В 1551 состоялся знаменитый Стоглавый собор, в 1554 - собор по поводу ереси Башкина. Вообще по поводу ересей они возникали нередко (как в 1582 и 1698), но собирались и по поводу всяких других церковных дел. Так было в 1580 и 1573, а засим - собор об исправлении книг, в 1621 - о крещении латинян, в 1656 - о крестном знамении, в 1660 и 1666 - по делу патриарха Никона. Соборы происходили до самого конца XVII в. (1684-98), и был даже один в XVIII.
Огромное значение Соборов, как церковной власти, видно уже из их столкновений с высшими властями иерархии и государства. Так, например, ересь жидовствующих в свое время казалась необоримою. Ее усвоил даже сам митрополит Зосима, она имела видных членов при дворе и уже успела окружить великого князя сетью таких влияний, что он был против всякой борьбы с еретиками. Но соборы 1498 и 1504 справились со всеми противодействиями. Митр. Зосима принужден был отречься от своего сана, а придворные сторонники ереси потерпели жестокую казнь. Конечно, православный дух не может одобрить этих казней, но я указываю лишь на огромную силу соборов. Она очень наглядно показала себя и при Михаиле Феодоровиче, когда собор созван был в связи с вопросом о том, требуется ли перекрещивать жениха царевны Ирины Михайловны, королевича Вальдемара. Царь крайне желал этого брака по причинам и личным, и политическим. Королевич же Вальдемар никак не хотел принять перекрещивания, которого требовали православные. При дворе была партия, убеждавшая царя в том, что нет необходимости крещения, так как оно у латинян вполне действительно. Но собор решил иначе, и царь счел необходимым покориться, как ни тяжко было ему отказаться от Вальдемара.
Вообще соборы представляли вполне реально высшую церковную власть, и государственная власть искренне это признавала, сама обращаясь к соборам при всяких недоразумениях.
Управительная власть Церкви, митрополиты и патриархи - пользуясь огромною силою, находились в самом тесном союзе с царской властью.
Трудно подвести итог той пользы, которую это давало верховной власти. Митрополиты издревле старались прекращать удельные распри. В 1270 митр. Кирилл писал ссорящимся князьям: "Мне поручил Бог архиепископию в Русской земле, а вам должно слушать Бога и меня. Не проливайте крови". И распря была действительно прекращена. Когда Борис отнял Нижний Новгород у Димитрия Суздальского, митр. Алексей послал в Нижний прп. Сергия уговорить князя возвратить похищенное, и Борис смирился. Митрополиты, как известно, особенно поддерживали московского князя и старались все русские области стянуть к Москве; они же всячески поощряли московских великих князей к свержению татарского ига. "Случаев, когда митрополиты являлись советниками и помощниками великого князя, было очень много, - говорит проф. А.П. Доброклонский. Митр. Алексей, которому поручено было умирающим кн. Симеоном руководительство юными его братьями, был главным руководителем Ивана Ивановича, а потом Дмитрия Ивановича, в малолетстве же его он стоял во главе боярской думы. Митр. Даниил при Василии Ивановиче пользовался его неизменным расположением".
Митр. Макарий при Иване Васильевиче Грозном имел большое влияние на государственную жизнь и на самого царя. К нему прибегал царь, когда нужно было защитить Воронцова от Шуйских. У Макария же царь спрашивал совета по поводу вступления своего в брак. Перед ним дал обет исправиться после пожара 1547. Отправляясь в поход против Казани, он просил благословения у Макария и в походе поддерживал с ним переписку. На время удаления из Москвы царь оставлял государство и семью на попечение митрополита. Зная силу митрополита у царя, литовские послы обращались неоднократно к его посредничеству и т.д.
Без сомнения, со своей стороны царь имел огромное влияние на дела церковные, но это нельзя рассматривать как явление ненормальное. Напротив: идея союза между государством и церковью естественно требует не какого-либо одностороннего, но взаимного влияния. Особенно это относится к царской власти, так как царь является представителем мирян при высшем церковном управлении, в котором миряне имеют свою совершенно законную необходимую долю. Правда, у нас бывали случаи насильственного сведения митрополитов и их заточения. Но и это совершенно понятно при борьбе партий, если митрополиты, по необходимости или по неосторожности и властолюбию, в нее вмешиваются.
Что касается случаев, вроде столкновения Ивана Грозного с митр. Филиппом, то это со стороны царя было не проявлением нормального положения, а актом деспотизма. Но уже одна твердость митрополита в обличении царя показывает, как глубоко сознавалось право церковной власти на обличение государственной власти и на печалование о нуждающихся и обиженных.
Патриархат, увеличивая блеск Церкви, мало изменил положение дел. Прежде сложившиеся отношения между церковью и государством не прерывались во весь патриарший период. Они выражались во взаимном влиянии: государственная жизнь отражалась на церковной, гражданская власть принимала участие в делах Церкви, подобным же образом и церковная власть имела значение в жизни государственной. Сферы действия не были разграничены со всей точностью. От этого в одно время государственная власть больше, в другое время меньше вмешивалась в дела Церкви; точно так же была в разное время неодинакова деятельность, какую церковная власть проявляла на политическом поприще.
Иногда роль церковной власти вырастала до чрезвычайности. Так было при Гермогене, когда патриарх стал единственным представителем нации. Так было при Филарете Никитиче. Так было некоторое время при Никоне. Эти отдельные случаи обусловливались обстоятельствами и личными качествами представителей государственной и церковной власти. Но в общей сложности отношения были самые тесные, проникнутые сознанием обоюдной необходимости и внутренней дополняемости. Сверх того, отношения царя с митрополитами и патриархами были непосредственными, без всяких "средостений". Голос Церкви и ее иерархии составлял также непременную принадлежность царского совещания с боярами и земскими соборами, а право церковной власти на "печалование" о всех обиженных и угнетенных давало новые связи государя со всем народом.