Коренные преобразования осуществлялись и в сельском хозяйстве. Земля была национализирована. Для землепользования была установлена норма в 30 га. Земли, превышающие эту норму, передавались в государственные земельные фонды. Из этих фондов землей наделялись безземельные и малоимущие крестьяне. Их называли «новоземельцы», и им выделялись наделы в 10 га. Более 75 тыс. безземельных и малоземельных крестьян получили землю. Новоземельцам предоставлялись долгосрочные кредиты на приобретение скота, сельскохозяйственного инвентаря и удобрений.

Однако эти положительные меры в сельском хозяйстве были перечеркнуты 3 марта 1941 года, когда Политбюро ЦК ВКП(б) распространило порядок налогообложения крестьян в СССР на крестьянство Прибалтики^[51]. Этим решением была введена система обязательных государственных поставок сельхозпродукции. В качестве главного показателя, от которого рассчитывался размер поставок, брался размер земельного участка. При этом не учитывалась, какая доля этого участка находилась в сельскохозяйственном обороте и качество самой земли. Поставки мяса и молока исчислялись из размера земельного участка, сам факт наличия или отсутствия скота значения не имел. С учетом ножниц цен закупки сельхозпродукции с ценами на промышленные товары, эти меры вызвали серьезное недовольство сельского населения Прибалтики, причем, как зажиточного, так и остального. Предпринимались в Прибалтике до войны и меры по созданию колхозов. 25 сентября 1940 года в ЭССР был создан первый колхоз. К 22 июня 1941 года было образовано 9 колхозов. Осуществить массовую коллективизацию помешало начало войны^[52].

Одновременно с экономической проводилась и политическая реформа, все политические партии в новых советских республиках, кроме коммунистической, были запрещены. Летом 1940 года политические силы, бывшие у власти до 1940 года, еще пребывали в растерянности и сохраняли недоброжелательный нейтралитет к новой власти. Уже с осени 1940 года национализация и экспроприация собственности значительно расширили базу антисоветских сил. Этому способствовали и аресты политических деятелей прибалтийских стран досоветского периода. Так, в Эстонию в июне 1940 года, вместе с Красной армией или сразу за ней, прибыла оперативная группа НКВД СССР, которая организовала аресты на территории Эстонской Республики. Приказом министра внутренних дел в правительстве Вареса с конца июня 1940 года коммунисты, бывшие до этого в подполье, были назначены комиссарами (начальниками местных отделений) и сотрудниками эстонской политической полиции. Приказы этих комиссаров из политической полиции, формально изданные в соответствии с законом Эстонской Республики о введении в стране чрезвычайного положения, стали основанием для арестов. Большинство из арестованных, которых сразу не вывезли в СССР, были помещены в центральную тюрьму Таллина, где их допрашивали через переводчиков следователи НКВД, приехавшие в Эстонию с оперативной группой НКВД. После ареста дела расследовались на основании уголовного и уголовно-процессуального кодексов СССР, хотя действие этих кодексов было официально распространено на территорию Эстонии только с декабря 1940 года.

В июне-августе 1940 года были арестованы: все высшие руководители эстонской политической полиции, некоторые военнослужащие и судьи, бывшие министры внутренних дел Эстонии, руководители центрального руководства Кайтселийта и некоторые из ее руководителей на местах. Их обвиняли в «подавлении рабочего движения, контрреволюционной деятельности, шпионаже против Советского Союза» и других подобных действиях. Началось активное преследование политиков, полицейских, военных и судей, имена которых связывали с арестами и осуждением эстонских коммунистов, еще с 1918 года. Оперативная группа НКВД обращала особое внимание на руководителей и членов российских белогвардейских организаций, действовавших в Эстонии, и задерживала их в первую очередь уже с 21 июня.

