После окончания Крымской войны русским войскам удалось активизировать свои действия на Восточном Кавказе и сломить сопротивление сил Шамиля. Узнав о пленении имама Чечни и Дагестана, прекратил свою деятельность среди черкесов и Мухаммед-Амин. В 1859 г. умирает Сефер-бей. Однако, лишившись лидеров, черкесские племена Закубанья не сложили оружия. Русское командование на Кавказе перебрасывает основные силы на левобережье Кубани.
В сентябре 1861 г. на Кубань совершил поездку император Александр II. Он встретился с представителями племен шапсугов, абадзехов и убыхов и, ясно обозначив цели укрепления России на Кавказе, предложил им дать согласие на прокладку через территории, занятые ими, дорог к Анапе, Новороссийску и Туапсе. Однако черкесская делегация отрицательно отнеслась к предложениям русского царя и потребовала отказаться от планов прокладки дорог, строительства укреплений и основания казачьих поселений на их землях.
В ходе последующих военных операций под командованием генерал-адъютанта Н. И. Евдокимова русские отряды привели к покорности натухайцев (i860 г.), шапсугов и абадзехов (1863 г.), убыхов (1864 г.). В целях ослабления горского движения царское правительство начало политику переселения черкесов с побережья Черного моря. Из-за принуждения русских властей и агитации турецких эмиссаров в течение 1858-1865 гг. в Турцию было вывезено около 493 тыс. человек, из них натухайцев - 45023 чел., абадзехов - 27337 чел., шапсугов - 165626 чел., убыхов - 74567 чел. В целях осуществления контроля за ходом выселения черкесов и соблюдения правил выдачи им пособий при отправке в апреле 1864 г. был определен ряд доверенных лиц, наблюдавших за этой процедурой. Среди них был и полковник Фадеев, направленный с этой миссией в Анапу и Новороссийск.
Одновременно с вытеснением горцев царское правительство организовало заселение этих земель казаками Кубанского, Донского, Азовского, Терского и Уральского казачьих войск и крестьянами-переселенцами из Центральной России. 10 мая 1862 г. было высочайше утверждено «Положение о заселении предгорий западной части Кавказского хребта Кубанскими казаками и другими переселенцами из России». §1 Положения гласил, что «предгория западной части Кавказского хребта занимаются казачьими станицами, с целью окончательного покорения горских племен, остающихся нам враждебными», а §2 определял границы территорий, подлежащих заселению, и в состав их входил «берег Черного моря, от устья реки Мокупсе до устья р. Кубани». Интересно, что §6 определял и сроки проведения этой кампании: «Время, потребное для заселения всего пространства, в §2 означенного, будет зависеть от успехов нашего оружия. Если же сильного сопротивления со стороны неприязненных племен не встретится, то заселение предполагается исполнить в течение 6-ти лет». Переселенцы на эти территории наделялись землей: «предварительно для каждой станицы соразмерно с ее населением и сообразно с местностью, отводить от 20 до 30 десятин на каждую душу мужского пола казачьего семейства и по 200 десятин на каждое офицерское семейство удобной и неудобной земли» (§67), и «обязанности строевых частей в продолжении первых трех лет водворения на передовых линиях состоят исключительно в защите собственных станиц» (§64).
В соответствии с этим Положением в 1862 г. идет заселение и Натухайского округа, на землях которого с наряду уже основанными ранее станицами Благовещенской и Витязевской появляются станицы Анапская, Варениковская, Верхне-Баканская, Гостагаевская, Крымская, Натухайская, Неберджайская, Нижне-Баканская, Новороссийская и Раевская. Выбором мест для станиц и организацией их заселения руководил начальник Натухайского округа генерал-майор П. Д. Бабыч. Командующим войсками Кубанской области графом Н. И. Евдокимовым было принято решение на месте разрушенной крепости Анапы образовать поселок, насчитывающий до 50 дворов, и заселить его азовскими казаками.
