7 сентября 1941 г. Антонеску издал приказ о депортации этих узников за Днестр в созданное к тому времени губернаторство Транснистрия. Для осуществления акции были разработаны специальный план и маршруты. Депортация проходила в чудовищных условиях и сопровождалась массовыми издевательствами и расстрелами. Все арестованные евреи должны были передвигаться под охраной пешком, а те, кто отставал или не мог идти дальше, подлежали расстрелу на месте, для чего вдоль дорог на расстоянии 10 километров друг от друга вырыли ямы на 100 человек каждая. К 9 декабря 1941 г. евреев почти полностью перевели из концлагерей Бессарабии и Буковины в рабочие и концентрационные лагеря Транснистрии (всего 125 тысяч). К ним присоединили местных евреев, прежде всего из Одессы, а также с левобережья Южного Буга.

Однако румынская администрация не ожидала такого большого количества заключенных. Лагеря Транснистрии были переполнены, в них часто не хватало построек и пропитания, в связи с чем часть евреев погибла от голода и холода. Особенно высокая смертность среди заключенных наблюдалась зимой 1941–1942 гг. Умерших не хоронили, что приводило к новым вспышкам заболеваний. Кроме того, зимой 1941–1942 гг. в лагерях жудеца (округа) Голта произошли масштабные массовые расстрелы евреев. На берегу Южного Буга всего за несколько дней расстреляли 40 тысяч узников, еще 5 тысяч было сожжено заживо в лагере Богдановка.

Румынские власти проводили в Транснистрии массовые акции по уничтожению еврейского населения до февраля 1942 г. С наибольшей жестокостью они вели себя в Одессе, где 16 октября 1941 г., в день оккупации города, оставалось около 100 тысяч евреев. Уже 22–25 октября от 19 до 25 тысяч евреев были загнаны, а потом сожжены заживо на девяти артиллерийских складах. 8 ноября в местной печати был опубликован приказ командующего войсками города Одессы: «1. Все мужчины еврейского происхождения, в возрасте от 18 до 50 лет обязаны, в течение 48 часов с момента опубликования настоящего приказа явиться в Городскую тюрьму… 2. Все жители гор. Одессы и его предместий обязаны сообщить в соответствующие полицейские части о каждом еврее вышеуказанной категории, который не выполнил этого приказа. Укрывающие, а также лица, которые знают о том и не сообщают, караются смертной казнью»⁶⁰⁷.

В дальнейшем евреев «других категорий» депортировали в концентрационные лагеря Доманевка, Ахмечетка, Богдановка и Печера, где они в основном были расстреляны, сожжены заживо или погибли от голода и холода (в феврале 1942 г. Одесса была объявлена свободным от евреев городом). Лишь несколько сот депортированных одесских евреев остались в живых. К концу февраля 1942 г. в Транснистрии оставались в живых 20–25 тысяч уцелевших местных евреев, 120 тысяч депортированных из Бессарабии и Румынии и 55 тысяч из Буковины⁶⁰⁸.

Одновременно с созданием гетто и концентрационных лагерей на оккупированной румынской армией территории СССР из приграничных с Советским Союзом районов Румынии евреев депортировали на запад страны, а мужчин моложе 60 лет заключили в концлагерь Тыргу-Жиу. 3 сентября 1941 г. был отдан приказ об обязательном ношении румынскими евреями отличительного знака — желтой шестиконечной звезды Давида. Главный раввин страны А. Шафран обратился за помощью к Румынскому Патриарху Никодиму (Мунтяну), в результате ходатайства которого премьер-министр И. Антонеску 8 сентября отменил приказ об отличительном знаке.

Однако предписание о ношении с сентября 1941 г. евреями на верхней одежде желтой звезды Давида на оккупированных румынским войсками территории, в частности в Северной Буковине, осталось. 26 февраля 1943 г. Военное управление провинции Буковина издало постановление, в котором были упорядочены соответствующие правила для разных групп еврейского населения. Причем некоторые категории получили разрешение не носить звезду: «.. крещеные евреи при условии, если их переход в христианство был официально зарегистрирован в актах гражданского состояния; еврейские женщины, находящиеся в браке с христианами; дети от таких браков»⁶⁰⁹.

