В тайне от Совета доктор Вейр осталась в Атлантиде в стазисной камере, чтобы каждые 3300 лет менять МНТ, питающие щит города. Это было частью плана Януса спасти город от затопления спустя 10,000 лет, как это произошло во временной линии доктора Вейр. По плану Януса, когда уровень энергии упадет до критического, зажимы, удерживающие город разомкнутся и город всплывет, чтобы экспедиция с Земли смогла выжить. Мелия, член Совета Атлантиды записала сообщение для всех, кто найдет город в будущем: … в надежде распространить новую жизнь в галактике, в которой казалось, ее нет. Вскоре новая жизнь росла и процветала. Здесь мы построили систему звёздных врат, начав сеть цивилизаций, которые будут путешествовать между звездами, делясь знаниями и дружбой. Вскоре, тысячи миров получили плоды этой формы жизни. Но однажды наш народ вступил в темный мир, где дремал страшный враг. Никогда прежде мы не сталкивались с существами, чья сила превосходила бы нашу собственную. Из-за нашей самонадеянности мы были неготовы и превзойдены в численности. Враг пожирал беззащитные миры как чума, пока наконец не осталась только Атлантида. Великий щит этого города был достаточно мощным, чтобы противостоять их ужасному оружию, и мы пробыли под осадой много лет. Чтобы спасти последних из нашего вида, мы погрузили наш великий город на дно океана. Звёздные врата Атлантиды были единственной связью между Землей и этой галактикой, и оставшиеся в живых решили использовать их для возвращения в мир, который некогда мы считали домом. Там последние оставшиеся в живых жители Атлантиды прожили остаток своей жизни. Этот город был оставлен, в надежде, что наш вид однажды вернется.
Экспедиция в галактику Пегас. Открытие
В 2005 году экспедиция с Земли нашла 8-значный адрес в галактику Пегас. Земляне прибыли в город, погруженный на дно океана. Город был практически в идеальном состоянии. Но, как оказалось, МНТ, снабжающие город энергией, были истощены, и экспедиции ничего не оставалось, кроме как покинуть город и перейти на какую-нибудь другую планету. Но этого люди сделать не успели: сработал защитный механизм и Атлантида всплыла на поверхность. Так экспедиция обосновалась в городе Древних. Узнав о существовании Земли, Рейфы отправили к Атлантиде три корабля-улья. Так началась Вторая осада Атлантиды. Не видя другого способа, кроме как «самоуничтожиться», люди сделали Атлантиду невидимой и взорвали над городом ядерную бомбу (предварительно подняв щит). Рейфы подумали, что Атлантида погибла, а вместе с ней и единственный путь к Земле. Из-за этого среди Рейфов началась гражданская война.
В 2006 году все, за исключением Тил’ка, прибыли в Атлантиду на «Одиссее» в поисках путей решения конфликта с Орай. При помощи «черной дыры», расположенной в галактике Пегас, удалось заблокировать суперврата Орай в Млечном Пути. В то время, как Кэмерон Митчелл и Саманта Картер работали над этой проблемой, Дэниэл Джексон и Вала Мал Доран искали в базе данных Древних упоминания об оружии Мерлина. Вознесшаяся Моргана Ле Фей, притворившись голограммой, дала подсказку, где искать оружие.
В том же году, в пространстве между Пегасом и Млечным Путем был найден крейсер класса «Аврора» «Трия», на котором были живые Лантийцы. «Трия» летела на релятивистской скорости, и благодаря этому для экипажа прошло всего лишь десять лет. Попав в Атлантиду, Лантийцы выгнали землян из города, но и сами там не задержались: в город вторглись Асуране и всех их убили. Земляне вернулись в Атлантиду, уничтожили репликаторов с помощью расщепителя нанитов. Используя один МНТ, установленный Асуранами для поддержания щита, экспедиция передала два других в Млечный Путь для борьбы с Орай. Атака Асуран В 2007 году на Атлантиду напали Асуране, используя спутник со встроенными вратами. Щит удерживал атаку, но мощность луча была слишком большой. Тогда доктор МакКей предложил покинуть Лантею на Атлантиде. Но сперва нужно было отключить щит города, чтобы перевести освободившуюся энергию на двигатели города. Поэтому с помощью эскадрильи F-302 земляне подогнали под луч спутника астероид, чтобы у Атлантиды было время взлететь и снова активировать щит. Атлантида оторвалась от поверхности воды и начала поднимать щит, но в тот же момент спутник разбил астероид и задел центральную башню Атлантиды через не полностью закрывшийся щит.
Сначала Атлантиду планировали поместить на планету M12-578 но затем экспедиция решила перебраться на планету M35-117 VIRGO-8. В том же году был найден 9-значный адрес, ведущий на корабль Древних «Судьба».