В целях организации обороны причерноморских земель Закубанья 17 февраля 1862 г. Александром II был утвержден приказ Военного Министра о создании Адагумского особого казачьего конного полка (командиром полка был назначен полковник П. И. Крюков), в системе которого были образованы две кордонные линии - Адагумская и Анапская. Приказом по Адагумскому полку начальствовать в станице Анапской и Анапском поселке было поручено сотнику Я. Карчевскому, который позже из-за свалившегося на него огромного объема обязанностей выхлопотал себе в подчинение помощника, исполнявшего обязанности по руководству Анапским поселком. Им временно был назначен хорунжий Муратов. Православные службы вел иеромонах отец Арсений, в приход которого входили не только Анапский поселок, но и станицы Анапская, Благовещенская, Витязевская, Варениковская и Гостагаевская.
10 марта 1866 г. Александром II было высочайше утверждено Положение о Черноморском округе, в §1 которого говорилось, что «на северо-восточном берегу Черного моря учреждаются портовые города Анапа и Новороссийск в тех самых местах, на коих существовали в прежнее время города под сими названиями». А в §2 Положения было сказано, что «учреждаемые города, впредь до развития в них населения и торговли причисляются к 5-му классу торговых местностей». При этом «сии города образуют в административном отношении особый округ, именуемый Черноморским, и причисляются к составу земель Закавказского края» (§6).
Кроме того, Положение определяло порядок подачи заявлений и процедуру переселения в города Черноморского округа, объявляло о бесплатном выделении земли под различные постройки, разрешало «водворяющимся в города» безакцизно вести лов рыбы в Черном море в пределах округа, а также «производить торговлю и промыслы» и «устраивать... на пространстве всего округа... мануфактуры, фабрики и заводы». По §38 «все вообще лица, записавшиеся в мещанское или купеческое сословие Анапы и Новороссийска, обязываются поселиться в сих городах, устроив в избранном для того месте дома с хозяйственными заведениями, магазины или лавки», и по §39 «водворяющиеся в учреждаемых городах обязываются кончить упомянутые... постройки в трехгодичный со времени приписки срок».
Итак, в 1866 г. учреждается портовый город Анапа Черноморского округа Кубанской области Закавказского края. Привлекательность условий переселения, обозначенных в отмеченном выше Положении, благодатность природных условий Анапы, теперь уже мирная атмосфера, сложившаяся здесь после длительных предшествующих баталий, стали факторами интенсивного притока населения в город и его округу. Для строительства жилья местного материала было много - развалины крепостных стен и старых построек шли на кладку домов и хозяйственных построек. По ходатайству Начальника Черноморского округа Д. В. Пиленко Наместник императора на Кавказе великий князь Михаил разрешил продавать населению с торгов камень «дикарь» из бывших крепостных укреплений Анапы кубическими метрами, а вырученные от этого деньги направлять на пополнение городской казны. Строились и хатенки из самана. Крыши чаще всего перекрывались камышовым настилом. Чуть позже, после разработки залежей глины в окрестностях Анапы, появились кирпич и черепица, которые стали широко использоваться в местном строительстве.
Для удовлетворения своих религиозных нужд православное население городка посещало восстановленную Свято-Онуфриевскую церковь, службы в которой, как мы уже отмечали, проводил отец Арсений. После него службы в церкви вели с 1870 г. отец Иосиф (Пономаренко), с 1873 г. - отец Федор (Филиппов), с 1880 г. - отец Александр (Новицкий) и другие священники. У населения забила торговая жилка, и в городе были построены и открыты целый ряд продуктовых и мануфактурных лавок. Мануфактурные товары завозились из Керчи и Екатеринодара. Развивался рыбный промысел, создавались рыболовецкие артели, сооружались и эксплуатировались рыбозасолочные емкости и коптильни. В округе Анапы сохранилось много ветряных мельниц, построенных еще турками. Они были восстановлены, и население городка и окрестных станиц активно пользовалось их услугами, ибо благодатная кубанская земля давала хорошие урожаи зерна. В городе была открыта своя пекарня. Для приюта заезжих купцов и прибывших в Анапу по другим целям лиц был построен постоялый двор. В окрестностях города разбивались сады, дававшие в изобилии урожаи абрикосов, персиков, черешни, вишни, яблок и груш. Появляются и виноградники.
