Во второй половине XVI в. постоянные кадры ратных людей состояли из стрельцов, городовых казаков, людей «пушкарского чина» (пушкарей, затинщиков, воротников, рассыльщиков и др.) и служилых иноземцев, имевших свою военную организацию. Позднее, в XVII в. были созданы солдатские, рейтарские и драгунские полки «нового строя». Дворяне и дети боярские постоянной военной организации не имели, однако достаточно часто призывались на службу. Их обязанности в мирное время ограничивались охраной границ, которую они выполняли посменно через год или по полугодиям. Мобилизованные для отправки на «украйны» служилые люди объединялись в сотни и полки, поступавшие в распоряжение назначенных правительством воевод.
В военное время создавалось единое войско или несколько действующих самостоятельно ратей. Сбор войска (ратей) происходил через Разрядный приказ (Разряд), одно из первых военных учреждений в России. Время создания его — вопрос дискуссионный и связан с проблемой становления системы приказного управления в России. Н.П. Лихачев отнес время возникновения приказов в Московском государстве к концу XV — началу XVI вв., в частности полагая, что Разряд был создан не позднее 1535 г. А.А. Зимин считал, что приказы появились в середине XVI в., а А.К. Леонтьев временем образования учреждений приказного типа обозначил 30-е гг. XVI столетия. Эту точку зрения разделяет Ю.М. Эскин. Начавший публикацию разрядных книг В.И. Буганов, пришел к выводу, что первые записи в них восходят к подлинной документации Разрядного приказа и относятся к последней четверти XV в. В то же время он очень осторожно писал о существовании тогда самого военного ведомства, считая, что разрядные записи как тип деловой документации возникают раньше Разряда. В таком случае, встает вопрос — в каком учреждении готовились назначения на командные должности, составлялись и велись записи о них? Н. М. Рогожин полагает, что зарождение приказной системы управления относится к концу XV — началу XVI вв., а в середине XVI в. первые учреждения канцелярского типа превратились в государственные органы центрального и местного управления. Принципиально важное значение имеет утверждение автора о военном назначении всех первых приказов.
Первая известная запись разрядного типа сохранилась в Московском летописном своде конца XV в., в рассказе о походе великого князя Ивана III на Новгород в октябре 1477 г. Летописец, воспользовавшись недошедшими до нас документами (в разрядных книгах эта запись отсутствует) подробно, по полкам, перечислил выступающих на войну московских воевод. Роспись военачальников была сделана и для Вятского похода 1489 г., она, также, не сохранилась в официальных разрядных книгах. В.И. Буганов полагал, что разрядные записи стали вестись с 1460-х гг., так как в местнических спорах о событиях более раннего времени использовались не документы великокняжеской канцелярии, а показания авторитетных лиц.
В ходе войн второй половины XV в. русским войскам приходилось действовать на разных направлениях, в поход выступало несколько ратей, обязанных действовать согласованно, поэтому рано или поздно должно было возникнуть ведомство, занимавшееся планированием и осуществлением военных операций. На его деятельность проливает свет, сохранившийся в разрядных книгах фрагмент наказа, посланного в 1482 г. из Москвы стоявшим в Нижнем Новгороде воеводам Ивану Василевичу Булгаку, Семену Ивановичу Молодому Ряполовскому и Ивану Юрьевичу Шаховскому. Он представляет собой указание (по определению Ю.Г. Алексеева, «директиву главного командования») названным воеводам идти на Казань и действовать против противника в «лехких судах», видимо, для устрашения его. Какой именно орган координировал тогда действия русских воевод неясно, однако функции его соответствовали функциям будущего Разряда, возможно, именно так он и назывался, являясь структурным подразделением Дворцовой избы.
