Незадолго до вступления Лжедмитрия в Москву низложенный царь и его мать были задушены или зарезаны в своём кремлёвском доме. После ареста патриарха Иова, которого сослали в монастырь, на подворье Годуновых явился со стрельцами Василий Голицын и приказал убить Фёдора. При этом с ним были князь Мосальский, дьяки Молчанов и Шерефидинов. Однако, по словам бывшего в то время в Москве шведа Пера Эрлесугнда-Петра Петрея, непосредственным исполнителем убийства был подьячий Иван Богданов, якобы тайно присланный для этого в Москву. Крепкий и сильный юноша, Фёдор оказал сопротивление убийцам, которые вчетвером едва справились с ним. Официально было объявлено, что Фёдор и его мать отравились; однако их тела, выставленные на всеобщее обозрение, имели следы борьбы и насильственной смерти, как свидетельствует Петрей: «и следы от верёвки, которой они были задушены, я видел собственными глазами вместе со многими тысячами людей».

Тела Фёдора и Марии Годуновых, вместе с извлечённым из гробницы в Архангельском соборе телом умершего 13 апреля Бориса Годунова, были захоронены по приказу Лжедмитрия безо всяких почестей во второстепенном московском женском Варсонофьевском монастыре. В 1606 году по распоряжению царя Василия Шуйского останки семьи Годуновых 20 бояр неся горб торжественно перенесли в Троице-Сергиев монастырь.

20 июня 1605 г. Лжедмитрий во главе перешедшей на его сторону армии триумфально вступил в Москву и был провозглашен царем. Более того, он стал именовать себя императором. Новый патриарх, «лукавый и изворотливый грек» Игнатий венчал его на царство. Филарет (Ф. Н. Романов) был назначен ростовским митрополитом.

Оказавшись в Москве, Лжедмитрий не спешил выполнить данные польским магнатам обязательства, понимая, что если бы он попытался ввести католичество или отдать исконно русские земли польским феодалам, то он не смог бы удержаться у власти. В то же время Лжедмитрий подтвердил принятые до него законодательные акты, закрепощавшие крестьян.

Продолжение крепостнической политики, новые поборы с целью добыть обещанные польским магнатам средства, недовольство русской знати, особенно усилившееся после женитьбы Лжедмитрия на Марине Мнишек, привели к организации против него боярского заговора. В мае 1606 г. вспыхнуло восстание против Лжедмитрия. Ударил набатный колокол. Москвичи, во главе которых встали бояре Шуйские, перебили более тысячи поляков. Марину Мнишек спасли бояре. Она и ее окружение были высланы в Ярославль. Лжедмитрий, преследуемый восставшими, выпрыгнул из окна Кремлевского дворца и был убит. Современники насчитали более двадцати ран на теле Лжедмитрия. Через три дня труп его был сожжен, прах заложен в пушку, из которой выстрелили в ту сторону, откуда пришел самозванец.

После смерти Лжедмитрия на престол вступил боярский царь Василий Шуйский (1606–1610). Когда он целовал крест, Василий обязался сохранить привилегии боярства, и не отнимать у них вотчин, не судить бояр без участия Боярской думы. Знать теперь пыталась разрешить создавшиеся глубокие внутренние и внешние противоречия с помощью боярского царя.

Одним из важнейших дел Шуйского было назначение патриарха. Патриарх Игнатий Грек за поддержку Лжедмитрия I был лишен своего сана. Патриарший престол занял выдающийся патриот 70-летний казанский митрополит Гермоген.

С целью пресечения слухов о спасении царевича Дмитрия его останки были перенесены по приказу Василия Шуйского через три дня после коронации из Углича в Москву. Царевич был причислен к лику святых.

К лету 1606 г. Василию Шуйскому удалось укрепиться в Москве, однако окраины страны продолжали бурлить. Политический конфликт, порожденный борьбой за власть и корону, перерос в социальный. Народ, окончательно потеряв веру в улучшение своего положения, вновь выступил против властей.

В 1606/07 годах вспыхнуло восстание под предводительством Ивана Исаевича Болотникова, которое многие историки считают пиком Крестьянской войны начала XVII в.

