Большую работу отряды АК осуществляли в интересах спецслужб Великобритании, передавая им разведданные о вооруженных силах Германии, располагавшихся на территории Польши и Литвы, передвигавшихся на Восточный фронт, о потерях гитлеровцев. Но поляки подобные сведения передавали англичанам и о Красной армии.
Бездействие АК против гитлеровских войск, борьба с советскими партизанскими отрядами, ликвидация советских разведгрупп не могли не вызывать у руководства СССР роста подозрительности и недоверия к Армии Крайовой. Когда 3 августа 1944 года в ходе переговоров в Кремле новый премьер-министр «лондонского» правительства Польши Станислав Миколайчик заявил Сталину, что в Польше создана боеспособная Армия Крайова, Сталин возразил ему в том смысле, что борьбу с немцами эта армия не ведет. Ее тактика состоит в сохранении сил на случай прихода в Польшу англичан или русских. Сталин полагал, что проку от такого союзника мало.
Чувство разочарования у Сталина вызвало решение польского «лондонского» правительства летом 1942 года о выводе с территории СССР в Иран формировавшихся частей Войска Польского. По мнению советского руководства это явилось грубейшим нарушением соглашения, подписанного 30 июля 1941 года в Лондоне советским послом И.М. Майским и премьер-министром Польши генералом Владиславом Сикорским. В соответствии с соглашением СССР признавал утратившими силу договоры 1939 года с Германией, касающиеся территориальных перемен в Польше, восстанавливал дипломатические отношения с польским эмигрантским правительством, давал согласие на формирование польских соединений в пределах СССР. К соглашению был приложен протокол об амнистии польским гражданам, находившихся в советских тюрьмах и лагерях.
Однако в самый тяжелый для СССР момент, когда гитлеровские войска подходили к Сталинграду, когда Красная армия испытывала острый недостаток в оружии, боеприпасах, продовольствии и обмундировании, из СССР в Иран ушла вооруженная и обмундированная 80‐тысячная армия генерала Владислава Андерса, а с нею 37 тысяч гражданских лиц.
В середине апреля 1943 г. германские власти разместили в средствах массовой информации сведения об обнаруженном в Катынском лесу близ Смоленска массовом захоронении польских офицеров, расстрелянных НКВД весной 1940 г. Правительство Сикорского обратилось в Международный Красный Крест с просьбой о расследовании этого факта. Сталина возмутила не сама информация, а шаги поляков, в результате которых к расследованию были привлечены фашистские оккупационные власти. В гневном послании Черчиллю от 21 апреля 1943 г. он писал: «Правительство г-на Сикорского не только не дало отпора подлой фашистской клевете на СССР, но даже не сочло нужным обратиться к Советскому Правительству с какими-либо вопросами или за разъяснениями по этому поводу… На основании всего этого Советское Правительство пришло к выводу о необходимости прервать отношения с этим правительством».
«Лондонское» польское правительство, не считаясь с реальностью, продолжало требовать от своих представителей на освобожденных Красной армией территориях Польши немедленно брать власть в свои руки, а в Виленском крае – не подчиняться создаваемым органам власти Советской Литвы, формировать польские органы местной власти, полицию, органы безопасности, подчинённые Лондону. По сути, оно призывало поляков к гражданской войне в тылу воюющей Красной армии. Главнокомандующий АК генерал Сосновский в директиве от 7 июля 1944 г., направленной из Лондона командующему АК в Польше генералу Бур-Комаровскому, следующим образом определял политику «лондонского» эмигрантского правительства по отношению к советской власти и командованию Красной армии: «…Если по счастливому стечению обстоятельств в последний момент отхода немцев и до подхода красных частей появится шанс хотя бы временного овладения нами Вильно, Львова, другого большого города или определенной хотя бы небольшой местности, это надо сделать и в этом случае выступить в роли полноправного хозяина».
В соответствии с данной директивой на освобожденных территориях Польши и Литвы был организован саботаж. Подразделения АК разгоняли военкоматы, создавали местные органы власти, бойкотировавшие сотрудничество с командованием Красной армии, собирали и складировали оружие и боеприпасы, оставшиеся от гитлеровской армии, самовольно устанавливали систему налогообложения местного населения. В Вильнюсе и Вильнюсском крае повсеместно на публичных зданиях демонстративно вывешивались польские национальные флаги.
