На 19 июня 1097 года был назначен общий штурм. Но командующий турецким гарнизоном, страшась грабежей и насилия, решил сдаться и впустил в город византийский отряд. Никея была объявлена владением империи. Грабёж города для рыцарей стал не возможен. Крестоносцы были возмущены, рассчитывая, по праву победителей, на богатую добычу. Императору, благодаря богатым подаркам, с трудом удалось уладить конфликт.
Армия рыцарей, снабжённая византийскими советниками и проводниками, направилась к Иерусалиму. После многомесячной осады, длившейся с октября 1097 года, 2 июня 1098 года была взята Антиохия. Надежды византийцев на передачу этого древнего христианского города под власть императора были разрушены честолюбивыми устремлениями князя Боэмунда Тарантского, вопреки данной присяге, объявившего Антиохию своим личным владением. Возмущённые византийцы покинули лагерь крестоносцев. С этого времени их боевое сотрудничество прекратилось.
15 июля 1099 года рыцарями был взят приступом Иерусалим. Цель крестового похода была достигнута. Гроб Господень освобождён.
Несмотря на трудности и разногласия с крестоносцами большие выгоды от похода европейских рыцарей получила и Византийская империя. Были освобождены значительные территории в Малой Азии. Турки-сельджуки уже не были серьёзными противниками для Византии.
Однако крестоносное движение с отвоеванием Иерусалима не угасло. Успехи первых крестоносцев вызвали новый подъём энтузиазма в Европе, и на Восток в 1101 году двинулась новая волна крестоносцев из Франции и Северной Италии. Рыцари шли на Восток дорогами первых крестоносцев. Первыми прибыли в Константинополь в марте 1101 года лангобардцы из Северной Италии. Как и их предшественники, они ограбили окрестные селения, и император Алексей I хотел быстро переправить их в Малую Азию. Но лангобардцы отказались и взяли укреплённый монастырь в предместье Константинополя. Императору пришлось терпеть на своих землях войско рыцарей. К концу весны к византийской столице подошли французы и немцы. И только тогда крестоносцы переправились в Малую Азию. Рыцари на этот раз не спешили отправляться в Сирию и, разделившись на три армии, принялись воевать византийские земли. Первая армия под управлением архиепископа Ансельма IV Миланского шла к Багдаду, взяв Анкару, рыцари передали город под власть византийцев. Но вскоре рыцари турками-сельджуками были разбиты и рассеяны. Вернувшийся с несколькими рыцарями в Константинополь Миланский архиепископ умер от ран.
Были разгромлены в Малой Азии и две другие армии крестоносцев. Союз византийцев с крестоносцами трещал по швам.
Византийско-латинские противоречия вскоре вылились в открытое противостояние. Особенно напряжённые отношения сложились с князем Антиохии Боэмундом Тарантским. Происходя из норманнской семьи Отвилей утвердившейся в Южной Италии, князь Боэмунд был давним противником Византии. Он воевал с империей задолго до крестового похода. К тому же Антиохию, где утвердился Тарантский князь, император Алексей I считал византийским городом. Его захватили мусульмане только в 1085 году, незадолго до первого крестового похода. Поэтому Алексей I Комнин хотел вернуть себе город. Борьба за Антиохию вылилась в открытое вооружённое противостояние. И хотя успех сопутствовал византийцам, Антиохийское княжество сумело отстоять свою независимость.
Напряжённые отношения были у византийцев и с участниками второго крестового похода 1147 – 1149 годов. Тогда в поход отправились король Франции Людовик VII и Германский император Конрад III.
Особенно много хлопот доставили византийцам воины императора Конрада III. Немцы опустошили поля Фракии и разграбили предместье Константинополя. Поэтому, как и ранее, Византийский император Мануил I, правивший в 1143 – 1180 годах, переправил крестоносцев в Малую Азию, предоставив их самих себе. Вскоре немецкие рыцари были разбиты и немногочисленные остатки армии укрылись в Никеи.
С прибывшими в Константинополь французами сложились более дружелюбные отношения. Французский король не допускал грабежей. Французы были более дисциплинированы и учтивы. Тем не менее, Мануил I так же спешил избавиться от присутствия иностранной армии. Чтобы поскорее отправить французов Византийский император пошёл на хитрость. Он сообщил крестоносцам, что немцы в Малой Азии одерживают блистательные победы и захватывают новые земли. И если французы промедлят, то им ничего не достанется. Уязвлённый король Людовик VI поспешил покинуть Константинополь.
Второй крестовый поход потерпел поражение. Крестоносцы были разбиты. Лишь несколько небольших отрядов прибыло в Палестину. Их совместный поход на Дамаск так же окончился неудачей. Город взять не удалось.
Со временем положение христиан на Востоке стало тяжёлым. 2 октября 1187 году мусульмане отвоевали Иерусалим. Папа Урбан III призвал католиков к новому походу, для освобождения Иерусалима. Сложился третий крестовый поход в 1189 – 1192 годах. Во главе крестоносцев выступили Французский король Филипп II Август, король Англии Ричард I Львиное Сердце и император Священной Римской империи Фридрих I Барбаросса.
Первыми выступили весной 1189 года в поход немцы. Они шли проторённой дорогой через Венгрию и Болгарию. Император Фридрих I ещё перед выступлением своей армии заключил с Византийским императором договор, предоставлявший его войскам свободный проход через византийские земли. Кроме того, византийская сторона должна была обеспечить немецкую армию продовольствием и фуражом по фиксированным ценам.
В июле месяце армия Фридриха I Барбароссы вступила в пределы Византийской империи. Византийские чиновники вызвались служить проводниками для крестоносцев. Однако выбор пути привёл к конфликту. Ранее император Фридрих I пользовался проводниками, предоставленными ему королём Венгрии. И они предложили идти к Константинополю по долине Моравы через Софию и Филиппополь. Однако византийцы предложили другой путь, пояснив, что предложенная венграми дорога испорчена. Венгерские проводники уверили крестоносцев, что византийцы умышленно испортили дорогу, не желая их прибытия в Константинополь.
Но дело обстояло совсем не так. В этих отдалённых от столицы территориях власть Византийского императора была чисто номинальной. Там хозяйничали шайки разбойников, которые нападали на мелкие отряды крестоносцев. И византийские власти хотели обойти неблагоприятный район. К тому же в лагерь к крестоносцам прибили сербы и болгары с предложением совместных боевых действий против Византии. А Византийский император был заинтересован в точном соблюдении договора с Германским монархом Фридрихом I Барбароссой.
Возмущение немцев ещё более усилилось, когда начались перебои с подвозом продовольствия. Уполномоченный для этой цели логофет Кантакузен весьма небрежно исполнял свои обязанности. Беспокоили крестоносцев и налёты многочисленных разбойничьих отрядов. Отправленное Фридрихом I посольство, по мнению немцев, было принято в Константинополе не дружелюбно. Нарастанию напряжения способствовали и титулярные споры. Византийцы считали Фридриха I королём, признавая императорский титул лишь за Византийским монархом.
Поэтому чем ближе крестоносцы подходили к Константинополю, тем сильнее росло их недовольство против византийцев. Византийские наблюдательные отряды стали вступать в боевые стычки с крестоносцами. В Градеце крестоносцы были возмущены обнаруженными в церквах и в частных домах изображениями латинян с сидящими у них на спинах византийцами. Крестоносцы устроили в городе погром. Сожгли церкви и дома, перебили население. Используя поддержку сербов и болгар, рыцари заняли города Адрианополь и Димотику.
Перед лицом угрозы император Исаак I Ангел пошёл на уступки. 14 февраля 1190 года в Андрианополе был подписан новый договор, разрешавший переправиться крестоносцам через Босфор. В конце марта 1190 года немецкие рыцари уже находились в Малой Азии.
В мае крестоносцы взяли Иконию, вынудив турок-сельджуков дать им провиант и заложников. Вступив в Киликию немецкое войско, подошло к горной речке Салеф. При переправе через неё император Фридрих I, будучи облачён в тяжёлые доспехи и кольчугу, упал с коня, был подхвачен бурным течением и захлебнулся в воде. Большая часть немецких рыцарей, после гибели своего предводителя, вернулась домой.