Иван Исаевич Болотников был боевым (военным) холопом князя Телятевского. От него он бежал к донским казакам, был захвачен в плен крымскими татарами и продан в рабство в качестве гребца на турецкую галеру. После разгрома турецкого флота немецкими кораблями И.И. Болотников оказался в Венеции, откуда через Германию и Польшу попал в Путивль. В Путивль И.И. Болотников прибыл в качестве «воеводы царя Дмитрия».

Это произошло после встречи И.И. Болотникова в Самборе в замке Мнишков с похожим на Лжедмитрия I Михаилом Молчановым, бежавшим из Москвы и выдававшим себя за спасшегося царя. И.И. Болотников получил от Молчанова грамоту, скрепленную государственной печатью, в которой он назначался воеводой царя (печать выкрал из Москвы Молчанов), саблю, шубу и 60 дукатов.

Опорой И.И. Болотникова стала Комарицкая волость. Здесь в районе города Кромы скопилось много казаков, поддерживавших Лжедмитрия I, освободившего этот край на десять лет от налогов. Став во главе казацких отрядов, Болотников из Кром двинулся на Москву летом 1606 г. Вскоре его небольшой отряд превратился в мощное войско, в состав которого вошли крестьяне, жители городов и даже недовольные боярским правительством отряды дворян и казаков во главе с П. Ляпуновым, Г. Сумбуловым, И. Пашковым. Воеводы Путивля (князь Г. Шаховской) и Чернигова (князь А. Телятевский), связанные с Лжедмитрием I, подчинились «царскому воеводе». Выступая как воевода царя Дмитрия Ивановича, слух о спасении которого вновь ожил в годы правления Василия Шуйского, Болотников разбил правительственные войска под Ельцом, овладел Калугой, Тулой, Серпуховом.

В октябре 1606 г. армия Болотникова осадила Москву, расположившись у села Коломенского. В это время на стороне восставших было более 70 городов. Два месяца длилась осада Москвы. В решающий момент измена дворянских отрядов, перешедших на сторону Василия Шуйского, привела к разгрому армии И.И. Болотникова. Добиваясь поддержки бояр и дворян, Василий Шуйский в марте 1607 г. издал «Уложение о крестьянах», вводившее 15-летний срок сыска беглых.

И.И. Болотников был отброшен к Калуге и осажден царскими войсками. С помощью пришедшей с Терека по Волге повстанческой армии «царевича Петра» (так называл себя холоп Илья Горчаков — Илейка Муромец) И.И. Болотников вырвался из осады и отступил к Туле. Трехмесячную осаду Тулы возглавил сам Василий Шуйский. Река Упа был перегорожена плотиной и крепость затоплена. После обещания Шуйского сохранить жизнь восставшим те открыли ворота Тулы. Царь жестоко расправился с повстанцами. И.И. Болотников был ослеплен, а затем утоплен в проруби в городе Каргополе. Илейка Муромец был казнен в Москве.

Участники восстания. В восстании И.И. Болотникова принимали участие представители разных социальных слоев — крестьяне, холопы, посадское население, казачество, дворяне и другие служилые люди. Важную роль на всех этапах восстания сыграло казачество. Обладая оружием, имея военный опыт, крепкую организацию, оно составило ядро армии восставших.

В походе на Москву участвовали, кроме угнетенных слоев населения, также дворяне и служилые люди. Их участие в крестьянском восстании можно объяснить тем, что они использовали его в своих целях. В решающий момент дворяне, предав восставших, перешли на сторону правительства. Были в рядах восставших и бояре-авантюристы. Вместе с русскими в восстании И.И. Болотникова принимали участие мордовцы, марийцы, чуваши и другие народы Поволжья, вошедшие в состав России.

Московский патриарх Гермоген писал:

«… а стоят те люди под Москвою, в Коломенском, и пишут к Москве проклятые свои листы, и велят боярским холопам побивать своих бояр и жен их; и вотчины и поместья им сулят… и призывают их воров к себе и хотят им дать и боярство, и воеводство, и окольничество, и дьячество…»

Идеологические представления восставших, несмотря на категоричность их требований, имели царистский характер. Наивный монархизм, вера в «доброго» царя лежали в основе взглядов казачества и крестьянства на государственное устройство. Крестьянство и казачество видели цель восстания в возвращении к старым, общинным порядкам.