В самой Москве разрасталось народное волнение, начались погромы дворов тех бояр и купцов, которые были причастны к денежной реформе. Некоторые из них бежали из столицы. Особенно досталось дворам двух богатых купцов – В.Г. Шорина и С.Ф. Задорина, которым правительство отдало на откуп сбор многих податей и пошлин. Прошел слух, что они искали спасение в Польше. Это ещё больше разъярило толпу.

Тысячи москвичей вновь ринулись в Коломенское искать царской правды. На пути они встретили тех, кто только что беседовал с царем, и повернули их назад. Восставшие снова подступили к царю с требованием выдать «изменников». Вначале Алексей Михайлович пытался миром закончить очередные переговоры, но обстановка накалялась, в адрес царя посыпались угрозы. В это время ему доложили, что верные части уже стянуты к Коломенскому. Тон царя круто изменился – грозно он крикнул бунтовщикам, чтобы те разошлись, а когда перепалка продолжилась, приказал охране «тех людей бити и рубити до смерти и живых ловити». В бой были брошены стрелецкие полки. Началось избиение «невежливо бивших челом». Многих отогнали к Москве-реке и топили. Начался сыск по всему городу. Повсюду стояли крепкие заставы, караулы прочесывали улицы. Всех причастных к бунту или просто заподозренных сажали в темницы. Начались многодневные допросы «с пристрастием», т. е. с жестокими средневековыми пытками – раскаленным железом, дыбой, водой, плетьми. Виновных в «заговоре и скопе» четвертовали, вешали. Во время народных волнений погибло несколько сот москвичей, а вечером того же дня было схвачено и повешено еще более ста челобитчиков. Оставленным в живых отсекали руки и ноги, вырывали языки, выжигали на лбу буквы «б» и «в», что означало «бунтовщик» и «вор». Сотни людей были сосланы в отдаленные концы страны.

По сообщениям беглого посольского дьяка Г.К. Котошихина «и того ж дни около того села повесили со 150 человек, а остальным всем был указ, пытали и жгли, и по сыску за вину отсекали руки и ноги и у рук и у ног пальцы, а иных бив кнутьем, розослали всех в дальние города, в Казань, и в Астрахань, и на Терки, и в Сибирь, на вечное житье, а иным пущим вором того ж дни, в ночи, учинен указ, завязав руки назад, посадя в большие суды, потопили в Москве реке».

Как и прежде, московское восстание дало начало вспышкам неповиновения и в некоторых других районах страны, особенно в национальных, где под влиянием русских переселенцев и новых властей рушились вековые порядки и обычаи. Поднялся мятеж в недавно вошедшей в состав России Башкирии, волнения возникли в ряде уездов Сибири – ведь от денежной реформы страдали все низшие слои населения. С большим трудом местным властям удалось навести здесь порядок.

Основным итогом московского бунта стала постепенная отмена медной монеты. Сначала, в 1663 году, медные дворы были закрыты в Новгороде и Пскове, затем в Москве и Новгороде возобновили чеканку серебряной монеты, а всю медную деньгу полностью изъяли из наличного обращения и переплавили ее для иных нужд. Медные деньги были обменены правительством, причем за один медный рубль выплачивали одну копейку серебром.

Жестокая и кровавая расправа над восставшими показала в большей мере не силу, а слабость правительства, его неуверенность в собственных силах и страх перед народными массами. Царь и правящая верхушка России были готовы практически любыми средствами удерживать власть в своих руках, и обеспечивать сохранность существующих порядков.

На протяжении почти двух столетий казачья вольница боролась с московским правительством, «голутвенные» казаки выступали против «домовитых», провинциальное дворянство против аристократии, старообрядцы против «новокрещенцев», крепостные крестьяне против помещиков и т.д.

Масштабным и серьезным по своим последствиям оказалось казацко-крестьянское восстание в конце 1660-х – начале 1670-х годов, вождем которого стал донской казак С.Т. Разин (ок. 1630–1671). Началось оно на Дону, а затем охватило значительные южные и юго-восточные территории Российского государства. Возникла даже опасность похода повстанцев на Москву.