В целом в Румынии были приняты довольно жесткие анти-еврейские законы и учреждена должность специального уполномоченного по еврейскому вопросу. Осенью 1941 г. правительство И. Антонеску издало указ, запрещавший евреям переходить в другую веру, в котором были предусмотрены меры наказания для священнослужителей, совершивших их крещение (однако крещенных в прошлые годы евреев Церкви не запрещалось окормлять). И в июне 1942 г. Румынская Патриархия отклонила ходатайство около 50 тысяч местных евреев о принятии их в Православие⁶¹⁰.

Стремясь избежать депортации в лагеря Транснистрии, некоторое количество евреев в Бессарабии и Северной Буковине уже в первые месяцы войны перешло в христианство. При этом переход в другую веру признавался местными властями законным только при условии наличия справки, фиксирующей этот акт. В начале 1942 г. администрация Черновцов (и других населенных пунктов Северной Буковины) получила предписание правительственного военного комитета, в котором говорилось «о запрещении жителям города из еврейского населения перехода с еврейской религии в православно-католическое вероисповедание и другие культы…». Хотя этот запрет различными способами обходился. На 11 мая 1943 г. в Черновицком уезде в списке жителей еврейской национальности, перешедших в христианскую веру, значились 23 человека, среди них члены семьи известного мецената и филантропа Кислингера: Ирма, Хильда и Гертруда⁶¹¹.

Официальная позиция Бухареста в отношении перехода в христианство евреев Транснистрии была сформулирована в указе И. Антонеску, изданном в августе 1942 г. В нем объявлялось, что в отношении конвертированных не будут применяться репрессии, но если перешедшие в протестанты или униаты евреи должны были переселяться за Южный Буг (где существовала почти неизбежная опасность для их жизни со стороны немецких войск), то евреи-католики могли пока оставаться в Транснистрии. Вероятно, на такое решение повлияло желание румынского правительства сохранить хорошие отношения с Ватиканом⁶¹².

Режим И. Антонеску пытался обосновать уничтожение евреев перед общественностью страны. Так в июне 1942 г., к первой годовщине войны против СССР, пропагандистская служба румынских оккупационных властей выпустила книгу «Вызволенная Бессарабия», главный тезис которой гласил: «устранение» евреев было «справедливым возмездием» за их постоянную антирумынскую деятельность, особенно в Бессарабии и Северной Буковине в 1920-е — 1930-е гг., а также после присоединения этих территорий к СССР в 1940 г. К сожалению, некоторые измышления этой книги повторяются и в современных румынских изданиях: «Банды иудео-коммунистических террористов начали проникать в церкви, сжигать иконы, пачкать стены и осквернять утварь. Одеяния священников были изъяты и использованы в качестве театральных костюмов» и т. п. Давно опровергнута исследователями как фальшивка и версия о евреях, которые якобы в 1940 г. отрезали язык священнику в Ниспоренах, а потом заперли его в церкви и сожгли. Сами румынские историки позднее писали: «Это неправда и фальсификация тех времен для нагнетания обстановки»⁶¹³.

В этих обстоятельствах некоторые христианские священники пытались облегчить участь евреев или даже спасти им жизнь путем их крещения. В целом на территории между Днестром и Бугом попытки перехода евреев в христианство, а также фиктивные браки с христианами были довольно типичны. Так в донесении инспектора жандармерии Транснистрии в Бухарест сообщалось, что в январе 1942 г. многих еврейских детей брали к себе верующие, а русские священники проводили обряд крещения. Большинство священнослужителей Одесской области сочувствовало жертвам и не одобряло антиеврейских действий оккупантов. В частности, как уже говорилось ранее, настоятель одной из одесских церквей священник Ф. Петрановский крестил в своем храме и на дому более ста еврейских детей, выдав им документы о крещении⁶¹⁴.