Документы воинских частей и соединений действующей Красной армии, подразделений войск НКВД по охране тыла, военной контрразведки «Смерш» подтверждали тот факт, что действия АК, мягко говоря, не вызывали понимания со стороны советских солдат и офицеров. В докладной записке наркома внутренних дел СССР Берии на имя Сталина и Молотова от 16 июля 1944 г. отмечалось, что в районах Вильнюса, Новогрудка, Туркели, Медников было сосредоточено до 25 тысяч солдат АК, хорошо вооруженных и обеспеченных артиллерией, немецкими самоходными орудиями, танками, автомобилями, мотоциклами. «Поляки безобразничают, – писал Берия, – отбирают насильно продукты, рогатый скот и лошадей у местных жителей, заявляя, что это идет для польской армии… В настоящее время поляки проводят усиленную мобилизацию в “Армию Крайову” и собирают оружие… Кроме того, наличие этой “польской армии” дезориентирует местное население. Многие думают, что это польская армия Берлинга, и когда пришли заготовители от 3‐го Белорусского фронта в Ошмяны за продуктами, то им жители заявили, что они уже все задания по налогу выполнили в польскую армию Берлинга».
Подразделения АК в тыловых районах стали оказывать вооруженное сопротивление Красной армии и войскам НКВД, осуществлять акты диверсий. По данным органов военной контрразведки «Смерш», с октября 1944 г. усилились вооруженные нападения именно на армейские подразделения Красной армии. Всего в августе – начале ноября 1944 г. бойцами АК было совершено пятьдесят актов террора, в результате которых погибли 184 офицера и солдата Красной армии, 78 были ранены.
Ответные меры советских властей не заставили себя ждать. Оперативно сформированная сводная стрелковая дивизия войск НКВД под командованием генерал-майора Б. Серебрякова при содействии органов военной контрразведки «Смерш», НКВД, НКГБ, военной контрразведки Войска Польского развернула операции по разоружению частей и подразделений АК. В тыловой зоне наступавшей Красной армии начались аресты руководителей и солдат АК. С июля до середины ноября сорок четвёртого года в Белостокском воеводстве и Бяло-Подлясском уезде было арестовано и отправлено эшелонами в лагеря НКВД 2044 офицера и солдата АК, из Люблинского воеводства – 2210 человек.
В секретном донесении заместителя наркома внутренних дел СССР И.А. Серова и командующего войсками 3‐го Белорусского фронта генерала И.Д. Черняховского наркому внутренних дел СССР Л.П. Берии от 18 июля 1944 г. сообщалось о том, что 17 июля в ходе операции по разоружению солдат и офицеров так называемой Польской Армии Крайовой в районе Вильно были разоружены и задержаны командующий Виленским округом АК подполковник Кржешевский (псевдоним «Людвиг») и командующий Новогрудским военным округом АК полковник Шидловский (псевдоним «Полищук»). С ними были задержаны 26 офицеров АК, из них 9 командиров бригад, 12 командиров отрядов и 5 штабных офицеров. После прочёсывания лесов вокруг Вильно обезоружены и задержаны 3500 человек, из них 200 офицеров. Изъято 3000 винтовок, 300 автоматов, 50 пулемётов, 15 миномётов, 7 лёгких орудий, 12 автомашин и большое количество боеприпасов.
Аресты продолжались и в дальнейшем. В марте 1945 г. был арестован бригадный генерал Л.Б. Окулицкий, командующий АК, приказом которого от 19 января 1945 г. Армия Крайова распускалась, а ее солдаты и офицеры освобождались от данной ими присяги.
Таким образом, решение советского руководства о ликвидации АК основывалось на военно-политических интересах. АК, не воевавшая с общим врагом, гитлеровскими войсками, а использовавшаяся в тылу Красной армии в целях захвата политической власти, да еще вступившая в открытые боевые столкновения с советскими войсками и частями НКВД, была обречена. Противостояние частям Красной армии на освобожденных от гитлеровцев территориях Польши в 1944 г. стало смертным приговором для Армии Крайовой.
