Эту возможность они потеряли во многом благодаря предусмотрительности Грозного и самого митрополита, при поставлении "давшего слово архиепископам и епископам" и царю (как говорится об этом в нарочно составленной грамоте) "в опричнину и царский домовой обиход не вступаться и, по поставлении, из-за опричнины и царского домового обихода митрополии не оставлять". Такой грамотой сама фигура митрополита как бы выносилась за скобки всех дворцовых интриг и, более того, лишала возможности бояр даже требовать его удаления "на покой" под благовидным предлогом "неотмирности" святителя.
25 июля 1566 после литургии в Успенском соборе царь лично вручил новопоставленному митрополиту пастырский посох его святого предтечи - свт. Петра, с умилением выслушал глубоко прочувствованное слово Филиппа об обязанностях служения царского и, пригласив все духовенство и бояр в царские палаты, радушно угощал, празднуя обретение такого помощника. Но единодушие государя и первосвятителя было невыносимо тем, кто в своем высоком положении видел не основание для усиленного служения царю и России, а оправдание тщеславным и сребролюбивым начинаниям.
В июне 1567 были перехвачены письма польского короля Сигизмунда и литовского гетмана Хоткевича к главнейшим боярам с предложением бежать в Литву. Начался розыск виновных, затем последовали казни. Митрополит ходатайствовал о смягчении участи преступников, но политику царя поддержал. "На то ли собрались вы, отцы и братия, чтобы молчать, страшась вымолвить истину? - обличал он пастырей церкви, молчаливо сочувствовавших казненным. Никакой сан мира сего не избавит нас от мук вечных, если преступим заповедь Христову и забудем наш долг пещись о благочестии благоверного царя, о мире и благоденствии православного христианства".
Не скрывал своего сочувствия к митрополиту свт. Герман, архиепископ Казанский. Но нашлись и такие, которым самоотверженная правдивость митрополита перед царем грозила разоблачением и опалой. Среди них выделялись: Пимен - архиепископ Новгородский, мечтавший сам занять кафедру митрополита; Пафнутий - епископ Суздальский и Филофей Рязанский. Душой заговора, направленного на разобщение прп. Филиппа с Иоанном IV, стал государев духовник, благовещенский протопоп Евстафий, боявшийся потерять расположение и доверие царя.
Тактика интриги была проста: лгать царю про митрополита, а святителю клеветать на царя. При этом главным было не допустить, чтобы недоразумение разрешилось при личной встрече. Кроме того, надо было найти предлог для удаления свт. Филиппа. Время шло, и злые семена лжи давали первые всходы. Царю удалось было внушить, что Филипп, вопреки обещанию, стремится вмешиваться в государевы дела.
Для митрополита не были тайной планы его врагов. "Вижу, - говорил он, готовящуюся мне кончину, но знаете ли, почему меня хотят изгнать отсюда и возбуждают против меня царя? Потому что не льстил я пред ними... Впрочем, что бы то ни было, не перестану говорить истину, да не тщетно ношу сан святительский". Какое-то время казалось, что заговорщики потерпят неудачу. Царь отказался верить в злонамеренность Филиппа, потребовав доказательств, которых у них не было и быть не могло.
Тогда, не надеясь найти "компромат" на митрополита в Москве, злоумышленники отправились на Соловки. Там Пафнутий Суздальский, Андрониковский архим. Феодосии и кн. Василий Темкин угрозами, ласками и деньгами принудили к лжесвидетельству против свт. Филиппа некоторых монахов и, взяв их с собой, поспешили назад. В числе лжесвидетелей, к стыду обители, оказался игум. Паисий, ученик св. митрополита, прельстившийся обещанием ему епископской кафедры.
Состоялся "суд". Царь пытался защитить святителя, но вынужден был согласиться с "соборным" мнением о виновности митрополита. Причем, зная по опыту, что убедить царя в политической неблагонадежности Филиппа нельзя, заговорщики подготовили обвинения, касающиеся жизни святителя на Соловках еще в бытность его тамошним настоятелем, и это, похоже, сбило с толку Иоанна IV.
В день праздника Архистратига Михаила в 1568 свт. Филипп был сведен с кафедры митрополита и отправлен "на покой" в московский монастырь Николы Старого, где на его содержание царь приказал выделять из казны по четыре алтына в день. Но враги святого на этом не остановились, добившись удаления ненавистного старца в Тверской Отрочь монастырь, подальше от столицы. До этих пор история взаимоотношений Грозного царя с митр. Филиппом очень напоминают отношения царя Алексея Михайловича с его "собинным" другом патриархом Никоном, также оклеветанным и сосланным.
Однако торжество злоумышленников длилось недолго. В декабре 1569 царь с опричной дружиной двинулся в Новгород для того, чтобы лично возглавить следствие по делу об измене и покровительстве местных властей еретикам-"жидовствующим". В ходе этого расследования могли вскрыться связи новгородских изменников, среди которых видное место занимал архиеп. Пимен, с московской боярской группой, замешанной в деле устранения свт. Филиппа с митрополии. В этих условиях опальный митрополит становился опаснейшим свидетелем.
Его решили убрать и едва успели это сделать, так как царь уже подходил к Твери. Он послал к Филиппу своего доверенного опричника Малюту Скуратова за святительским благословением на поход и, надо думать, за пояснениями, которые могли пролить свет на "новгородское дело". Но Малюта уже не застал святителя в живых. Он смог лишь отдать ему последний долг, присутствуя при погребении, и тут же уехал с докладом к царю.
Иоанн, чрезвычайно щепетильный во всех делах, касавшихся душеспасения, заносил имена всех казненных в специальные синодики, которые рассылались затем по монастырям для вечного поминовения "за упокой души". Списки эти (являющиеся, кстати, единственным достоверным документом, позволяющим судить о размахе репрессий) поражают своей подробностью и добросовестностью. Имени свт. Филиппа в них нет. Нет по той простой причине, что никогда никакого приказа казнить митрополита царь не давал. Эта широко распространенная версия при ближайшем рассмотрении оказывается заурядной выдумкой, как, впрочем, и многие другие "свидетельства" о "зверствах" Грозного царя.