В 1940 году органами НКВД было арестовано почти 1000 граждан и жителей бывшей Эстонской Республики, а в 1941 году органы НКВД и НКГБ арестовали около 6000 человек. Политика СССР была направлена, в основном, против элиты эстонского общества: арестовывали политиков местного и национального уровня, видных деятелей экономики и финансов, военных, активных членов Кайтселийта, зажиточных хуторян, профессионалов и других. Вот лишь несколько примеров: за период независимости в 1918–1940 годах пост главы государства (1918 — Председатель Совета Министров, 1918–1920 — Премьер-министр, 1920–1934 — Государственный старейшина, 1934–1937 — Исполняющий обязанности главы государства, 1937–1938 — регент государства, в 1938–1940 — Президент) занимали 12 человек. Яан Поска умер в 1920 году. Из остальных остался на свободе и выжил только Август Рей, потому что ему удалось бежать в Швецию летом 1940 года. Отто Страндманн застрелился, прежде чем НКВД смог его арестовать. Остальные 9 были арестованы в 1940–1941 годах. Трое из них были казнены (расстреляны), а остальные умерли в лагере^[53]. Помимо этих одиннадцати человек еще 105 были членами эстонского правительства в тот или иной момент с 1918 по 1940 годы, 73 из них жили в Эстонии, когда началась советская оккупация, 48 были арестованы, а двое совершили самоубийство. Из этих 48 человек выжили трое: один сбежал, когда его перевозили в лагерь в начале войны, и вернулся в Эстонию, двое провели в лагерях весь срок. Из оставшихся 15 человек были казнены (расстреляны) и 30 умерли в лагерях. Один бывший министр стал членом «Omakaitse» (Самооборона) и погиб во время немецкой оккупации. Большая часть оставшихся в Эстонии бежала за границу, когда заканчивалась немецкая оккупация. Из оставшихся в Эстонии 12 человек, 9 были арестованы после войны. Всего 3 бывших министра, оставшихся в Эстонии в 1940 году, избежали ареста. Не избежали ареста и расстрела даже некоторые члены правительства Вареса. Так, М. Унт — министр внутренних дел в правительстве Вареса, затем после включения Эстонии в состав СССР — нарком труда. Но уже осенью 1940 года было обнаружено, что его во время гражданской войны в России исключили из партии и приговорили к смертной казни. Унт был арестован и расстрелян.

Советское руководство, желая обезопасить свои тылы перед вероятным столкновением с Германией, и обезглавить антисоветскую оппозицию, произвело депортацию населения из прибалтийских советских республик. 16 мая 1941 года наркомом госбезопасности СССР В. Н. Меркуловым и наркомом внутренних дел Л. П. Берия была подготовлена докладная записка в ЦК ВКП(б), к которой прилагалась копия проекта постановления о мероприятиях по очистке Литовской ССР от антисоветского, уголовного и социально опасного элемента. В Кремле было принято решение провести депортацию не только в Литве, но и в остальных двух прибалтийских советских республиках.

В Прибалтику для организации проведения депортации был направлен нарком госбезопасности В.Н. Меркулов и его заместители И. А. Серов и В. С. Абакумов. Помимо частей оперативных войск НКВД, дислоцированных в Прибалтике, для участия в операции были направлены 208 курсантов Высшей школы НКГБ СССР — литовцы, латыши и эстонцы по национальности. На все мероприятия отводилось три дня.

Аресты были начаты одновременно по всей Прибалтики. Для этого специальные эшелоны были рассредоточены по всем основным железнодорожным станциям. От доставленных на станции арестованых отделялись главы семей и помещались в отдельные вагоны. В Эстонии было девять эшелонов № 286–294. Три эшелона (148 вагонов) были отправлены через Нарву, а остальные семь (342 вагона) через Изборск. Причем состав № 286 вышел двумя отдельными частьями. Только один эшелон вышел 14 июня из Таллина. Все остальные эшелоны начали движение 17 июня 1941 года^[54].

Итоги депортации были отражены в спецсообщении В. Н. Меркулова И. В. Сталину об итогах операции по аресту и выселению «антисоветских» элементов из прибалтийских республик^[55]: всего было арестовано — 14 467 чел. и выслано — 25 711 чел. Арестованные делились на следующие группы: