Разложение центрального аппарата власти, подпавшего с конца сентября 1610 г. под полный контроль польских ставленников, способствовало активизации местного земского и губного управления, игравшего все более важную роль в организации военного отпора интервентам. Роль земского самоуправления начала изменяться в 1606 г., во время восстания И.И. Болотникова, вызвавшего заметное оживление деятельности различных сословных групп на территории, охваченной антиправительственным повстанческим движением. Болотниковцы широко использовали в своей борьбе авторитет сословного и земского представительства. Именно в это время на местах начинают складываться всесословные органы местного управления — городовые и уездные советы. Необходимо отметить, что подчинялись на первых порах они исключительно военным руководителям восстания и прежде всего «большому воеводе царя Димитрия» Ивану Болотникову. Лишь позднее, в ноябре 1606 г. с приходом в Путивль отряда «царевича Петра Федоровича» в повстанческом лагере складываются органы власти, аналогичные правительственным. Р.Г. Скрынников, первым обративший внимание на это обстоятельство, связал его с отсутствием в болотниковской рати носителя титула царя или царевича, олицетворявшего в силу вековых русских традиций верховную власть в стране. С появлением в Путивле Лжепетра и его казачьего войска ситуация радикально изменилась, несмотря на явное самозванство этого «царевича». При нем создаются Боярская дума и Двор — необходимые политические институты того времени. Главой Боярской думы в Путивле, а затем и в Туле, становится боярин князь Андрей Андреевич Телятевский. О существовании при дворе «царевича Петра Федоровича» некоего подобия московской приказной администрации известно по документам более позднего времени. В 1613 г. во главе вновь созданного на Москве Казачьего приказа (Казачьего разряда) наряду с дворянином И.А. Колтовским, был поставлен дьяк Матвей Сомов, в назначении которого именно на эту должность сыграла его служба в 1607 г. у «царевича Петра». Несмотря на быстрое складывание в Путивле традиционной для Московского государства системы управления подконтрольной территорией, реальная власть в повстанческом войске оставалась в руках казачьей старшины и казачьего круга, а все важные решения принимались в повстанческом лагере на общем войсковом сходе. Таким именно образом решилась, в конце концов и судьба самого восстания — осажденные в Туле болотниковцы сдались правительственным войскам после решения войскового круга прекратить сопротивление и сложить оружие.
С земской (выборной) организацией было тесно связано повстанческое движение и в других местностях Русского государства. По сообщению Лобковского хронографа, осадившими Нижний Новгород в 1606 г. «ворами» начальствовали «за воеводы место Ивашко Борисов Доможиров нижегородец, да с ним выбраны два мордвина Варгадин да Москов».
В условиях развязанной Польшей и Литвой интервенции органы местного самоуправления еще больше упрочили свое положение. Общая задача освобождения страны укрепляла выявившуюся к 1611 г. тенденцию воссоединения земель, обособившихся во время Смуты. Земское освободительное движение зародилось и получило распространение на севере страны в 1608–1609 гг. Оно проявилось в отпоре наводнившим страну отрядам самого одиозного из самозванцев — Лжедмитрия II, ставшего марионеткой возглавлявших его войско литовских магнатов и в массовой поддержке населением освободительной рати двигавшегося к Москве князя М.В. Скопина-Шуйского.