В первой половине XVI в., (не позднее 1527 г.) Разряд превращается в самостоятельное ведомство со своим штатом сотрудников — разрядными дьяками и подьячими. Первыми известными нам разрядными дьяками были Елизар Цыплятев, Афанасий Курицын и Григорий Загряжский. И.И. Вернер связывал окончательную трансформацию Разряда в учреждение приказного типа с русско-литовской войной 1512–1522 гг., происходившей в правление великого князя московского Василия III. Историк полагал, что относить существование Разрядного приказа, к более раннему времени рискованно из-за полного молчания разрядных росписей и отсутствия «воеводских наказов об этом учреждении, что было бы трудно допустить, если бы Разряд как учреждение, уже существовал в то время».
Разрядный приказ ведал всем кругом вопросов, относящихся к организации обороны страны, и руководил подготовкой военных операций. Он распределял служилых людей по отечеству — дворян и детей боярских на службу по военному, гражданскому и дворцовому ведомствам, вел списки всех дворян по городам с уездами, так называемые «десятни». В своей деятельности Разрядный приказ взаимодействовал с другими ведомствами, в числе функций которых были и военные дела: Пушкарским, Стрелецким, Поместным, Бронным, Иноземским, Земским, Большого Прихода, Казанским, Мещерским, Оружейным, Конюшенным, Городовым, Засечным, Каменных дел, Житным, Посольским, Челобитным и Ямским приказами. В XVII в., помимо большинства указанных ведомств, разрядные дьяки работали в тесном контакте с приказами Рейтарским, Ствольным, Казачьим, Панским, Приказных дел[35], Сбора даточных людей, Хлебным, Полковых солдатских и стрелецких разборных дел, Драгунского и солдатского отпуска, Городового дела, Денежного и хлебного сбору, Сбора немецких кормов, Сбора пятинных и запросных денег, Сбора десятой деньги и Сибирским, а по мере надобности и с другими, в том числе четвертными приказами. Некоторыми особенностями отличалось военное управление Средним и Нижним Поволжьем, и Приуральем. Назначением в эти местах воевод (полковых и городовых) ведал не Разряд, а Приказ Казанского дворца.
Накануне похода из Разряда в города на имя воевод и приказных людей рассылались царские грамоты с предписанием всем назначенным идти на войну дворянам и детям боярским готовиться к выступлению. Собраться на «государеву службу» и прибыть на сборный пункт к назначенному времени они должны были «с людми и конми и с доспехом». Подготовленные служилыми людьми продовольственные запасы отправлялись к месту общего сбора раньше, как правило, по зимнему пути.
Из своих городов дворяне и дети боярские выступали с присланным из Москвы «сборщиком», имевшим на руках полученный в Разряде список подлежащих мобилизации служилых людей. Отобранные для участия в походе служилые люди сразу же должны были сообщить сборщику сколько они берут с собой боевых холопов и обозной прислуги. Точно также через городовых воевод или особых сборщиков, посылаемых Разрядом, происходил сбор посошных людей с указанием, где и когда посошные должны «стати» на службу. В Стрелецкий и Пушкарский приказы из Разряда посылались памяти с запросом — какое число стрельцов, казаков и служилых людей к «наряду» будет направлено в собиравшееся в поход войско.
Одновременно с рассылкой по городам указов о сборе ратных людей в поход происходило назначение от имени царя и Боярской думы (с обязательным объявлением через Разрядный приказ и записью в разрядных книгах) главнокомандующего, других военачальников и их помощников. Большой воевода (командующий войском) и подчиненные ему полковые воеводы назначались, как правило, из бояр и окольничих, их товарищи и сотенные головы — из дворян Государева полка.
В конце XV в., по сообщению Г. Перкамоты, время сбора войска в поход не превышало 15 дней Вместе с назначением большой воевода получал из Разрядного приказа царский наказ. В нем содержалась важнейшая информация. Помимо прочего командующему сообщалось: с кем предстоит вести войну, из каких городов и уездов служилым людям назначено участвовать в походе, когда и где собираться отдельным полкам и всему войску, когда начинать наступление или где ожидать подхода неприятельской армии, кто должен командовать отдельными полками, «нарядом» и «гуляй-городом» («обозом»), заведовать раздачей жалования и всяких запасов. В наказе содержался маршрут движения отдельных полков и всего войска, сообщался примерный план военных действий.