Период правления царя Алексея Михайловича Романова (1645–1676) характеризуется противоречивой двойственностью, с одной стороны, стремлением сохранить роль и значение земского самоуправления, с другой стороны, растущим закрепощением народной массы, которую отдали в жертву интересам служилого землевладения.

Царь Алексей Михайлович по своей природе мягкий человек постоянно нуждался в советниках и помощниках; он всем сердцем привязывался к людям, близко стоявшим к нему, легко поддавался их влиянию. Таким близким лицом в начале царствования был его воспитатель («дядька») боярин Б.И. Морозов, который в течение 3 лет фактически управлял государством, поскольку на престол Алексей Михайлович вступил в 16 лет. Молодой царь находился под сильным влиянием дядьки – человека способного и опытного администратора, но «не умевшего возвыситься до того, чтобы не быть временщиком» и приносившего общие государственные интересы в жертву своим личным выгодам.

В 1646 году была установлена новая пошлина на соль, из-за чего цена на нее сильно выросла. По стране прокатилась волна Соляных бунтов, направленных против правительства боярина Б.И. Морозова. Произвол и лихоимство ставленников Б.И. Морозова вызвали волнение в Москве (1648), беспорядки в Соль-Вычегодске и бунт в Устюге-Великом. Алексей Михайлович вынужден был пожертвовать своим воспитателем и отправил его в ссылку в Кирилло-Белозерский монастырь. Народные требования об отмене новой пошлины на соль были удовлетворены. Новая пошлина на соль была отменена в том же году. Постепенно недовольство угасало, после того как народное волнение стихло, боярин Б.И. Морозов вернулся к царскому двору. С этого времени Б.И. Морозов утратил первенствующую роль в государственном управлении, но царское расположение к нему осталось.

Новое окружение царя выступало за улучшение законодательства и судебной системы. Для составления нового кодекса был созван Земский собор (1647), результатом работы которого явилось опубликованное в мае 1649 года «Уложение, по которому суд и расправа во всяких делах в Российском государстве производится». «Уложение» распространялось на все сферы жизни тогдашней России и удовлетворяло основным требования дворян (о бессрочном сыске беглых крестьян и др.) и верхушки посада (ликвидация беломестных слобод и др.).

Удручающее экономическое положение народа побудило царя и его Думу провести денежную реформу. Были предприняты следующие меры: сначала произвольно увеличили курс ходившей монеты – клеймённый казной серебряный ефимок стоимостью в 42–50 коп. должен был приниматься за рубль. Затем пустили в оборот (1656) медные деньги, одинаковой формы и величины с серебряными, выпущенные по одному номиналу с последними. Меры эти, применённые крайне неумело, привели к постепенному исчезновению из обращения серебра, к обесцениванию медных денег, к страшному вздорожанию продуктов. Все это, в конце концов, привело к открытому бунту в Москве в июле 1662 года. Для усмирения бунта, получившего название «Медного», пришлось прибегнуть к военной силе, и волнения были жестоко подавлены. В 1663 году медные деньги были отменены, но правительственные меры в сфере денежного обращения успели катастрофически сказаться на благосостоянии народа.

В хозяйственной сфере царь Алексей Михайлович стремился поддерживать отечественную торговлю и промышленность. Этому способствовало принятие Таможенного устава (1653) – многочисленные пошлины были заменены единой, размер которой зависел от цены товара и Новоторгового устава (1667), он запрещал иностранным купцам торговать в розницу и между собой, для них были повышены пошлины.

Первоначально, особенно в период правления Михаила Романова, восстановление сословной монархии в форме самодержавия происходит на основе принципа «симфонии властей» – двуединства духовной и светской власти. В дальнейшем укрепление государственности в условиях мобилизационного типа развития приводит к постепенному разрушению принципов соборности и «симфонии властей» – отмиранию Земских соборов, изменениям в функциях и компетенции Боярской думы, Церкви, ограничению местного самоуправления. Происходит бюрократизация государственного управления, и на основе приказной системы начинает складываться гражданская служба, как отрасль государственной, ранее преимущественно военной службы.

