Тем временем на Руси объявился новый самозванец Илейка Муромец Горчаков (И.И. Коровин), который объявил себя не существующим сыном царя Федора Ивановича Петром. Под знаменами очередного самозванца князья Г.И. Шаховской и А.И. Телятевский собрали новую армию, которую отправили на помощь И.И. Болотникову. Но в апреле 1607 года армия «царевича Петра» была разбита, так и не дойдя до Калуги. В результате И.И. Болотников отошел к Туле, где к нему присоединился И.И. Горчаков. В мае 1607 года царская армия под командованием самого Василия Шуйского начала осаду Тулы, которая завершилась в октябре 1607 года полным поражением повстанцев. И.И. Горчаков и И.И. Болотников были взяты в плен: первого этапировали в Москву, где после проведенного сыска, «по совету всей земли» он был повешен, а второй был сначала ослеплен, а затем сослан в Каргополь и утоплен здесь в проруби.

В кровавое вооруженное противостояние были втянуты все классы и сословия русского общества. Представители всех социальных групп и слоев населения были в составе всех враждующих лагерей. Вооруженное движение И.И. Болотникова можно охарактеризовать как один из этапов гражданской войны, поскольку ни по своим целям, ни по движущим силам это движение никак не может претендовать ни на революцию, ни на полномасштабную крестьянскую войну.

В июле 1607 года в Стародубе объявился новый самозванец – Лжедмитрий II, личность которого до сих пор не установлена. Кто он был, какого рода-племени, на все подобные вопросы отвечать можно лишь гадательно. Может быть он был поповским сыном Матюшкой Веревкиным, а может – это был крещеный литовский еврей Богданко Шкловский, а может и то, что новым самозванцем стал вяземский дворянин Михаил Андреевич Молчанов.

Современный российский историк профессор И.О. Тюменцев в своей последней работе «Смутное время в России начала XVII столетия: движение Лжедмитрия II» (2008) высказал вполне разумное предположение, что доступные источники позволяют точно выявить только круг тех людей, которые с большой долей вероятности стояли у истоков новой самозванческой интриги. К этим лицам он причислил трех любимцев первого самозванца – боярских детей М.А. Молчанова, Б.И. Сутупова и Г.И. Микулина, а также князя Г.П. Шаховского и боярского сына И.Е. Михнева. Более того, он установил, что никто из указанных персон не принадлежал ни к людям романовского круга, ни к сторонникам князя Ф.И. Мстиславского, поэтому сделанное наблюдение позволило ему отказаться от старой гипотезы академика С.Ф. Платонова о причастности боярской оппозиции к организации этой интриги и высказать предположение, что это дело рук бывших фаворитов Лжедмитрия I.

Осенью 1607 года Лжедмитрий II со своим войском, основу которого составляли донские казаки атамана И. М. Заруцкого и польская шляхта, захватил Орел и, перезимовав здесь, весной 1608 года вместе с польскими отрядами гетманов А. Лисовского и Р. Ружинского начал новый поход на Москву. В начале мая 1608 года самозванец, разбив у Болхова царскую армию князей Д.И Шуйского и В.В. Голицына, вошел в село Тушино под Москвой, которое и стало главной резиденцией Лжедмитрия II, более известного под именем «Тушинский вор». В скором времени в этот тушинский лагерь стали быстро стекаться все противники Василия Шуйского, в том числе князья Д.Т. Трубецкой, Д.И. Черкасский, А.Ю. Сицкий, Г.И. Шаховской, боярин М.Ф. Бутурлин и другие важные персоны, которые признали в «Тушинском воре» законного царя и вошли в состав его Боярской думы.

Более того, в тушинский лагерь потянулись и многие иерархи РПЦ, в том числе давний противник Годуновых и Шуйских, глава романовского клана и бывший ближний боярин Федор Никитич Романов, который в 1605 году, после своего освобождения из Антониево-Сийского монастыря, вернулся во власть и стал ростовским митрополитом. Здесь же под Москвой он стал играть роль «нареченного патриарха» нового русского «царя», хотя всем противникам Лжедмитрия II представлял себя как «пленника самозванца» и не настаивал на своем патриаршем сане. Неслучайно законный патриарх Гермоген в своем послании прямо указал: «а которые взяты в плен, как и Филарет митрополит и прочии, не своею волею, но нуждею, и на християнский закон не стоят, и крови православных братии своих не проливают, таковых мы не порицаем, но и молим о них Бога, елика сила, чтоб Господь от них и от нас отвратил праведный свой гнев и подал им и нам по велицей Его милости».

Стало совершенно очевидно, что вся страна окончательно раскололась на две части: Ярославль, Кострома, Ростов, Владимир, Суздаль, Вологда, Муром признали власть Лжедмитрия II, а Смоленск, Новгород, Рязань, Нижний Новгород, Казань остались верны Василию Шуйскому. Этот общественный раскол, как и раскол самой элиты, обострился с началом открытой польской интервенции отрядов Я. Сапеги, А. Лисовского и Р. Ружинского, которые в конце 1608 года захватили Кострому, Ярославль, Углич и другие города Верхнего Поволжья.

После свержения Василия Шуйского 17 июля 1610 года в Москве к власти пришла Боярская дума. Фактически все управление государством осуществляла группировка из семи наиболее влиятельных думских бояр в составе пяти служилых князей и двух старомосковских бояр – Ф.И. Мстиславского, И.М. Воротынского, А.В. Трубецкого, А.В. Голицына, Б.М. Лыкова-Оболенского, Ф.И. Шереметева и И.Н. Романова. Это боярское правительство, получившее у современников наименование «семибоярщины», сразу направило гетману С. Жолкевскому новый проект договора о призвании королевича Владислава на русский престол.

В октябре 1610 года в Смоленске русская делегация во главе с князем В.В. Голицыным, вовремя переметнувшимся на сторону «Семибоярщины», и тушинским патриархом Филаретом начала тяжелые переговоры с Сигизмундом III на предмет того, чтобы его сын, королевич Владислав при вступлении на русский престол принял православие. Польский король, будучи ревностным католиком, категорически отказался от данного условия, поскольку именно оно полностью рушило все его гегемонистские планы в отношении русских земель. Поэтому, когда «нареченный патриарх» Филарет и князь В.В. Голицын отказались подписать окончательный вариант договора в польской редакции, они были арестованы и увезены в Смоленск, а затем подо Львов, в Каменку – имение гетмана С. Жолкевского.

Князь В.В. Голицын, который весь период Смуты бегал по разным «партийным лагерям» и всегда прислонялся к «победившей» стороне, так и не вернулся на Русь и умер в заточении в Вильно в 1619 году. А «нареченный патриарх» Филарет несколько лет находился в заточении в старинном тевтонском замке Мальборк, и был отпущен из плена только после подписания Деулинского перемирия, и вернулся в Москву в 1619 году.

Патриотически настроенным государственным деятелем, не признавшим этот акт национального предательства со стороны «Семибоярщины», был глава Русской Церкви патриарх Гермоген, который на особом молебне освободил русский люд от присяги королевичу Владиславу и призвал весь народ подняться на «литовских людей» и изгнать польских оккупантов из страны.

В 1609 году польский король Сигизмунд III, убедившись в том, что Лжедмитрий II не в состоянии овладеть Москвой, решил непосредственно вмешаться в русские дела. Поводом послужило то, что в феврале 1609 года Василий Шуйский заключил со Швецией союзный договор, с которой Польша находилась в состоянии войны. Личные отношения между польским королем Сигизмундом III и его родным дядькой, шведским королем Карлом IX были крайне натянутыми, если не сказать враждебными. По услолвиям договора Россия отказывалась от выгодных условий Тявзинского договора (1595), а шведы направляли для борьбы с тушинцами и поляками пятитысячный корпус генерала Якуба Делагарди. Но как показали все дальнейшие события, это соглашение стало крупным внешнеполитическим просчетом русской дипломатии, прежде всего, нового главы Посольского приказа окольничего П.А. Третьякова.