Главный удар Манштейн решил нанести немецкими дивизиями через Перекопский перешеек; вспомогательный – румынским горным корпусом через Чонгарский мост. Для этого к 18 октября на Перекопском перешейке были сосредоточены четыре пехотные дивизии 54-го армейского корпуса. Еще две дивизии 30-го армейского корпуса, направлявшиеся к Перекопу, находились на полпути между Геническом и Перекопом. Еще одна – 132-я немецкая дивизия в это время подходила к реке Южный Буг. Румынский горный корпус сосредоточивался к Геническу.

Советские войска в Крыму вместе с прибывшими четырьмя стрелковыми и одной кавалерийской дивизиями Приморской армии на 18 октября насчитывали в своем составе 12 стрелковых и четыре кавалерийские дивизии. Этих сил было вполне достаточно для организации прочной обороны крымских перешейков. А так как на Черном море господствовал наш флот, то возможность высадки морского десанта противника исключалась. Также маловероятна была и высадка воздушных десантов противника в Крыму.

Однако командующий 51-й армией не сумел правильно оценить обстановку и разбросал свои силы по всему полуострову. Три стрелковые и две кавалерийские дивизии он держал на охране побережья, две стрелковые и одну кавалерийскую дивизии – в резерве. Для обороны перешейков были развернуты: на ишуньских позициях в одном эшелоне четыре стрелковые дивизии и на Чонгарском полуострове одна стрелковая дивизия. Две дивизии Приморской армии находились на марше из Севастополя к перешейкам и могли туда прибыть не ранее 23 октября.

Противник, перейдя 18 октября в наступление на ишуньские позиции, главный удар наносил двумя дивизиями на узком участке между железной дорогой и берегом Черного моря. 20 октября ему удалось прорвать ишуньские укрепления. Вместо организации контратак во фланг прорвавшемуся противнику командующий 51-й армией стремился закрыть образовавшийся прорыв и только 23 октября предпринял контратаку в лоб силами подошедших 25-й и 95-й стрелковых дивизий Приморской армии. Этой контратакой удалось задержать наступление немецко-фашистских войск до 25 октября. Но с потерей удобных для обороны ишуньских позиций наши войска оказались в невыгодном положении на позициях, почти не подготовленных к обороне.

Это мнение советских историков. Поэтому немалый интерес представляет мнение другой стороны, которое выражает генерал Манштейн. В частности, в книге «Утерянные победы» он пишет:

«Ближайшей нашей задачей было возобновление боев на подступах к Крыму, за Ишуньские перешейки. Могут сказать, что это самое обыкновенное наступление. Но эти десятидневные бои выделяются из ряда обычных наступлений как ярчайший пример наступательного духа и беззаветной самоотверженности немецкого солдата. В этом бою мы не располагали почти ни одной из предпосылок, которые обычно считаются необходимыми для наступления на укрепленную оборону.

Численное превосходство было на стороне оборонявшихся русских, а не на стороне наступавших немцев. Шести дивизиям 11-й армии уже очень скоро противостояли 8 советских стрелковых и 4 кавалерийские дивизии, так как 16 октября русские эвакуировали безуспешно осаждавшуюся 4-й румынской армией крепость Одессу и перебросили защищавшую ее армию по морю в Крым. И хотя наша авиация сообщила, что потоплены советские суда общим тоннажем 32 000 тонн, все же большинство транспортов из Одессы добралось до Севастополя и портов на западном берегу Крыма. Первые из дивизий этой армии вскоре после начала нашего наступления и появились на фронте.

Немецкая артиллерия имела превосходство перед артиллерией противника и эффективно поддерживала пехоту. Но со стороны противника на северо-западном побережье Крыма и на южном берегу Сиваша действовали бронированные батареи береговой артиллерии, неуязвимые пока что для немецкой артиллерии. В то время как Советы для контратак располагали многочисленными танками, 11-я армия не имела ни одного.

