Одна из статей проекта введения В.П. Кочубея предусматривала упразднение коллегий, с заменой их канцеляриями министров. Император выступил против такой решительной меры и предложил подчинить коллегии министрам, и только позднее, постепенно осуществить их замену. Мнение Александра I поддержал А. Чарторыйский. В.П. Кочубей, Н.Н. Новосильцев и П.А. Строганов считали, что будет сложно полностью сохранить старые учреждения, так как формы делопроизводства этих учреждений будут сильно сдерживать деятельность министров и в случае подчинения коллегий министрам необходимо изменить формы делопроизводства коллегий, что также является очень трудоемким делом. Обсуждение этого вопроса в Негласном комитете не привело к определенному решению. Но, мнение высказанное императором, осталось неизменным и в конечном итоге, определило половинчатость манифеста "Об учреждении министерств" 8 сентября 1802 г. и всего начального периода министерской реформы в целом.

Не был решен вопрос, затронутый В.П. Кочубеем, о форме реализации указов. В своем проекте введения В.П. Кочубей предложил адресовать указы Сенату, который будет направлять их министрам в соответствии с компетенцией каждого из них. В то же время, В.П. Кочубей напомнил членам Негласного комитета, что поскольку были высказаны опасения об уходе министров в этом случае, от ответственности, подтвержденной их подписью (контрассигнацией), то лучше направлять указы непосредственно министрам, которые будут отчитываться об этом в Сенате. Впрочем, мысли Кочубея не имели продолжения.

В отношении статьи, в которой В.П. Кочубей наметил общий состав министров, император поинтересовался, намечается ли что-либо касающееся всех министров и есть ли необходимость в отдельном министре коммерции. Члены комитета ответили Александру I, что до того как А.Н. Олениным не будут собраны сведения о соотношении различных ветвей власти с органами управления, они ничего сказать не могут; более того, по их мнению, непонятно чем вообще занять министерство, поскольку контроль над всеми ветвями возложен на министра финансов. (Можно только догадываться, что таким образом члены Негласного комитета тонко намекнули императору об отсутствии необходимости в министре коммерции).

Александр I заметил, что было бы очень кстати обзавестись министром коммерции, в подтверждение своей позиции он привел в пример слова Ф.Ц. Лагарпа, который был с ним согласен.

Дальнейшее обсуждение не привело к конкретному результату.

Члены Негласного комитета просили Александра I поторопить А.Н. Оленина в разработке министерского проекта и передать уже сделанную им работу в Негласный комитет. Император обещал сделать это.

На заседании 11 апреля 1802 г.86 был заслушан, так называемый предварительный проект Н.Н. Новосильцева87 "о разделении министерств и о распределении полномочий"88.

В этом проекте, вся правительственная администрация (министерство) подразделялась на отдельные части, возглавляемые министрами: юстиции, внутренних дел, финансов, государственного казначейства89, иностранных дел, военного, морского, народного просвещения. Новосильцев не включил в свой проект министерство коммерции, но он специально оговорил на заседании этот факт, сказав, что если императору будет угодно, то можно будет передать из министерства финансов, в ведение министра коммерции Коммерц-коллегию и таможни, что составит отдельный предмет данного министерства90. Таким образом, общее количество министерств в проекте Новосильцева равнялось 9. Восемь перечислялось и девятое, учреждаемое в случае согласия императора91.

Министр юстиции сохранял прежние прерогативы генерал-прокурора, за исключением административных дел, которые передавались соответствующим министерствам.

Министр внутренних дел, заведовал всем, что относится к порядку в стране, устройством всех путей сообщения и внутренней администрацией.

В ведение министра внутренних дел переходили: все генерал-губернаторы и губернаторы, Департамент водяных коммуникаций, Мануфактур-коллегия, Экспедиция государственного хозяйства, гражданские землемеры, Главная соляная контора.

Кроме того, министр внутренних дел должен был поддерживать связь с финансовыми камерами (палатами)92, поскольку их деятельность имеет отношение к общественному продовольствию и публичным зданиям. Министр внутренних дел также заведовал мануфактурами и строительной комиссией Кремлевского дворца93.

По повелению Александра I последние два пункта были вычеркнуты, в виду того, что обойные мануфактуры должны были в будущем войти в общий разряд мануфактур, а Комиссия по постройке Кремлевского дворца зависит от администрации императорского двора.

В ведении министра финансов находились все статьи доходов и ассигнование сумм для различных потребностей государства. Его функции разделялись на две части. Первая часть включала в себя управление удельными имениями, староствами, мызами и т.д., лесами, винными откупами, почтами и т.д. В ведении второй части находились банки, банкиры и придворные комиссионеры. Министр финансов осуществлял взаимодействие с финансовыми камерами по части статей государственных доходов.

Министр государственного казначейства вел счет расходам и осуществлял надзор за порядком дохода и расхода финансовых средств, в соответствии с распоряжениями министра финансов. Им осуществлялось взаимодействие с финансовыми камерами по части соблюдения порядка в счетоводстве.

Министры иностранных дел, военный и морской оставались на прежнем основании. В их ведение переходили соответствующие коллегии.

Министерство народного просвещения должно было занять место Главного правления училищ. В его ведение переходили библиотеки, коллекции, академии, пансионы и все прочие воспитательные учреждения.

В помощь каждому из министров предполагалось назначить заместителей поручиков министров94.

Провозглашалось, что каждый министр будет иметь инструкцию, которая точно определит объем его полномочий. Все вопросы, превышавшие министерскую власть, разрешались императором, на основании министерского доклада и мнения Непременного Совета95 по данному вопросу. Утвержденный императором проект указа, скрепленный подписью министра, обнародовался обычным порядком.