Возвращение на Землю
В начале 2009 года Рейф Тодд связался с командованием Атлантиды и сказал, что его заместитель Кенни взбунтовался и, украв несколько МНТ, создал огромный Улей для атаки на Землю. Земляне не успели атаковать Улей, и он ушёл в гиперпространство. «Дедал», крейсер землян и другие звездолеты Командования Звездных Врат вступали в бой с Ульем. Но бой был неравным. Атлантида в это время находилась в Пегасе. Ричард Вулси принял решение отправиться на Атлантиде к Земле. Доктор Карсон Беккет пилотировал город. Питаемая тремя МНТ, Атлантида покинула поверхность планеты и вошла в гиперпространство, но на границе Млечного Пути гипердвигатель вышел из строя. Тогда доктор Зеленка предложил использовать экспериментальный тоннельный двигатель и пройти через червоточину к Земле за несколько секунд. Но риск был велик: в случае введения неправильных расчетов в навигационный компьютера и расчета мощности Атлантида могла взорваться. После прибытия Атлантида открыла огонь по Улью. Но, поскольку у Супер Улья было преимущество в мощности орудий, Атлантида в результате обстрела была сдвинута в с орбиты в атмосферу Земли. Команда Атлантиды очутилась перед выбором: сесть на Землю или продолжить огонь. Ричард Вулси приказал продолжить огонь. Группа Шепарда, в конечном итоге, уничтожили Улей, но Атлантида уже вошла в атмосферу и рисковала сгореть в ней при снижении, так как щит вышел из строя. Через несколько минут Атлантида вышла на связь и экспедиция сообщила, что город находится в невидимом режиме в Бермудском Треугольнике.
Главная энергетическая система, состоящая из трех Модулей Нулевой Точки, поставляет энергию всему городу. Чтобы получить доступ ко всем технологиям города, требуются три полностью заряженных МНТ, но иногда, в экстренной ситуации, одного МНТ хватит для самых основных функций. Также город оснащен несколькими солнечными электростанциями, установленными земной экспедицией. Их энергии, все же, не хватит для использования каких-либо полезных технологий. Также можно использовать энергию, которую генерирует молния, если отключить четыре заземляющие станции, что позволит пусть энергию по коридорам города. Однажды это спасло город от девятого вала во время мощнейшего шторма на Лантее, так как энергии хватило на активацию щита. Другим, более эффективным, способом энергообеспечения является мобильная подводная буровая установка, поставляющая геотермальную энергию городу. Энергия со станции подается в город через кабель. Экспедиция использовала станцию для подачи энергии на двигатели Атлантиды, чтобы взлететь с Лантеи. Модули нулевой точки находятся в зале в основании контрольной башни.
В центре комнаты находится небольшой треугольный пьедестал с тремя слотами, куда вставляются модули. Из этой комнаты энергия МНТ распределяется по основным системам. Системой энергораспределения можно управлять с помощью консолей перед пьедесталом. Гипердвигатель Гипердвигатель Атлантиды позволяет городу путешествовать в гиперпространстве к отдаленным планетам, и даже к другим галактикам всего за несколько часов. Двигатель состоит из досветового модуля и гипердвигателя. Даже в режиме досветовой скорости корабль движется настолько быстро, что наборное устройство города не может набрать точку отсчета, если город проходит недалеко от планеты. На максимальной скорости, гипердвигатель быстрее самых продвинутых кораблей Азгардов. Быстрее позволяет достигнуть цели только тоннельный двигатель, единственный известный экземпляр которого установлен на Атлантиде. Устройство невероятно мощное и питается от трех МНТ. Для запуска двигателей вполне хватит и двух модулей нулевой точки, но если того требует ситуация, двигатель будет работать и на одном. Большинство энергии идет на то, чтобы субсветовые двигатели оторвали город от поверхности, после этого один МНТ может снабжать город энергией и открыть окно в гиперпространство. Для непосредственно полета в гиперпространстве требуется сравнительно немного энергии, большая часть уходит на взлет и посадку. Во время такого путешествия днище города выступает в роли кормы, а верхушка главной башни — носом. Тоннельный двигатель Тоннельный двигатель — экспериментальный двигатель, разработанный Древними. Этот способ движения на сверхсветовой скорости является самым быстрым из всех доступных. Проект был оставлен из-за опасности использования и нестабильности процесса и сложности вычислений, — при малейшей ошибке город просто испарится. А также из-за больших энергозатрат. Экспедиция воспользовалась им для того, чтобы достичь Земли за считанные секунды, когда гипердвигатель вышел из строя на границе Млечного Пути.
