В наиболее известном военном пастырском послании митрополита Андрея, появившемся 21 ноября 1942 г. под символическим названием «Не убий», в котором Владыка напомнил своей пастве об известной библейской заповеди, в качестве примера упомянуто политическое убийство. Он предостерегал украинцев, заявляя, что нарушение заповедей Бога, в частности заповеди «не убий», «повлечет за собой возмездие — страшное возмездие»: «Совершил человек самое омерзительное преступление, если преступил пятую заповедь: “не убий”, преступление, противоречащее основе основ христианской морали — любви к ближнему. Человек, убивший ближнего своего, исключает себя из общества человеческого и из среды детей Божиих. Грехом подобным лишает убийца себя права на блаженство вечное, и на земле проклятие клеймом ляжет на него… Человек, убивший своего политического противника, такой же убийца, как и тот, кто убил ближнего своего из соображений личной выгоды, и заслуживает он такой же кары небесной и такого же проклятия церковного»⁵⁵¹.

Адресованное в первую очередь полякам и украинцам послание было призвано прекратить их взаимное истребление. Но совершенно очевидно, что в этом пастырском письме осуждались все виды убийства; Владыка Андрей был озабочен появлением того, что он назвал «склонностью к убийству» как общепринятой нормы поведения. То, что митрополит показал копию послания раввину Давиду Кахане, свидетельствует, что он считал это важным и по отношению к евреям, хотя о них в послании ничего не говорится. Из-за противодействия немецких властей оно не было опубликовано, сохранившись в архиве. В 1942 г. появилось еще одно пастырское послание Владыки «О милосердии», в котором говорилось о ценности человеческой жизни и осуждались убийства⁵⁵².

Оценить действительную степень влияния этих обращений на украинское греко-католическое население и духовенство практически невозможно. В пастырских посланиях митрополита евреи никогда не упоминались открыто, и бесчеловечные действия многих украинских националистов в их отношении не прекратились. Значительная часть паствы Владыки Андрея была настроена резко антисемитски, и пример митрополита не оказывал на них должного воздействия.

Раввин Давид Кахане в своей книге «Дневник Львовского гетто» сообщал, что большая часть украинской интеллигенции в погромных акциях участия не принимала, однако голос пастыря основной массой населения услышан не был: «Если не брать во внимание кучку знатных людей, христианские жители города с энтузиазмом участвовали в позорных операциях охоты на евреев, которые проводились немцами. Ежедневно в местные отделения гестапо приходили сообщения о тех, кто прятался, а в лесах и сельской местности украинцы просто организовывали рейды по поиску евреев… В своих воспоминаниях я подробно описал события того времени. Я был их очевидцем и вел активную работу в общественной жизни гетто. Я был узником нескольких лагерей, не считая Яновского, и прошел через ад немецкого концентрационного лагеря. После ликвидации гетто, во время своего пребывания в библиотеке митрополита Шептиц-кого, где мне предоставили убежище, я мог наблюдать и даже определить разные аспекты отношений христианского населения города к евреям». Давид Кахане особо выделял священноначалие грекокатоликов: «Я свидетельствую свое почтение руководству украинского духовенства, многим монахам, которые подвергали себя невероятному риску, спасая еврейских детей». При этом раввин указывал, что они были скорее исключением, чем правилом⁵⁵³.

Владыка Андрей и позднее продолжал протестовать против уничтожения евреев. Показательна в этом плане его беседа с французским публицистом украинского происхождения доктором Всеволодом Фредериком в сентябре 1943 г. Последний сотрудничал с германским Министерством иностранных дел, и подробная запись беседы поступила в целый ряд нацистских ведомств. Шептицкий снова выразил мнение, что «Германия хуже, чем большевизм», и один из главных упреков митрополита немцам заключался в «бесчеловечном отношении к евреям». Владыка заявил, что только во Львове было убито 100 тысяч, а на всей Украине миллион и привел пример, когда один молодой человек признался ему на исповеди, что «однажды ночью во Львове он лично убил 75 человек». Согласно записи беседы Фредерик возразил: «Разве не представляет еврейство смертельной опасности для христианства, которому оно несет гибель. Митрополит согласился, но остался при мнении, что уничтожение евреев является недопустимым»⁵⁵⁴.

