и всеми мерами старайся приблизить себя к Господу: а Господь готов сделать тебя из человека ангелом: «А вот на кого Я призрю: на смиренного и сокрушенного духом и на трепещущего пред словом Моим» (Ис. 66:2). Плодом молчания, кроме других духовных приобретений, бывает мир души. Молчание учит безмолвию и постоянной молитве, а воздержание делает помысел неразвлекаемым. Наконец, приобревшего сие ожидает мирное состояние». Так проходил преподобный Серафим подвиг молчальничества, и, достигая высших дарований духовных, получал и новые благодатные утешения, ощущая в сердце неизреченную «радость во Святом Духе» (Рим.14:17).

Переходя далее по лестнице добродетелей и иноческого подвижничества, преподобный Серафим возложил на себя еще высший подвиг затворничества. Это произошло следующим образом. В это время после Исайи настоятелем Саровским был отец Нифонт муж богобоязненный и добродетельный, и в то же время великий ревнитель устава и порядков церковных. Между тем Серафим со времени смерти Исайи, положив на себя обет молчания, жил в пустыне своей безысходно, как в затворе. Прежде он хаживал по воскресным дням в Саровскую обитель для причащения св. Тайн. Но теперь он от болезни ног, развившейся от долговременного стояния на камнях, и ходить не мог. Многие из иноков соблазнялись этим обстоятельством, недоумевая, кто же причащает его св. Тайн, и потому строитель созвал, наконец, монастырский собор из старших иеромонахов, представив им на разрешение вопрос относительно причащения старца Серафима. После совещания, старцы решили предложить Серафиму, чтобы он или ходил, если здоров и крепок ногами, по-прежнему, в обитель в воскресные и праздничные дни для причащения св. Тайн; если же ноги не служат ему, то навсегда бы перешел на жительство в монастырскую келью. Общим советом было положено спросить чрез брата, носившего по воскресеньям пищу старцу Серафиму, что он изберет. Брат так и сделал, но на первый раз старец не отвечал ему ни слова. Брату поручили вторично передать Серафиму в следующий воскресный день предложение монастырского собора. Тогда старец Серафим, благословив брата, отправился вместе с ним пешком в обитель, знаком дав при этом понять, что он не в силах был по болезни, ходить, как прежде, по воскресным и праздничным днями в обитель. Это было 8-го мая 1810-го года, когда преподобному Серафиму было пятьдесят лет от роду. Возвратившись в обитель после пятнадцатилетнего пребывания пустыне, Серафим не заходя в свою келью, отправился в больничный корпус. Это было днем пред наступлением всеночного бдения. По удару в колокол старец явился на всенощное бдение в Успенский храм. Все братия пришли в сильное удивление, когда между ними мгновенно разнесся слух, что старец Серафим решился поселиться в обители. На другое же утро, 9-го мая, в день перенесения мощей святителя и чудотворца Николая, Серафим пришел по обычаю, в больничную церковь к ранней литургии и причастился св. Христовых Тайн. Из храма он направился в келью строителя Нифонта и, приняв от него благословение, поселился в прежней своей монастырской кельи. Но при этом старец никого, однако, не принимал к себе, сам никуда не выходил и не говорил ни с кем ни слова, подъяв на себя, таким образом, новый, труднейший подвиг затворничества.