Дальний родственник царя Василия Ивановича Шуйского, несмотря на молодость (в ноябре 1608 г. ему исполнилось всего 22 года), Михаил Скопин-Шуйский был хорошо известным всей стране воеводой. В конце 1608 г. его направили в Новгород — один из незанятых «тушинцами» больших русских городов. В его задачу входило заключение союзного соглашения со Швецией о военной помощи, формирования и обучения в северных и поморских городах новых войсковых контингентов, способных вытеснить противника из северорусских уездов, а затем прийти на помощь Москве. К этому времени в центре страны в распоряжении правительства не оставалось достаточных сил, чтобы противостоять агрессии. Военные успехи самозванца привели к тому, что территория, контролируемая правительством Василия Шуйского, уменьшилась до критического минимума. К маю 1609 г. (дата выступления М.В. Скопина-Шуйского с русскими и союзными шведскими войсками из Новгорода к Москве) Лжедмитрию II присягнули города Псков, Владимир, Тверь, Ярославль, Углич, Кострома, Ростов, Галич, Шуя, Кинешма, Белозерск, не говоря о южных уездах страны, служивших в Смутное время базой для любого антиправительственного движения. Преданные Москве воеводы оставались лишь в Смоленске, Новгороде, Коломне, Переяславле-Рязанском, Нижнем Новогороде, Саратове, Казани и малонаселенных тогда сибирских городках и острогах. Мужественно сопротивлялись «тушинцам» немногочисленные защитники Троице-Сергиева монастыря. В этой сложнейшей обстановке и пришлось действовать воеводе Скопину-Шуйскому, в полной мере проявившему блестящие дарования не только военного, но и государственного деятеля.
Находясь в Новгороде, Скопин-Шуйский через восставшие против «тушинцев» Вологду и Каргополь, поддерживал связь с северорусскими городами не только для организации ратных сил, но и для «устроения земли», управления отрезанными от Москвы войной поморскими и североволжскими уездами и волостями. Вынужденный действовать самостоятельно, воевода Скопин получил от правительства небывалый доселе объем полномочий, на что обратил внимание Г.В. Абрамович, отметивший, что, судя по распорядительной деятельности Скопина-Шуйского в вопросах земельных пожалований, права молодого воеводы были схожи с прерогативами царской власти. Новгород того времени стал северной русской столицей, заменив осажденную Москву как центр, организующий борьбу с отрядами Лжедмитрия II, а М.В. Скопин-Шуйский становится главным и весьма авторитетным представителем верховной власти в государстве. «Писания» Скопина приобрели силу царских указов, которым повиновались не только городовые миры, земские и губные старосты, но и государевы воеводы и наместники. Соглашаясь с Г.В. Абрамовичем по основному содержанию его выводов, необходимо подчеркнуть существенную ошибку историка: властные прерогативы Скопина ограничивались определенной территорией; он являлся представителем верховной власти на русском Севере и в Поморье. В Среднем и Нижнем Поволжье аналогичными полномочиями был наделен воевода Ф.И. Шереметев, в иных же городах и уездах подобную государеву службу выполняли другие уполномоченные царем лица.
В.И. Корецкий обратил внимание на происходившее в то время известное развитие форм участия населения северорусских городов в местном военном управлении. Когда в декабре 1608 г. к Устюжне Железопольской приблизился польский отряд, в городе не оказалось ни воеводы, ни ратных людей, ни надежных укреплений. Тогда горожане создали выборное управление, избрав три головы и городовой совет из 20 человек, в котором посадские и служилые люди получили равное представительство. Власть в городе перешла в руки этого совета. Деятельность его не прекратилась даже после прибытия в Устюжну воеводы А.П. Ртищева, отстоявшего город от осадивших его «тушинских» отрядов. Несмотря на эту победу, новый воевода смог приступить к исполнению своих обязанностей лишь после утверждения городовым советом его полномочий.
Тогда же в Сольвычегодске мирские органы создают «мужицкие отряды», вооружением и снабжением которых ведали знаменитые купцы и промышленники Строгановы.
Благодаря широкому подъему народной борьбы на Севере и в Верхневолжских городах, М.В. Скопину-Шуйскому удалось одержать ряд важных побед над «тушинцами», к ноябрю 1609 г. вытеснив их отряды из Верхнего Поволжья. В ходе дальнейших действий его войска освободили от осады Троице-Сергиев монастырь, а затем и Москву.
Схожие процессы шли и в других регионах страны. Несколько ранее восстания на Севере поднялись земские люди в Среднем Поволжье: в Балахне, Юрьевце Волжском, на Решме, в Гороховце, где собравшиеся ополчения и рати «вси вкупе соединились в Луху, и литву побиваху, а дворян воровских, поимав, и в Нижний отсылаху…». Как и в Устюжне Железопольской, возглавили эти формирования не государевы воеводы, а выборные земские «начальники».