Господство же в воздухе принадлежало советской авиации. Советские бомбардировщики и истребители непрерывно атаковали всякую обнаруженную цель. Не только пехота на переднем крае и батареи должны были окапываться, нужно было отрывать окопы и для каждой повозки и лошади в тыловой зоне, чтобы укрыть их от авиации противника. Дело доходило до того, что зенитные батареи не решались уже открывать огня, чтобы не быть сразу же подавленными воздушным налетом. Только когда армии был подчинен Мёльдерс с его истребительной эскадрой, ему удавалось очистить небо, по крайней мере, в дневное время. Ночью и он не мог воспрепятствовать воздушным налетам противника.

25 октября казалось, что наступательный порыв войск совершенно иссяк. Командир одной из лучших дивизий уже дважды докладывал, что силы его полков на исходе… Тем не менее, 27 октября решительный успех был достигнут. 28 октября, после десяти дней ожесточенных боев, советская оборона рухнула, и 11-я армия могла начать преследование противника».

Для объединения действий войск 51-й и Приморской Отдельных армий и Черноморского флота по обороне Крыма по указанию Ставки Верховного Главнокомандования было создано командование войсками Крыма. Командующим был назначен вице-адмирал Г.И. Левченко, заместителем по сухопутным войскам генерал-лейтенант П.И. Батов.

После поражения на ишуньских позициях дивизии Приморской армии начали отходить на юг, а четыре стрелковые дивизии 51-й армии, против которых наступали пять немецких дивизий, медленно отходили в направлении на Джанкой.

Манштейн приказал войскам 30-го армейского корпуса в составе 72-й и 22-й пехотных дивизий продвигаться на Симферополь. 54-й армейский корпус в составе 50-й, вновь прибывшей 132-й пехотных дивизий и наскоро сформированная моторизованная бригада получили задачу преследовать противника в направлении Бахчисарай – Севастополь.

Командующий войсками Крыма 29 октября решил отвести войска Приморской и 51-й армий на слабо подготовленный тыловой оборонительный рубеж, проходивший по линии Советский, Ново-Царицыно, Саки, и закрепиться на нем. Но на практике это решение осуществить не удалось, так как 31 октября подвижный отряд противника вышел к станции Альма, а вслед за ним выдвинулись и дивизии 54-го армейского корпуса.

Чтобы не допустить прорыва вражеских войск к Севастополю, гарнизон которого в это время был очень слаб, было решено войска Приморской армии отвести к Севастополю и организовать там ими оборону этого города-порта, а 51-й армией прикрыть керченское направление. В результате такого решения силы советских войск в Крыму делились на две части, и противник получал возможность громить их по частям.

Отход на Севастополь проходил в трудных условиях. Советские войска вели непрерывные бои с наседавшим на них 30-м армейским корпусом противника, который от Джанкоя был повернут на юг. 6 ноября передовые части Приморской армии вышли к Севастополю как раз в тот момент, когда гарнизон города, состоявший главным образом из морской пехоты, отражал на передовом рубеже атаки 54-го армейского корпуса, стремившегося прорваться к городу с востока по кратчайшему направлению. С подходом войск Приморской армии силы защитников Севастополя увеличились, что дало им возможность отразить наступление врага.

В то время, когда войска Приморской армии отходили к Севастополю, 51-я армия, в командование войсками которой с 30 октября вступил генерал-лейтенант П.И. Батов, отводилась для обороны Керченского полуострова. 4 ноября приказом командующего войсками Крыма на базе 51-й армии был создан Керченский оборонительный район, в состав которого вошли все соединения и части 51-й армии и Керченская военно-морская база.

Несмотря на удобную для обороны местность и достаточные силы (семь стрелковых дивизий), командование оборонительного района не сумело организовать оборону Керченского полуострова и приостановить наступление противника. 16 ноября последние части 51-й армии были эвакуированы на Таманский полуостров.

Таким образом, к середине ноября 1941 года противник овладел почти всем Крымом и блокировал с суши Севастополь. Главная база Черноморского флота оказалась под огнем немецкой полевой артиллерии и под ударами перебазировавшейся на крымские аэродромы немецкой авиации. В силу этого Черноморский флот, кроме нескольких старых кораблей, оставленных для огневой поддержки севастопольского гарнизона, пришлось перебазировать в малоудобные порты Кавказского побережья. Выдвижение противника к Керченскому проливу затруднило сообщение нашего флота между Азовским и Черным морями.