Царю Алексею Михайловичу, по словам В.О. Ключевского, пришлось стоять в истоке самых важных внутренних и внешних движений. Разносторонние отношения, старинные и недавние, шведские, польские, крымские, турецкие, западнорусские, социальные, церковные, как нарочно, в это царствование обострились, встретились и перепутались и над всеми ними как общий ключ к их решению стоял основной вопрос: оставаться ли верным родной старине или брать уроки у чужих. Царь Алексей разрешил этот вопрос по-своему: чтобы не выбирать между стариной и новшествами, он не разрывал с первой и не отворачивался от последних.

После смерти царя Алексея Михайловича его преемником на престоле стал старший сын от первой жены М.И. Милославской царевич Федор Алексеевич (1676–1682), воспитателем которого был знаменитый либеральный просветитель Самуил Гаврилович Полоцкий. В первые месяцы его царствования фактическими правителями государства были патриарх Иоаким и два влиятельных боярина – А.С. Матвеев и И.М. Милославский, которые постоянно враждовали между собой.

Но уже к середине 1676 года государь взял власть в свои руки, отправил в ссылку главу правительства боярина А.С. Матвеева и призвал к власти новую группировку бояр – В.В. Голицына, И.М. Языкова и А.Т. Лихачева.

В 1678–1681 годы была проведена так называемая «Дворцовая перепись», на основании которой была проведена новая податная (налоговая) реформа, в результате которой основной податной единицей (единицей налогообложения) вместо традиционной земельной сохи стал двор.

В 1682 году по инициативе ряда вельмож, в частности, князя В.В. Голицына, Боярская дума и Освященный собор единогласно приняли «Соборный приговор» об уничтожении «богопротивного местничества» и сожжении всех разрядных книг, которые с «превеликой радостею сотвориша» сам патриарх Иоаким и члены Освященного собора в сенях передней палаты государева дворца. Одновременно с этим актом была создана палата родословных дел, или «Гербальня», в недрах которой под началом князей В.Д. Долгорукова, И.А. Голицына и А.И. Хованского стал разрабатываться проект новой сословной реформы, которая, по мнению ряда историков (А. Богданов), стала предтечей знаменитой петровской «Табели о рангах».

Результаты работы этой палаты не заставили себя долго ждать. В марте 1682 г. вместо сожженных разрядных книг были созданы родословные книги, или «разряды без мест», предназначенные «1) родословным людям; 2) выезжим; 3) московским знатным родам; 4) дворянским; 5) гостиным и дьячим; 6) всяким низким чинам», которые отныне служили не в качестве главного инструмента для назначения на разные государственные должности, а для кодификации всех дворянских родов. Таким образом, отмена местничества стала крупным шагом на пути консолидации всего класса феодалов и стиранием граней между его различными сословиями.

Незадолго до смерти царя Федора, когда в Москву вернулся опальный глава прежнего правительства боярин А.С. Матвеев, который с самого начала поддерживал клан бояр Нарышкиных, в окружении молодого царя сформировалась оппозиционная ему партия князей В.В. Голицына – И.А. Хованского – И.М. Милославского, которая сделала ставку на властную и умную царевну Софью (1657–1704).

В апреле 1682 года царь Федор Алексеевич, никогда не отличавшийся крепким здоровьем, скончался, не оставив никаких распоряжений насчет наследника престола. В связи с кончиной бездетного царя остро встал вопрос о выборе его преемника. Юридические права на престол были на стороне следующего по старшинству царевича Ивана, родившегося в августе 1666 года. Но поскольку он тоже не отличался крепким здоровьем, да и здравым умом тоже, то по подсказке Л.К. Нарышкина и патриарха Иоакима бояре решили передать престол его сводному брату, царевичу Петру, матерью которого была вторая жена Алексея Михайловича, вдовствующая царица Наталья Кирилловна Нарышкина.