Следует отметить, что в 1942 г. лидеры бандеровского крыла ОУН формально изменили свою позицию в еврейском вопросе. На это повлияли: роспуск немцами самопровозглашенного правительства Украинского государства; арест С. Бандеры, Я. Стецько и других руководителей ОУН-Б, а также тот факт, что большинство проживавших на Украине евреев уже было к тому моменту уничтожено. В апреле 1942 г. Вторая конференция ОУН, констатируя «негативное отношение к евреям, признала: нецелесообразным в данный момент международной ситуации принимать участие в антиеврейских акциях, чтобы не стать слепым орудием в чужих руках». В августе 1943 г. Третий чрезвычайный съезд ОУН признал равноправие всех национальностей, проживавших на Украине, отказавшись от принципа этнического превосходства украинцев. Во временных инструкциях ОУН членов организации призывали «не проводить никаких акций против евреев», при этом откровенно объяснялось изменение позиции в данном вопросе: «Еврейское дело перестало быть проблемой [евреев осталось мало], но это не относится к тем, кто выступает против нас активно»⁵⁵⁵.

При этом отряды вооруженных организаций, созданных украинскими националистами, даже те, что воевали с немцами, в основном по-прежнему преследовали и уничтожали скрывавшихся евреев, а члены ОУН, продолжавшие служить в украинской полиции, как и раньше, активно участвовали в антиеврейских акциях. Бывали случаи, когда отряды украинских националистов мобилизовывали в свои ряды евреев, бежавших в леса, но это были исключительно врачи, медсестры и некоторые категории ремесленников. Некоторые из них оказались впоследствии расстреляны. По данным израильского ученого А. Вайса, отряды украинских националистов на территории Западной Украины уничтожили 28 тысяч евреев⁵⁵⁶.

Помимо устных и письменных протестов, Владыка Андрей лично прятал евреев в своей резиденции, в общей сложности 15 человек, и непосредственно участвовал в спасении еще примерно 150. Большинство спасенных митрополитом и его помощниками бежали из львовского гетто и «трудовых» лагерей, где они подвергались истреблению, в период между августом 1942 и июнем 1943 г. С 18 по 23 ноября 1942 г. около 15 тысяч человек вывезли из гетто в Белжецкий и Яновский лагеря, и 5 декабря была проведена «Декабрьская акция» по уничтожению евреев. К 1 января 1943 г., за полтора года оккупации, уже было истреблено примерно три четверти львовских евреев, но террор продолжался. 5–7 января 1943 г. от 10 до 15 тысяч евреев, а в начале марта еще две тысячи были отправлены на уничтожение в лагеря смерти. Гетто преобразовали в концлагерь, назвав его Юлаг.

17 марта 1943 г. в ходе «акции отмщения» за убийство эсэсовца предположительно евреем оказались убиты около тысячи евреев. В апреле прошла акция уничтожения еврейских полицейских и их семей, в мае погибли 6–7 тысяч евреев Яновского лагеря, а 2—16 июня 1943 г. в гетто была проведена акция «окончательной ликвидации», в ходе которой уничтожению подверглись 20 тысяч евреев, и Львов был объявлен «юденфрай» — свободным от евреев городом⁵⁵⁷.

В Яновском лагере полная ликвидация узников была осуществлена нацистами 23 ноября 1943 г. «В соответствии с официальной версией, — писал позднее раввин Давид Кахане, — эта операция означала конец существованию евреев в городе. Незначительные остатки еврейского населения прятались в подвалах, на чердаках или, раздобыв “арийские” документы, вели жалкое существование современных маранов». Один из тех, кто помогал евреям, греко-католический священник Феодосий (Теодозий), после войны рассказывал, что немцы обнаружили убежище на кладбище, в фамильном склепе, где прятались 28 евреев. Всех их немедленно расстреляли⁵⁵⁸.