Донское казачество не случайно стало ядром повстанческого движения. Люди искали спасения на Дону, с которого никогда казаки не выдавали беглецов. На Дону уже в XVI веке появились поселения казаков, бежавших в эти привольные края. Но здесь были и свои трудности: донские казаки не сеяли хлеб. Они считали, что с хлебопашеством придет на Дон крепостное право. В мирное время жили огородами, скотоводством, промыслами. Казаки ходили в набеги («за зипунами») на Турцию, Крым и Персию, охраняли границы России, участвовали в войнах, которые вело правительство, и получали за это из Москвы «денежное и хлебное жалование». С годами такие походы за добычей, или «за зипунами», стали боевой традицией казачества.

В дни опасности казаки седлали коней, вооружались, готовили к дальним походам быстроходные струги (лодки); ставили на них легкие пушечки. Таким образом, по воде и посуху покрывая сотни километров, они нападали на Крымское ханство, Турцию, наводили ужас на мусульманские государства, расположенные по берегам Каспийского моря.

Московское правительство не могло не считаться с мощным, организованным, хорошо обученным войском, и не раз прибегало к его помощи в войнах с соседями. Но с другой стороны, казаков трудно было держать в узде, и порой они своими набегами осложняли отношения России с южными соседями. Со временем потомственные зажиточные «домовитые» казаки стали опорой царской власти в этом краю. Казацких атаманов с почетом принимали в кремлевских палатах. Беседовал с ними и сам царь.

Однако в 1650–1660-е годы положение на Дону стало существенно меняться, становясь все более критическим. В число казаков стало вливаться все больше беглых крепостных крестьян и посадских людей, спасающихся от крепостной неволи, возросшей барщины, роста податей. К середине 1660-х годов на Дону скопилось огромное количество беглых людей. И царь Алексей Михайлович издал указ – вернуть всех беглых назад. Их преследовали царские карательные отряды – ведь сыск беглых в соответствии с Уложением 1649 года был бессрочным и повсеместным. Но казачьи общества не выдавали беглецов: здесь, как и в Запорожской Сечи, действовал тот же обычай – «с Дону выдачи нет».

В качестве предупреждения казакам ограничили подвоз из Москвы боеприпасов и продовольствия, стали стеснять их торговлю. Это привело к общему ухудшению положения на Дону. В низовых донских станицах, где жило зажиточное «домовитое» казачество, положение было ещё терпимым. А в верховых городках, близких к московским границам, где собиралась «голь», «голытьба», или голутвенные казаки, как их называли, ситуация стала критической. Там находились сотни и тысячи беглых, обнищавших, голодных людей, они жили в землянках, питались кое-как, умирали с голоду. Среди этой-то голытьбы и возникли первые вспышки неповиновения властям.

В 1666 году казацкий атаман Василий Ус повел несколько сот человек голытьбы на север к Москве, под предлогом найма на военную службу к великому государю. Но их не приняли и приказали возвращаться на Дон. Казаки дошли лишь до Тулы, а там к ним стали перебегать местные крепостные крестьяне и холопы. Скоро их войско составило несколько тысяч человек. Они начали громить помещичьи усадьбы, убивать помещиков и вотчинников, объявляли вольными местных людей. Лишь послав войска, царь смог помешать дальнейшему продвижению казаков в центр России. Они были оттеснены на юг, и рассеяны. Многие закончили свой путь в тюремных застенках и на виселицах.

К середине 1660-х годов на Дону скопилось великое множество беглого люда, казацкой голытьбы, которой нечем было прокормиться. Им оставалось либо умереть голодной смертью, либо идти в поход «за зипунами». Однако Россия была крайне истощена длительной войной, а казацкие походы на мусульманские страны могли спровоцировать новую войну с Османской империей или обострить отношения с Персией. Правительство вынуждено было запретить казакам военные походы. Последний «клапан», который мог бы «сбросить» социальное давление на Дону, был перекрыт.